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특별부가세가 면제되므로 양도소득세를 부과한 처분은 부당함(취소)

조세심판원 조세심판 | 1995-03-04 | 국심1994경5532 | 양도

[사건번호]

국심1994경5532 (1995.03.04)

[세목]

양도

[결정유형]

취소

[결정요지]

청구인이 운영하는 ○○ 교회는 재단법인인 종교 단체와는 달리 회계 등 모든 운영이 독립된 지역교회로서 세법상 개인으로 보는 것이므로 처분청이 청구인이 쟁점부동산을 취득 및 양도한 것에 대하여 이 건을 과세한 처분에 잘못이 없음.

[관련법령]

국세기본법 제13조【법인으로 보는 단체】 / 국세기본법시행령 제8조【법인으로 보는 단체의 신청·승인등】

[주 문]

부천세무서장이 94.8.16 청구인에게 결정·고지한 93년 귀속

분 양도소득세 46,506,850원은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 원처분 개요

청구인은 경기도 부천시 중구 OO동 OOOO 대지 344.5㎡ 를 83.5.10 취득한 후 83.12.29 위 지상에 건물 236.79㎡(이하 “쟁점교회”이라 한다)를 신축하고 교회용 건물로 사용하다가 93.11.4 청구외 OOO에게 양도한 후 94.5.19 조세감면규제법 제67조의14 제1항 제2호에 의하여 종교의 보급을 목적으로 설립된 법인이 그 고유의 목적에 5년 이상 직접 사용한 토지등의 양도에 해당하는 것으로 보아 93년귀속 양도소득세 42,278,950원이 면제되는 것으로 확정신고한 사실이 있다.

처분청은 청구인이 쟁점부동산중 토지를 부천시로부터 청구인의 명의로 불하받아 교회건물을 신축하여 청구인 개인 명의로 등기하였고 쟁점부동산을 양도한 후 취득한 경기도 부천시 오정구 OO동 OOOO 대지 421.5㎡, 건물 929.25㎡(이하 “쟁점외교회”이라 한다)도 청구인 개인명의로 등기된 점으로 보아 쟁점부동산의 실질소유자가 청구인 개인이라 하여 확정신고 내용을 부인하고 94.8.16 청구인에게 93년 귀속 양도소득세 46,506,850원을 결정·고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 94.8.24 심사청구를 거쳐 94.10.26 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구인 주장

청구인은 경기도 부천시 오정구 OO동 OOOO 소재 OOOOOOO교회 OO소속 OOO교회 담임목사로서 83.4.1 쟁점부동산 중 토지를 18,720,000원에 취득하여 83.11.29 건물 236.79㎡를 신축(건축비 33,455,348원)하였으며, 자금조달은 OOO교회 개척보조비 6,850,000원, OOO 목사 헌금 1,500,000원, 건축헌금 6,323,000원, OOOO대출 20,000,000원, OOO 외 사채 14,600,000원, 건축비 및 설계비 미지급금 5,819,620원(합계 55,092,620원)이었는 바, 쟁점부동산은 용도가 교회 및 주택으로 준공되었으나 은행대출을 위하여 84.6.22 근린생활시설 및 주택으로 변경한 후 84.7.30 OOOO에 공제대출 20,000,000원을 받아 성전건축비로 지급한 후 성도들의 건축헌금으로 상환하여 교회건물로 사용하다가 성전이 좁아 확장을 위하여 93.11.4 청구외 OO교회 OOO에게 255,000,000원에 양도하였으며 동 대금은 이전 후 교회소유인 쟁점외부동산의 취득에 사용한 바 있고, 청구인이 시무하고 있는 OOO교회는 OOOOOOO교회 OO소속 산하교회이고 OOOOOOO교회 OO는 1907.9.7 창립되어 62.8.29 문교부에 등록된 단체이고 OOO교회는 87.11.12 처분청에 비영리 법인인 OOO교회 고유번호(OOOOOOOOOOOO)를 부여 받았으며, 종전성전이 비좁아 확장을 위하여 쟁점교회를 양도하고 쟁점외부동산을 취득한 후 조세감면규제법 제67조의 14 제1항 제2호의 “종교의 보급을 목적으로 설립된 법인이 그 고유의 목적에 직접 사용하는 토지의 양도로 발생하는 소득에 대한 특별부가세를 면제신청하는 경우에 한하여 이를 적용한다”에 따라 특별부가세를 면제신청하였고 비영리법인에 대한 특별부가세는 면제되므로 처분청이 청구인에게 부과한 이 건 양도소득세는 취소하여야 한다.

나. 국세청장 의견

청구인은 쟁점부동산을 종교 고유목적에 직접 사용하였을 뿐만 아니라 쟁점부동산의 소유자는 OOOOOOO교회OO 산하의 교회이므로 감면배제한 당초처분이 부당하다고 주장하나, 청구인은 쟁점부동산의 취득 및 양도시 청구인 개인명의로 매매계약한 사실이 매매계약서에 의하여 확인되고 있고, 등기부등본에도 청구인 개인명의로 등재되어 있는 바, 청구인이 운영하는 OOO 교회는 재단법인인 종교 단체와는 달리 회계 등 모든 운영이 독립된 지역교회로서 세법상 개인으로 보는 것이므로 처분청이 청구인이 쟁점부동산을 취득 및 양도한 것에 대하여 이 건을 과세한 처분에 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건은 청구인 개인 명의로 교회건물을 신축하고 등기한 후 교회에서 사용하다가 양도한 것에 대하여 양도소득세를 과세한 처분이 타당한지 여부를 가리는 데 그 쟁점이 있다.

나. 관계법령

국세기본법 제13조 제1항에 의하면 『법인격이 없는 사단·재단·기타 단체 중 대통령령이 정하는 것에 대하여는 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다』라고 규정하고 있고, 동법 시행령 제8조 본문 및 같은 조 제1호에 의하면 『법 제13조 제1항의 규정에 의하여 법인으로 보는 법인격이 없는 사단·재단 기타 단체(이하 “법인격 없는 사단 등”이라 한다)는 다음 각호의 1에 해당하는 것으로 한다. 1. 주무관청의 허가를 받아 설립한 단체·재단 또는 기타 단체로서 등기되지 아니한 것』이라고 규정하고 있으며, 조세감면규제법 제67조의14 제1항 본문 및 같은 항 제2호, 제4항 및 같은 법 시행령 제55조의12 제1항 및 같은 조 제4항의 규정을 모아 보면 『종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립된 법인(법인격 없는 사단·재단·기타 단체를 포함한다)이 토지 등을 당해 법인의 고유목적사업에 사용하기 위하여 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 그 고유목적사업에 사용할 목적으로 토지 등을 양도하는 것이 확인되는 경우에 한하여 특별부가세를 면제하며 특별부가세를 면제받고자 하는 법인은 양도일이 속하는 사업연도의 과세표준신고와 함께 재무부령이 정하는 세액면제신청서를 제출한 경우에 한하여 이를 적용한다』라고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

청구인은 쟁점부동산을 청구인 개인명의로 신축하여 등기한 후 교회건물로 사용하다가 쟁점외부동산을 신축하기 위하여 양도한 사실이 있으며 쟁점부동산의 소유자인 OOO교회는 처분청에 법인으로 고유번호를 지정받은 법인으로서 조세감면규제법에 의하여 쟁점부동산의 양도에 대한 특별부가세를 면제신청을 하였는 바 처분청은 쟁점부동산이 청구인 개인명의로 등기되었다는 사실만으로 조세감면규제법에 의한 면제를 배제하고 이 건 양도를 소득세를 부과한 처분이 부당하므로 이를 취소하여야 한다고 주장하는 바, 이를 살펴보면,

첫째, 처분청은 87.11.12 쟁점부동산의 양도자인 OOO교회에 대하여 법인고유번호(OOOOOOOOOOOO, 부천세무서 법인 OOOOOOOO, 87.11.12)를 부여한 사실이 확인되고 있으며,

둘째, 청구인은 94.5.19 양도소득세자진신고시 조세감면규제법 제67조의14 제4항에 의하여 93년 귀속 양도소득세 42,278,950원을 면제신청한 사실이 있고, 처분청은 조세감면규제법에 의한 면제를 배제하고 청구인이 신고한 양도소득세 42,278,950원에 납부불성실 가산세 4,227,890원을 가산하여 94.8.16 청구인에게 93년 귀속분 양도소득세 46,506,850원을 결정고지한 사실이 확인되고 있고,

셋째, 쟁점부동산의 건물 용도를 보면, 83.12.19 준공시에는 교회(1층) 및 주택(2층)으로 되어 있었으나 84.6.2 에는 1층 교회건물을 근린생활시설로 용도를 변경한 사실이 확인되고 있으며, 그 용도변경 사유를 청구인은 쟁점부동산의 건축비 충당을 위하여 금융기관으로 부터 융자를 받고자 하였으나 교회 건물은 담보설정이 불가하다고 하여 부득이 용도변경을 하였다고 하는 바, 이 내용은 84.3.7 OOOO은행 및 84.3.2 OO은행의 융자불가 회신공문(당행 규정상 교회, 사찰 등 특수목적으로 지어진 건물 및 대지는 담보물 취득이 불가함)에 의하여 확인되고 있으며,

넷째, 청구인은 쟁점부동산 신축시 55,092,620원(토지취득비 18,720,000원, 건축비 26,600,000원)이 소요되었는 바, 그 내역은 건축헌금 14,673,000원【OOO교회 헌금 6,850,000원, OOO 목사 헌금 1,500,000원, 건축헌금(83년~86년) 6,323,000원】및 차입금 40,419,620원【OOOO 공제대출 20,000,000원, 기타(설계비등 부대비) 5,819,620원, 사채(OOO외) 14,600,000원】으로 되어 있어 일반신도들의 헌금과 차입금으로 건축되었음이 위 OOO 교회의 사무연회 및 건축비 헌금장부 등에 의하여 확인되고 있으며,

다섯째, 청구인이 쟁점부동산을 양도할 때 양도대금이 쟁점외부동산의 신축자금으로 사용되었는지 살펴보면, 위 OOO 교회는 94.3.8 쟁점부동산을 청구외 OOO에게 255,000,000원에 양도하기로 계약하고 같은 날 15,000,000원을 수령하고, 중도금 154,800,000원은(93.4.6 에 20,000,000원, 93.5.15 에 40,000,000원, 93.6.1에 10,000,000원, 93.7.10에 25,000,000원, 93.8.23에 36,000,000원, 93.10.2에 8,500,000원, 93.11.2에 300,000원, 잔금 100,000,000원은 쟁점부동산을 담보로 93.2.19 OOOOO금고에서 융자받은 대출금 100,000,000원(OOO 명의 20,000,000원, OOO집사 40,000,000원, OOO 집사 40,000,000원)을 인수하기로 하였는 바, 위 OOO 교회의 융자금은 93.2.22 쟁점외부동산(새 성전)의 토지 취득대금으로 지급하였음이 청구인이 발행한 영수증 및 자기앞수표(100,000,000원)에 의하여 확인되고 있고, 쟁점부동산의 매도대금 중 현금 154,800,000원은 건축비등에 충당되었음이 건축비 관련장부에 의하여 확인되고 있어 쟁점부동산의 양도대금은 쟁점외부동산의 취득자금으로 사용된 것이 확인되고 있다.

위 사실과 관계법령을 종합하여 보면, 위 OOO 교회는 쟁점부동산의 신축시 금융기관의 융자 등 필요에 의하여 청구인 1인 개인명의로 등기되어 있으나 교회 고유의 목적을 달성하기 위하여 OOO 교회 신도가 출연한 헌금 등으로 취득하였으며 쟁점부동산의 양도대금도 쟁점외부동산의 신축자금으로 전액사용 되었음이 확인되고 있어 교회공동재산이라 할 것이며 위 OOO 교회는 법인으로 보아야 하고(법인세법 기본통칙 7-3-18-59의 3 및 국세청장 재산 01254-819, 87.4.1 같은 뜻임) 쟁점부동산의 양도에 따라 발생하는 양도소득에 대한 특별부가세는 조세감면규제법 제67조의14 제1항 제1호에 의하여 면제되는 것이므로 처분청이 청구인에게 부과한 이 건 양도소득세는 취소하는 것이 타당하다고 판단된다.

따라서 이 건 심판청구는 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.