1. 상고이유 제1, 2점에 관하여

가. 구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제17조 제2항 제4호 는 면세사업에 관련된 매입세액 등을 매출세액에서 공제하지 아니하도록 규정하고, 제7항 의 위임에 따른 구 부가가치세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22043호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제61조 제1항 은 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따르되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 면세사업의 공급가액이 총공급가액에서 차지하는 비율만큼 안분하여 면세사업에 관련된 매입세액을 계산하도록 규정하고 있다.

이러한 규정 문언과 입법 취지를 종합하여 보면, 사업자가 여러 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우 면세사업에 관련된 매입세액은 원칙적으로 실지 귀속을 구분하여 계산하여야 하고, 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액을 안분 계산할 때에는 여러 사업 중 공통매입세액에 관련되는 과세사업과 면세사업을 가려내어 그 부분만의 해당 과세기간의 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 계산하여야 한다 ( 대법원 2009. 5. 14. 선고 2007두4896 판결 ). 한편 공통매입세액이 하나의 과세사업 또는 면세사업 중 일부분에 관련되는 경우에, 그 부분이 사업 장소와 운영 실태 등에 비추어 나머지 부분과 구분되는 별개의 독립된 사업 부분이라고 볼 수 없다면 해당 사업 전체의 공급가액을 기준으로 하여 면세사업에 관련된 매입세액을 계산하여야 한다.

나. 원심은 그 채택 증거를 종합하여 다음과 같은 사실을 인정하였다.

(1) 원고는 ○○○○병원을 운영하는 비영리법인으로 면세사업인 의료업과 과세사업인 부동산임대업, 주차장업, 장례식장업 등을 겸영하고 있다.

(2) 원고는 종전까지 서관, 동관 건물에서 병원을 운영하다가 2005. 5. 25.부터 병원 입구 나대지에 신관 건물 건축공사를 시작하여 2008. 4. 17. 지하 5층, 지상 15층 규모의 이 사건 신관 건물을 완공하였다.

(3) 원고는 2007년 제1기 및 제2기분 부가가치세를 신고하면서, 이 사건 신관 건물의 신축과 관련한 공통매입세액 15,888,650,034원 중 위 과세기간에 관련된 부분(이하 ‘이 사건 신축 관련 공통매입세액’이라 한다)에 관하여 이 사건 신관 건물의 전용사용면적을 기준으로 과세사업과 면세사업에 사용될 예정사용면적의 비율로 안분하여 면세사업 관련 매입세액을 계산하였다.

(4) 반면 피고는 위 과세기간에는 이 사건 신관 건물의 실제 사용면적이 확정되지 않아 실지 귀속이 구분되지 않고, 이 사건 신관 건물은 기존 병원을 확장하여 병원 전체의 일부로 운영되는 것이라고 보아, 이 사건 신축 관련 공통매입세액을 병원 전체의 과세사업과 면세사업의 공급가액 비율에 따라 안분하여 계산한 면세사업 관련 매입세액을 불공제하였다.

(5) 한편 원고는 서관 건물 지하 주차장, 동관 건물 지하 주차장, 교육연구관 지하 주차장, 중앙 주차장, 유수지 주차장, 장애인 주차장, 응급실 주차장, 기숙사 주차장 등(이하 ‘이 사건 직영 주차장’이라 한다)을 직영하였는데, 그중 서관, 동관, 교육연구관 등 건물 지하 주차장은 원고 직원들이 직접 사용하고, 나머지 노상 주차장은 내원객으로부터 주차료를 받아 수익으로 처리하였다.

(6) 원고는 2007년 제2기부터 2009년 제1기까지 지출한 이 사건 직영 주차장의 관리용역비와 관련된 매입세액 382,522,066원(이하 ‘이 사건 직영 주차장 공통매입세액’이라 한다)을 유료주차분 공급가액과 무료주차분 주차요금 환산금액의 비율로 안분하여 계산하였다.

(7) 반면 피고는 원고의 주차장업이 의료업 등과 별도로 운영되는 것으로 보기 어렵다는 이유로, 이 사건 직영 주차장 공통매입세액을 병원 전체의 과세사업과 면세사업의 공급가액 비율에 따라 안분하여 계산한 면세사업 관련 매입세액을 불공제하였다.

다. 그런 다음 원심은, 이 사건 신관 건물은 원고가 ○○○○병원을 운영하면서 사용해오던 기존 건물과 연결통로 등으로 구조적으로 연결되어 있는 점, 원고는 기존 건물에서 환자를 진료하던 일부 진료과목을 이 사건 신관 건물에 재배치함과 아울러 이 사건 신관 건물의 채혈실, 영상의학과, 주차장 등을 기존 건물에 내원한 환자를 위하여도 제공한 점 등에 비추어 보면, 이 사건 신관 건물에서 원고가 수행하는 사업이 기존 건물에서 운영하던 ○○○○병원의 의료업 등과 완전히 분리된 별개의 사업에 해당한다고 보기 어렵고, 이 사건 신관 건물은 환자 수 증가에 따른 기존 건물의 공간부족 문제를 해결하기 위하여 진료공간 등을 확장하여 기존 건물에서 수행하던 의료업 등을 좀 더 원활하고 효율적으로 운영하기 위한 것으로 봄이 상당하므로, 실지 귀속을 구분하기 어려운 이 사건 신축 관련 공통매입세액에 관하여 피고가 병원 전체의 과세사업과 면세사업의 공급가액 비율에 따라 안분하여 면세사업 관련 매입세액을 계산한 것은 적법하다고 판단하면서, 이와 달리 이 사건 신관 건물만을 기준으로 하여 그 완공 전인 2007년 제1, 2기에는 과세사업과 면세사업의 공급가액이 있을 수 없으므로 구 부가가치세법 시행령 제61조 제4항 에 의하여 예정사업면적 비율에 따라 안분하여 계산하여야 한다는 원고의 주장을 배척하였다.

라. 나아가 원심은, ① 이 사건 직영 주차장은 원고의 내부 관련 규정에 근거하여 ○○○○병원의 의료업에 관련된 것으로 확인된 경우에는 일정 시간 무료로 주차를 허용하여 내원 환자 등의 편의를 도모하되 그와 관련 없이 주차한 경우에는 주차요금을 받고 있는 점, ② 원고가 이 사건 직영 주차장에서 주차요금을 받는 때에도 문병객인 경우가 있을 수 있는 등 의료업과 전혀 무관하다고 단정할 수 없는 점, ③ 이 사건 직영 주차장에서 주차요금을 받지 않는 때에도 환자가 아니지만 30분 이내의 주차인 경우가 있을 수 있으므로 의료업에만 해당된다고 단정할 수 없는 점 등을 종합하여 보면, 원고가 설치·운영한 이 사건 직영 주차장이 ○○○○병원의 의료업과 명백하게 구분되는 별도의 사업단위를 이룬다고 볼 수 없으므로, 이 사건 직영 주차장 공통매입세액은 면세사업인 의료업과 과세사업인 주차장업에 공통으로 사용되고 그 실지 귀속을 구분할 수 없는 경우에 해당한다고 보아, 피고가 이를 주차장업의 공급가액과 의료업의 수입금액의 합계액 중 의료업의 수입금액이 차지하는 비율에 따라 안분하여 면세사업 관련 매입세액을 계산한 것은 적법하다고 판단하였다.

마. 앞서 본 규정과 법리에 비추어 기록을 살펴보면 원심의 위와 같은 판단은 정당하고, 거기에 상고이유 주장과 같이 논리와 경험의 법칙에 반하여 자유심증주의의 한계를 벗어나거나 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항 및 제4항 의 해석 등에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다.

2. 상고이유 제3점에 관하여

가. 구 부가가치세법 제17조 제6항 은 “ 제2항 제4호 의 규정에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 재화를 과세사업에 사용하거나 소비하는 때에는 그 사업자는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 그 과세사업에 사용하거나 소비하는 날이 속하는 과세기간의 매입세액으로 공제할 수 있다.”라고 규정하고 있다. 그 위임에 따라 면세사업용 감가상각자산의 과세사업용 전환 시 공제되는 매입세액의 계산에 관하여 규정한 구 부가가치세법 시행령 제63조 는 제2항 에서 면세사업용 감가상각자산을 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용하거나 소비하는 때에 공제하는 세액의 계산에 관하여 규정하는 한편, 그 과세사업에 의한 과세공급가액이 총공급가액 중 100분의 5 미만인 경우에는 공제세액이 없는 것으로 보도록 규정하고 있다.

나. 원심은 그 채택 증거에 의하여, ① 원고가 2009. 1. 1. 이 사건 신관 건물의 지하 주차장 42,961.16㎡ 중 32,347.42㎡(이하 ‘이 사건 신관 주차장’이라 한다)를 직영 주차장 운영관리업체인 경일산업개발 주식회사(이하 ‘경일산업’이라 한다)에 임대한 사실, ② 원고는 2009년 제1기 부가가치세를 신고하면서, 이 사건 신관 주차장이 면세사업에서 과세사업으로 전환된 것으로 보아 매입세액 3,085,814,165원을 반영하여 부가가치세 환급을 신청한 사실, ③ 이에 피고는 원고가 외형상 이 사건 신관 주차장을 임대하였다고 하나 실질상으로는 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용하고 있다고 본 다음, 원고가 이 사건 신관 주차장을 경일산업에 임대함으로써 발생한 과세공급가액이 총공급가액 중 100분의 5 미만이라는 이유로 환급을 거부한 사실 등을 인정하였다.

그런 다음 원심은, ① 경일산업은 이 사건 신관 주차장을 임차한 이후에도 직영 주차장의 요금 체계처럼 면세사업인 ○○○○병원의 의료업에 관련된 것으로 확인되면 일정한 시간 무료 주차를 허용하고 확인이 없는 경우에만 주차요금을 징수하여 과세사업에 제공하고 있으며, 이 사건 신관 주차장이 기존 건물 등과 공간적으로 구분되어 있지도 아니하는 등, 이 사건 신관 주차장은 운영의 주체만 차이가 있을 뿐 운영체계와 방식 등 실질에서는 직영 주차장과 차이를 발견할 수 없는 점, ② 원고와 경일산업 사이의 임대차계약이 그 체결 목적으로 ○○○○병원을 이용하는 환자 등 내원객의 주차 편의와 효율적인 주차장 운영 서비스를 제공하기 위한 것임을 명시하고 있고, 내용 면에서도 이용객으로부터 징수할 주차요금에 관하여 원고와 협의하도록 정하고 있는 점 등에 비추어, 원고가 경일산업에 이 사건 신관 주차장을 임대한 것은 순전히 임대수입을 얻기 위한 목적이라기보다 ○○○○병원에 설치된 여러 주차장들에 대한 관리·운영의 효율성을 위하여 직영 주차장 관리업체인 경일산업에 그 관리를 위탁한 측면도 존재한다고 할 것인 점, ③ 이 사건 신관 주차장도 내원 환자 등에게는 무료로 제공되는 시설로 보이는 등 원고가 운영하는 의료업에 제공되지 아니하는 시설이라고 단정할 수 없는 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 신관 주차장 관련 매입세액을 부동산임대업에만 관련되는 매입세액으로 볼 수 없다는 이유로, 같은 전제에서 피고가 원고의 2009년 제1기 부동산임대업의 공급가액이 총공급가액에서 차지하는 비율이 100분의 5 미만이라는 이유로 환급을 거부한 것은 적법하다고 판단하였다.

다. 앞서 본 규정과 관련 법리에 비추어 기록을 살펴보면 원심의 위와 같은 판단은 정당하고, 거기에 상고이유 주장과 같이 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항 및 제4항 , 제63조 등에 관한 법리를 오해하고 판단을 누락하여 판결 결과에 영향을 미친 잘못이 없다.

3. 결론

그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.