항소제기 이후의 소송비용은 원고가 부담한다.

2. 항소취지 : 제1심 판결을 취소한다. 피고가 2008. 7. 18. 원고에 대하여 한 취득세 46,363,550원의 부과처분 중 8,000,000원을, 농어촌특별세 4,636,350원의 부과처분 중 800,000원을, 등록세 46,363,550원의 부과처분 중 8,000,000원을, 지방교육세 9,272,710원의 부과처분 중 1,600,000원을 각 초과하는 부분을 취소한다.

가. 원고는 2008. 6. 5. 소외 1(대법원판결의 소외인)로부터 성남시 분당구 구미동 221 무지개마을 제상가동 제지하층 (이하 생략)(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)를 매매대금 4억 원에 매수하였다.

나. 원고는 이 사건 부동산의 취득과 관련하여 취득가액을 400,000,000원으로 하여 피고에게 취득세 등을 신고하려고 하였으나, 위 신고가액이 시가표준액(2,318,177,720원)에 미달하므로 이 사건 취득세·등록세의 과세표준은 위 시가표준액에 의하여야 한다는 취지의 피고 소속 공무원의 행정지도에 따라 2008. 7. 18. 피고에게 위 시가표준액을 과세표준으로 하여 취득세 및 등록세 각 46,363,550원, 농어촌특별세 4,636,350원(취득세액의 10%), 지방교육세 9,272,710원(등록세액의 20%)을 신고하고, 같은 날 피고로부터 납부기한이 2008. 8. 18.까지로 된 취득세 등의 납부고지서를 교부받아 그 중 등록세와 지방교육세만을 납부하고 이 사건 부동산에 관하여 소유권이전등기를 마쳤다.

다. 원고가 위 납부기한 내에 취득세와 농어촌특별세를 납부하지 아니하자, 피고는 2008. 9. 11. 원고에게 취득세 46,683,450원(가산세 포함), 농어촌특별세 4,668,340원(가산세 포함)을 납부할 것을 고지하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2 내지 5호증, 갑 제10호증, 을 제3 내지 8호증(가지번호 포함)의 각 기재, 당심 증인 소외 2의 증언, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 소 중 부과처분 취소청구 부분에 대한 판단

피고는 이 사건 소 중 부과처분 취소청구 부분은 제소기간이 지난 후에 제기된 것으로서 부적법하다고 주장하므로 살피건대, 취득세와 등록세 등은 신고납세방식의 조세로서 이러한 유형의 조세에 있어서는 원칙적으로 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 정하여 신고하는 행위에 의하여 납세의무가 구체적으로 확정되고( 대법원 2006. 1. 13. 선고 2004다64340 판결 등 참조), 한편, 지방세법 제72조 제1항 은 신고납부를 한 경우에는 그 신고납부를 한 때에 처분이 있었던 것으로 본다고 규정하고 있는데, 위 신고납부에는 납부가 수반되지 아니하는 신고도 포함되는 것으로 보아야 할 것인바( 대법원 2001. 2. 9. 선고 99두5955 판결 참조), 위 법리에 비추어 이 사건 취득세 등은 그 신고일인 2008. 7. 18.에 각 부과처분이 있었던 것으로 보아야 하고, 원고는 같은 날 위 각 부과처분이 있음을 알았다고 할 것인데, 이 사건 소 중 부과처분 취소청구 부분은 그로부터 90일의 제소기간이 지난 2008. 12. 11.에 이르러서야 비로소 제기되었음이 기록상 명백하여 부적법하다고 할 것이다.

3. 이 사건 소 중 부과처분 무효확인 청구 부분에 대한 판단

가. 원고의 주장

이 사건 부과처분에는 다음과 같이 중대·명백한 하자가 있어 무효이다.

(1) 이 사건 부동산의 전소유자였던 소외 1은 2007. 8. 28. 임의경매절차에서 352,510,000원에 이를 낙찰받아 취득하였고, 원고는 2008. 6. 5. 소외 1로부터 이를 4억 원에 매수한 다음 피고에게 부동산거래신고를 하여 신고필증까지 교부받은 점, 이 사건 부과처분에서 신고가액이 아닌 시가표준액을 과세표준으로 할 경우 위 낙찰대금 352,510,000원을 과세표준으로 하여 산정된 취득세·등록세 등을 납부한 소외 1과의 형평에도 반하는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 부동산거래는 지방세법 제111조 제5항 제5호 , 제130조 제3항 , 공인중개사의 업무 및 부동산 거래신고에 관한 법률(이하 ‘부동산거래신고법’이라 한다) 제27조 , 제28조 에 의하여 부동산거래 신고가격의 적정성이 검증된 경우에 해당한다고 보아야 할 것이므로, 사실상의 취득가격(신고가액)이 과세표준이 된다고 할 것임에도, 피고 소속 공무원이 단지 신고가액이 시가표준액에 미치지 못한다는 이유만으로 신고가액에 의한 취득세 등의 신고·납부를 거부하고 앞서 본 바와 같은 행정지도를 함으로써, 원고는 자진신고납부 해태에 따른 가산금부과의 회피 및 신속한 소유권이전등기를 위하여 부득이 자진신고납부를 하기에 이르렀다.

(2) 피고가 이 사건 부동산에 관하여 신고된 실제거래가격을 인정하여 부동산거래계약 신고필증을 교부하였음에도, 이 사건 부과처분과 관련하여서는 이러한 선행행위와 모순되게 위 신고가액을 부정하고 시가표준액을 과세표준으로 하여 취득세 등을 신고하도록 한 것은 신뢰보호원칙에 위반된다.

나. 판단

살피건대, 지방세법은 취득세·등록세의 과세표준이 되는 취득(등록) 당시의 가액은 취득자(등록자)가 신고한 가액에 의하고, 신고가액이 시가표준액에 미달하는 때에는 그 시가표준액에 의하되, 부동산거래신고법 제27조 의 규정에 의한 신고서를 제출하여 동법 제28조 의 규정에 의하여 검증이 이루어진 취득(등록)에 대하여는 이에 불구하고 사실상의 취득가격에 의하도록 하고 있는바( 지방세법 제111조 제2항 , 제5항 제5호 , 제130조 제2항 , 제3항 ), 원고가 주장하는 바와 같은 사정만으로는 이 사건 부동산거래에 관하여 부동산거래신고법 소정의 검증이 이루어졌다고 할 수 없고, 달리 위와 같은 검증이 이루어졌다고 볼 만한 자료도 없으므로 이 사건 처분에 하자가 있다고 할 수 없고[가사 이와 달리 본다고 하더라도, 행정청이 어느 법률관계나 사실관계에 대하여 어느 법률의 규정을 적용하여 행정처분을 한 경우에 그 법률관계나 사실관계에 대하여는 그 법률의 규정을 적용할 수 없다는 법리가 명백히 밝혀져 그 해석에 다툼의 여지가 없음에도 행정청이 위 규정을 적용하여 처분을 한 때에는 그 하자가 중대하고도 명백하다고 할 것이나, 그 법률관계나 사실관계에 대하여 그 법률의 규정을 적용할 수 없다는 법리가 명백히 밝혀지지 아니하여 그 해석에 다툼의 여지가 있는 때에는 행정관청이 이를 잘못 해석하여 행정처분을 하였더라도 이는 그 처분 요건사실을 오인한 것에 불과하여 그 하자가 명백하다고 할 수 없음에 비추어( 대법원 2009. 9. 24. 선고 2009두2825 판결 참조), 위와 같은 하자가 명백하다고 할 수도 없다], 피고가 신고된 거래가격을 인정하여 부동산거래계약 신고필증을 교부한 것만으로는 위 신고가액을 과세표준으로 하여 조세부과처분을 하겠다는 취지의 공적 견해를 표명한 것으로 볼 수도 없으므로, 이 사건 부동산의 시가표준액을 과세표준으로 하여 취득세 등을 산정한 피고의 이 사건 부과처분은 적법하다고 할 것이고, 원고의 위 주장은 이유 없음에 돌아간다.

4. 결론

그렇다면, 이 사건 부과처분 취소청구 부분의 소는 부적법하므로 각하할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 이에 대한 원고의 항소와 당심에서 추가한 선택적 청구는 모두 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.