가. 원고는 2011. 12. 3. 영창스틸 주식회사(이하 ‘영창스틸’이라 한다)에게 충남 홍성군 B 지상 건물의 2층 창호공사(이하 ‘이 사건 공사’라 한다)를 공사대금 14,300,000원(= 공급가액 13,000,000원 부가가치세 1,300,000원)에 도급주었고, 2011. 12. 26. 위 공사대금을 모두 지급하였으며, 영창스틸은 2011. 12. 31. 이 사건 공사를 완료하였다.

나. 원고는 2011. 12. 27. 영창스틸로부터 이 사건 공사대금으로 지급한 공급가액 7,000,000원의 매입세금계산서를 발급받아 그에 따른 매입세액 700,000원을 매출세액에서 공제하여 2011년 제2기 부가가치세를 신고하였고, 2012. 6. 13. 공급가액 6,000,000원의 매입세금계산서(이하 ‘이 사건 세금계산서’라 한다)를 발급받아 그에 따른 매입세액 600,000원을 매출세액에서 공제하여 2012년 제1기 부가가치세를 신고하였다.

다. 피고는 2015. 4. 1. 원고에 대하여 ‘이 사건 공사의 확인된 공급시기가 2011년 제2기이므로 이 사건 세금계산서에 따른 매입세액 600,000원을 2012년 제1기 매출세액에서 공제하지 않고 2011년 제2기 매출세액에서 공제하고자 한다’는 이유로 2012년 제1기 부가가치세 893,700원(= 본세 600,000원 가산세 293,700원)을 경정고지하였다

(이하 ‘종전 처분’이라 한다). 라.

원고는 2015. 4. 16. 피고에게 종전 처분의 취소를 구하는 이의신청을 하였으나 위 이의신청은 2015. 5. 15. 기각되었다.

원고는 2015. 6. 2. 국세청장에게 종전 처분의 취소를 구하는 심사청구를 하였고, 국세청장은 2015. 6. 17. 종전 처분의 가산세 293,700원을 감면하여 부과세액을 600,000원으로 경정한다는 결정을 하였다.

마. 피고는 2015. 6. 24. 국세청장의 위 결정에 따라 원고에 대하여 부과한 2012년 제1기 부가가치세 893,700원을 600,000원으로...