가. 원고는 소외 B주식회사(이하 ‘B’이라 한다)의 상무이사로 재직하던 중, B의 대표자이자 최대주주인 소외 C으로부터 B의 주식을 매수하기 위하여 C에게 2008. 3. 13 5억 원, 2008. 3. 24. 2억 원을 각각 송금하였는데, 주당 매수가격과 총 매수 주식수가 정해지지 않아 2009. 5. 25. 양수할 주식수를 공란으로 하여 주식양수도 계약서를 작성하였다.

나. 그 후 B의 경영권 분쟁으로 주당 매수가격과 충 매수 주식수에 대한 정산이 지연되던 중, 경영권분쟁이 종결되어 원고와 C은 주식양수도 계약을 체결하여, 원고는 2010. 5. 10. 497,80주 및 2010. 5. 15. 300,000주 합계 791,780주(이하 ‘이 사건 쟁점주식’이라 한다)을 1주당 500원(액면가격), 총 395,790,000원에 취득하였다.

다. 서울지방국세청장은 B에 대한 법인세 통합조사 결과 ‘B과 특수관계에 있는 이 사건 쟁점주식의 양도인 C이 양도일 현재 보유한 B의 발행주식 2,800,000주에 피담보채권액 8,400,000,000원의 질권이 설정되어 있어(이하 ’이 사건 질권‘이라 한다), 상속세 및 증여세법(이하 ’상증세법‘이라 한다) 제66조에 의한 이 사건 쟁점주식 1주당 평가액이 3,000원인데도(아래 [표1] 기재와 같다), 원고는 이를 1주당 500원에 취득하였으므로, 상증세법 제35조 제1항의 저가양수 규정을 적용하여 그 차액에 대하여 증여세를 과세하여야 한다.’라는 취지로 피고에게 과세자료통보를 하였고(그 내역은 아래 [표2] 기재와 같다), 이에 따라 피고는 2014. 3. 11. 원고에게 2010. 5. 10. 증여분 증여세 347,094,190원 및 2010. 5. 15. 증여분 증여세 293,341,260원의 합계 증여세 640,435,450원(각 가산세 포함)을 각 결정ㆍ고지하였다

(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). [표1, 단위 : 주, 원] 일자 질권설정 채권금액 (①)...

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