2. 소송비용은 피고가 부담한다.

다음의 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1호증의 1-4, 갑 제2호증의 1, 2, 갑 제3호증, 갑 제5호증의 1, 갑 제6호증의 1, 을 제1-3, 7, 8호증의 각 1, 2의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 인정할 수 있다.

가. 원고는 1999. 11. 10. 설립된 법인으로 금지금(金地金)을 세공하여 팔찌 ・ 귀걸이 ・ 목걸이 ・ 반지 등을 제조하여 중동지역에 전량 수출하고 있다.

나. 원고는 2003. 9. 29.부터 2004. 6. 7.까지 주식회사 ○○(변경전 상호 주식회사 XX라인, 이하 '○○'라 한다)로부터 금지금 182kg을 매입하면서 수취한 공급가액 합 계 2,641,870,600원 상당의 세금계산서 97매를 피고에게 제출하고, 위 공급가액을 매입세액으로 공제하여 2003년도 2기 및 2004년도 1기 부가가치세를 신고하였다.

다. 서울지방국세청장은 원고와 ○○에 대하여 세무조사를 실시한 결과, 위 세금계산서 97매 중 2003. 9. 29.부터 2003. 12. 23.까지 수취 한 공급가액 1,066,404,600원의 세금계산서 34매 및 2004. 1. 6.부터 2004. 5. 12.까지 수취 한 세금계산서 904,347,000간 의 세금계산서 37매(이하 위 세금계산서 71매를 가리켜 '이 사건 세금계산서'라 한다) 의 경우 이른바 폭탄업체 및 도관업체가 개입된 변칙거래라는 이유로 사실과 다른 세금계산서로 보아 피고에게 통보하였다.

라. 이에 피고는 2008. 8. 1. 원고에 대하여 2003년도 2기 부가가치세 138,632,590 원, 2004년도 1기 부가가치세 147,914,990원, 2003년도 법인세 21,328,090원, 2004년도 법인세 18,086,940원을 각 부과하였다.

마. 원고가 위 각 처분에 불복하여 2008. 9. 25. 조세심판을 청구하였으나, 그 청구가 2011. 1. 13. 기각되었다.

바. 한편, 피고는 이 사건 소송 계속 중인 2011. 7. 6. 2003년도 2기 부가가치세 중 세금계산서합계표미제출가산세 21,328,092원 부분, 2004년도 1기 부가가치세 중 세금계산서 합계표미 제출가산세 9,043,470원, 2003년도 법인세 21,328,090원, 2004년도 법인세 18,086,940원을 취소하였다(이하 남은 2003년도 2기 부가가치세 부과처분 및 2004 년도 1기 부가가치세 부과처분을 모두 가리켜 '이 사건 각 처분'이라 한다).

2. 처분의 적법 여부

가. 피고의 주장

원고가 ○○를 거쳐 금지금을 매입하기에 앞서 폭탄업체가 존재하는 점, 이 사건 세금계산서에 따른 거래는 실물 이동 후 원고의 매출처로부터 폭탄업체에 이르기까지 대금결제가 역순으로 이루어진 점, 원고의 전단계 거래자들이 1-2일 사이에 3-4단계 이상의 거래를 거친데다가 최초거래 단계보다 최종거래 단계의 단가가 낮아진 점, 원고가 수출시 운송업체를 통하여 금가공품을 운송하였음에도 금지금 매입시 직원이 직접 운반하였다고 주장하는 것은 납득하기 어려운 점, 원고가 분할증명서를 수수하지 아니한 점, 원고가 거래한 금지금을 특정할 수 있는 제조회사, 고유번호 등에 대한 자료를 제출하지 아니하는 점 등에 비추어 볼 때, 이 사건 세금계산서에 따른 거래는 신의성 실의 원칙에 위배되므로 원고에 대하여 매입세액공제를 적용하지 아니할 수 있다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

수출업자가 그 전단계에 부정거래가 있었음을 알면서도 아랑곳없이 그 기회를 틈타 자신의 이익을 도모하고자 거래에 나섰고, 또한 그의 거래 이익도 결국 앞서의 부정거래로부터 연유하는 것이며 나아가 그의 거래 참여가 부정거래의 판로를 확보해 줌으로써 궁극적으로 부정거래를 가능하게 한 결정적인 요인이 되었다면, 이는 그 전제가 되는 매입세액 공제 ・ 환급제도를 악용하여 부당한 이득을 추구하는 행위이므로, 그러한 수출업자에게까지 다른 조세수입을 재원으로 삼아 매입세액을 공제 ・ 환급해 주는 것은 부정거래로부터 연유하는 이익을 국고에 의하여 보장해 주는 격이 됨은 물론 소극적인 조사수입의 공백을 넘어 적극적인 국고의 유출에 해당되는 것이어서 부가가치세 제도 자체의 훼손을 넘어 그 부담이 일반 국민에게 전가됨으로써 전반적인 조세체계에 미치는 심각한 폐해를 막을 수도 없다. 따라서 이러한 경우의 수출업자가 매입세액의 공제 ・ 환급을 구하는 것은 보편적인 정의관과 윤리관에 비추어 도저히 용납될 수 없으므로, 이는 국세기본법 제15조에서 정한 신의성실의 원칙에 반하는 것으로서 허용될 수 없다. 이러한 법리는 공평의 관점과 결과의 중대성 및 보편적 정의감에 비추어 수출업자가 중대한 과실로 인하여 그와 같은 부정거래가 있었음을 알지 못한 경우, 곧 악의적 사업자와의 관계로 보아 수출업자가 조금만 주의를 기울였다면 이를 충분히 알 수 있었음에도, 거의 고의에 가까운 정도로 주의의무를 현저히 위반하여 이를 알지 못한 경우에도 마찬가지로 적용된다고 보아야 한다(대법원 2011. 1. 20. 선고 2009두13474 전원합의체 판결 참조).

그런데 갑 제2호증의 2, 갑 제3호증, 갑 제4호증의 1, 갑 제6호증의 1, 갑 제9, 10호증, 갑 제11호증의 1, 2, 갑 제12호증의 1-3, 갑 제13호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 원고가 1999. 11. 10. 설립된 이래 2000. 4. 4. 서울지방중소기업청 수출지원 대상업체 선정, 2000. 11. 30. 한국무역협회 수출 백만불탑 수상, 2001. 11. 30. 한국무역협회 수출 삼백만불탑 수상, 2003. 12. 12. 중소기업진흥공단 중소기업 대상 우수기업 선정, 2006. 11. 30. 한국무역협회 수출 천만불탑 수상 등의 경력을 지닌 업체로서 이른바 금지금 폭탄영업이 만연하기 전부터 꾸준히 귀금속 제조 ・ 수출을 해온 점, ② 원고는 폭탄영업이 문제되는 다른 수출업체의 경우처럼 금지금을 매입하였다가 그대로 수출한 것이 아니라 ○○로부터 1일 1~4kg 씩 소량으로 금지금을 매입하고 매입한 금지금을 가공하여 귀금속을 제조한 다음 이를 전량 수출하였는바, 부가가치를 실제로 창출하였을 뿐만 아니라 원고가 부정거래의 판로를 확보할 의도였다면 굳이 이러한 방법을 사용하지 않았을 것으로 보이는 점, ③ 원고가 ○○로부터 금지금을 실제 인도받으면서 인수증을 주고받았으며 ○○의 예금계좌에 매입대금 전액을 입금한 점, ④ 원고가 입금한 돈이 원고에게 다시 반환되었다고 볼 자료가 전혀 없는 점, ⑤ 피고의 주장과 같이 이 사건 세금계산서에 따른 거래가 실물 이동 후 원고의 매출처로부터 폭탄업체에 이르기까지 대금결제가 역순으로 이루어졌다고 볼 금융내역 등 객관적인 자료가 전혀 없고, 그밖에 달리 대금결제 방법이 이례적이라고 볼 자료가 없는 점, ⑥ 폭탄영업이 문제되는 다른 수출업체의 경우와 달리 원고의 귀금속 제조품 수출가격이 금지금의 시세나 수입가격에 못 미친다고 볼 자료도 없고, 원고의 수출거래 상대방이 비정상적인 업체라고 볼 자료도 없는 점 등에 비추어 볼 때, 을 제4, 5, 6호증의 각 기재만으로 이 사건 세금계산서에 따른 거래를 두고 원고가 그 전단계에 부정거래가 있었음을 알면서도 아랑곳없이 그 기회를 틈타 자신의 이익을 도모하고자 거래에 나섰다거나 중대한 과실로 인하여 그와 같은 부정거래가 있었음을 알지 못한 경우에 해당한다고 보기 어렵다. 따라서 이 사건 세금계산서에 따른 거래가 신의성실의 원칙에 위배된다고 할 수 없다. 그러므로 이 사건 처분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.