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가. 서울특별시의 산업을 진흥하고 중소기업을 종합적이고 체계적으로 육성하여 중소기업의 경영 여건 개선과 경쟁력 강화에 기여하는 것을 사업목적으로 하는 원고(재단법인 서울특별시 서울산업통상진흥원에서 2014. 4. 2. 현재의 상호로 변경하였다. 이하 상호 변경에 관계없이 ‘원고’라고만 한다)는 2013. 12. 1. 소외 주식회사 A(이하 ‘소외 회사’라 한다)와 사이에 ‘특허기술상품화 기술개발 지원사업 협약’(이하 ‘이 사건 협약’이라 한다)을 체결하였는데, 이 사건 협약 중 이 사건 관련 내용은 다음과 같다.

특허기술상품화 기술개발 지원사업 협약서 [전담기관과 주관기관 간 협약서] 사업명 : 특허기술상품화 기술개발 지원사업(이하 ‘이 사건 지원사업’이라 한다) 총 사업기간 및 협약기간 : 2013. 12. 1.부터 2014. 11. 30.까지 당해연도 사업기간 : 2013. 12. 1.부터 2014. 11. 30.까지.

당해연도 사업비 : 서울시지원금 100,000,000원, 민간부담금 40,000,000원 사업비 합계 140,000,000원 제2조(사업의 수행) (1) 을(소외 회사를 말한다. 이하 같다)과 과제책임자는 서울시 산학연 협력사업 운영요령(이하 ‘요령’이라 한다), 서울시 산학연 협력사업 사업비 규정(이하 ‘사업비 규정’이라 한다), 서울시 산학연 협력사업 기술료 규정(이하 ‘기술료 규정’이라 한다) 등에서 정한 권한과 책임을 가지고 첨부된 사업 계획서에 따라 성실히 사업을 수행하여야 한다.

제3조(서울시지원금 지급) (1) 갑(원고를 말한다. 이하 같다)은 을에게 다음의 서울지지원금(이하 ‘시지원금’이라고만 한다)을 지원한다.

당해연도 시지원금 : 100,000,000원 제7조(사업비의 정산) (1) 을은 요령 제34조 및 사업비 규정에 의거하여 당해연도 사업기간 종료일로부터...