가. 청구법인은 선박엔진 및 선박구성품을 생산하여 국내 또는 해외에 공급하는 사업자로, 2006.3.30. OOO 주식회사로부터 OOO지구 공유수면매립사업에 관한 권리를 양수받고, 2007.6.7.부터 본격적인 매립사업에 착수하였는바, 청구법인이 당해 매립지(이하 “쟁점매립지”라 한다)의 공사준공(2009.9.30.) 전 실시한 링블럭추가공사, 작업장조성공사(이하 “쟁점공사”라 한다) 비용(링블럭추가공사비 OOO원, 작업장조성공사비 OOO원 합계 OOO원)에 대한 매입세액인 2007년 제2기분 OOO원, 2010년 제1기분 OOO원, 2010년 제2기분 OOO을 각 과세기간 매출세액에서 공제하여 부가가치세 신고를하였다.

나. 처분청은 청구법인이 시행한 쟁점공사와 관련하여 발생한 비용을 매립토지의 효용성 증가를 위해 지출한 비용으로서 토지관련 매입세액으로 보아 불공제하여 2011.2.14. 청구법인에게 부가가치세 2007년 제2기분 OOO원, 2010년 제1기분 OOO원, 2010년 제2기분 OOO원을 경정·고지하였다.

다.청구법인은 이에 불복하여 2011.5.4.심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

대법원은 “토지에 구축물을 설치하기 위한 비용은 당해 구축물의 취득비용에 해당하는 것으로서 원칙적으로 토지의 조성을 위한 자본적 지출에 포함되지 아니한다”(2004두39, 2004.3.25. 선고)라고 판시한 바 있고, 조세심판원 결정례(조심 2009중512, 2009.11.5.), 과세관청의 유권해석(심사부가 2008-144, 2008.10.31. 등)에서도 토지 관련 매입세액과 구축물에 관련된 비용을 구분하여 후자에 대해서는 일관되게 매입세액으로 인정하고 있는바, 쟁점공사 비용은 토지의 효익증대를 위해 사용된 금액이 아니라 별도의 구축물을 설치·조성하기 위하여 지출된 비용으로서 “토지 관련 매입세액”과는 구분되고,

쟁점매립지 준공 이전에 사용된 링블럭 조성공사는 사업지 경계부마운딩, 상록차폐수림대 설치, 정방포장 등이 이루어져 이미 토지조성이 사실상 완료된 부지 위에 OOO의 승인을 얻어 2007년 7월부터 별도의 구축물인 링블럭 P.E(Pre-Election으로 이하 “P.E"라 한다)장을 설치하는 공사인데, 처분청이 매입세액 불공제한 링블럭 추가공사는 매립사업의 95% 이상이 마무리된 2008년부터 쟁점매립지가 조선원자재(강재) 및 기자재(블럭)의 야적장으로 사용되고 있어 이의 이용을 위하여 주차장 및 진입도로를 건설하는 것으로 그 비용은 토지의 효익 증대와는 명백히 구분되는 비용이며,

작업장조성공사비 중 쇄석공사는 향후 작업장 설치, 우수처리시설 공사, 설비공사 및 전기공사 등을 하기 위한 공사이고, 차폐수림대 조성공사는 주민들이 거주하는 마을과 공장시설을 구분하기 위해 실시하는 공사로, 이에 소요된 비용은 쟁점매립지의 일반적인 효용을 증대하기 위한 비용이 아니라 작업장 등 공장시설의 설치 및 사용이 가능하게 하기 위한 비용이다. 따라서 링블럭 추가공사와 작업장조성공사와 관련한 매입세액을 토지 관련 매입세액으로 보아 매입세액 불공제한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

골재포설공사비용은 쟁점매립지에 공사장과 토사장의 토사가 사용되었기에 이를 방치하면 비산먼지가 발생하고 강우시 토양 및 주변 농경지로 매립토사가 유출되어 민원발생 및 토지가치 하락이 예상되어 청구법인이 2007년 7월부터 야적장으로 사용될면적뿐만 아니라 매립지 전체면적에 대해 골재를 포설한 비용으로, 청구법인이 OOO로부터 자재의 안정적 야적과 매립지의 분진발생 예방을 목적으로 골재포설승인을 받은 점을 고려할 때, 청구법인의 주장처럼 골재포설이 야적장 조성만을 위한 것이 아님이 확인되고, 청구법인이 생산하는 선박엔진 및 선박구성품 등은 그 무게가 상당하여 별도의 지반강화 공사없이 단순히 쇄석만을 포설한 상태로는 야적이 불가능하므로 야적장 조성을 위해 골재를 포설한 것이 아닌 것으로 판단되며,

청구법인이 매립공사 사무실 주변에 쇄석을 포설한 것을 주차장개설공사라고 주장하는 공사는 궁극적으로 쟁점매립지의 비산먼지 및 매립토사 유실 방지 목적 공사의 일부분이고, 청구법인이 진입도로 개설 명목으로 매립지에 쇄석을 포설한 것도 매립지의 비산먼지 및 매립토사 유실 방지 목적으로 매립지 전체에 대해 쇄석을 포설하기 위한 전단계 공사에 해당하여 동 비용은 토지 관련 매입액이므로 매입세액 불공제 대상이다.

쟁점매립지는 민원 등으로 작업장 조성 및 공장신설이 어려워 현재까지 나대지 상태에 있는 토지로 청구법인이 차폐수림대를 조성한 목적이 청구법인의 주장처럼 소음 및 분진예방의 목적이 아니라 차폐수림대의 주종인 대나무가 토지의 결속력을 강화하여 토지의 효용성을 증가시키는 식물로 쟁점매립장의 비산먼지 방지와 강우시 매립토사유출의 방지목적인바, 이와 관련된 매입세액은 토지 관련 매입세액으로 불공제하는 것이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점매립지에 대하여 준공전 임시사용허가를 받아 야적장, 사업장 조성공사를 위한진입도로 및 주차장 설치를 위해 쇄석을 포설하고, 차폐수림대 조성을 위하여지출한 비용과 관련된 매입세액이 토지 관련 매입세액에 해당하는지 여부

나.관련법령

(1) 부가가치세법

제17조(납부세액) ① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액

(2) 부가가치세법 시행령

제60조(매입세액의 범위) ① 법 제17조 제2항 제1호 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우는 다음 각호에 규정하는 경우로 한다.

⑥ 법 제17조 제2항 제4호에서 "대통령령이 정하는 토지관련 매입세액"이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각호의 1에 해당하는 매입세액을 말한다.

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액

3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액

다. 사실관계 및 판단

(1)처분청은 쟁점매립지의 매입과 관련하여 청구법인이 매립사업 준공(2009.9.30.) 전 OOO시청으로부터 공유수면 매립지의 한시적 사용을 득한 후 야적장 및 주차장 조성공사 등의 명목으로 골재를 포설한 비용과 매립사업 준공 후 작업장 조성공사 명목으로 골재포설 및 차폐수림대를 조성하기 위하여 지출한 비용 1,912,078,000원은 실질적으로 매립토지의 효용성 증가를 위해 지출한 비용이므로 관련 매입세액 191,207,000원은 토지관련 매입세액으로 본점 해당분 129,930,000원은 매입세액 불공제로 경정하고, 지점 해당분 61,277,000원은 관할세무서인 OOO세무서장에게 과세자료 통보하는 것으로 조사하였음이 처분청이 제출한 부가가치세 환급현지확인 종결복명서에 나타난다.

(2) OOO시장과 청구법인이 2007.6.7. 체결한 수정지구 공유수면매립사업 협약서에 의하면, 수정지구 공유수면매립사업은 수정지구 공유수면을 매립하여 230,978㎡의 부지를 조성하는 사업으로 사업에 소요되는 총공사비(공사비, 보상비, 용역비, 이자, 기타)등을 전부 청구법인이 부담하고, 사업비의 정산은 쟁점매립지의 준공후 조성된 부지 중 공공용지를 제외한 부지의 소유권을 청구법인에게 이전함으로써 종결하는 것으로 되어 있다.

(3)OOO는 2008.10.24. 사용면적을 매립지 중 100,000㎡, 사용기간을 2008.12.31.까지(2009.2.10. 사용기간을 2009.5.31.로 연장하였다), 사용목적을 조선원자재의 임시 야적, 허가조건을 타용도로는 사용할 수 없는 것 등으로 하여 청구법인에게 쟁점매립지의 준공검사전 사용허가를 하였음이 마산시가 청구법인에게 보낸 공문에 나타난다.

(4) OOO시가 2008.11.25. 청구법인에게 수정지구 공유수면매립공사구간내 골재포설을 승인하는 공문에 의하면, OOO시는 쟁점매립지의 준공검사전 사용허가구간에 대하여 골재포설허가면적을 100,000㎡(단, 2007년도 한시적 사용승인을 득하여 콘크리트 포장된 구간은 포설대상에서 제외하는 것으로 되어 있다), 골재포설 두께를 25㎝, 골재포설목적을 자재의 안정적 야적 및 분진발생 방지, 조건사항을 골재의 포설목적 이외의 용도로 시공을 금지하는 것 등으로 하여 골재포설을 승인한 것으로 나타난다.

(5) 처분청은 청구법인이 2011.1.7. 제기한 과세전적부심사청구에서 쟁점공사 비용은 토지의 조성과 상관없이 별도의 구축물을 설치·조성하기 위하여 지출한 비용이므로 매입세액 공제가 허용되어야 한다고 주장한 것에 대하여 처분청은 쟁점공사비용인 주차장 및 진입도로, 야적장 시설 이용을 위한 쇄석포장 및 차폐수림대조성 비용은 쟁점매립지의 비산먼지 방지와 매립토사 유출을 방지하여 매립지의 보존을 위해 시행한 공사비용으로 야적장으로 사용될면적뿐만 아니라 매립지 전체면적에 대해 골재를 포설한 공사 비용이므로 동 골재포설공사는 야적장 조성보다는 매립토지 보전을 위한 공사로 보아 그 매입세액은 토지관련 매입세액에 해당한다고 결정하였음이과세전적부심사청구 결정서에 나타난다.

(6) OOO는 2009.6.12. OOO 323-4번지 일원 276,189㎡(공유수면매립지 260,858㎡, 육지부 15,331㎡)의 산업단지계획을 승인·고시(산업단지명 : 수정일반산업단지)하였고, 그 승인조건 중 하나로 사업지 경계부 폭원 15m이상을 마운딩(3～5m) 처리한 후, 차폐상록수림대를 조성·관리하여야 한다는 조건을 제시하였다. 청구법인이 제출한 현장사진에 의하면, 쟁점매립지 주변에 위와 같은 차폐상록수림대가 조성된 사실이 확인된다.

(7) 청구법인은 쟁점공사비용이 토지에 대한 자본적 지출이 아닌 구축물의 취득원가에 포함된다고 주장하며, 링블럭추가공사인 주차장 및 진입도로 조성공사와 관련된 비용을 구축물인 링블럭P.E장 취득원가에 가산하고, 작업장 조성공사인 쇄석포장 및 차폐수림대 조성공사와 관련된 비용을 ‘건설중인 자산’계정으로 회계처리하였다고 하고 있다.

(8) 청구법인은 쟁점공사 이전에 토지가 매립사업 준공으로 평탄화 작업이 모두 완료되어 쟁점공사가 토지조성을 위한 공사가 아니고, 그 비용도 동 사업의 총사업비에 포함되지 아니하였다고 주장하며,OOO공유수면 매립사업의 총사업비 산정결과표, 링블럭P.E장 조성공사 내역서 등을 제출하고 있다.

(9)청구법인이 제출한 쟁점공사 당시의 사진에 의하면, 중장비를 이용하여매립지 지면에 골재를 포설하고 포설한 골재를 다지는 장면과 매립지의 육지쪽 경계부에 토사를 쌓고 그 위에 대나무를 식재하고 있는 장면(차폐상록수림대 조성공사)이 나타난다.

(10)청구법인이 2007년 7월부터 야적장으로 사용된 면적뿐만 아니라 매립지 전체면적에 대해 골재를 포설하여 쟁점공사의 골재포설공사가 단순히 야적장 조성의 목적만을 위해 행하여 진 것이 아니라 매립지 전체의 비산먼지 방지 및 매립토사 유출 방지의 목적으로 행하여져 매립지 토지의 효용성을 증가시키기 위한 것이라는 처분청의 의견에 대해

청구법인은 쟁점공사 중의 골재포설공사는 매립지 전체면적의 일부인 43,229㎡(약 13,000평)에 불과하여 처분청의 의견은 사실과 다르다고 주장하며, 골재포설공사와 관련하여 2007.7.20. 체결된 도급계약서[계약자 : 도급인 청구법인, 수급인 OOO건설 주식회사, 도급금액 : 7OOO원(부가가치세 별도), 공사기간 : 2007.7.20. ～ 2007.9.30.]를 제출하고,동 도급계약에 대한 수정만 1차 링블럭P.E장 조성공사내역서상 1-4-1과 1-4-2의 콘크리트 정리/양생면적 24,108㎡와 19,121㎡에 대해서만 골재포설작업을 실시하였다고 주장하고 있다.

(11) 쟁점매립지는 당초 OOO 작업장 등 수정일반산업단지가 조성될 예정이었으나 현재는 조선원자재 등의 야적장으로만 일부가 사용되고, 나머지는 공지상태임이 확인된다.

(12) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 청구법인은 링블럭P.E장 조성공사의 추가공사 및 작업장 조성공사의 일환으로 매립공사 사무실의 주변 주차장, 진입도로 및 작업장 일원에 쇄석 포설작업을 하였다고 하나,

매립지 지표면 위에 단순 포설된 골재만을 별도의 구축물이라 보기 어렵고, 청구법인이 2008.10.24. 준공검사 전 마산시로부터 조선원자재의 임시 야적을 목적으로 쟁점매립장의 사용허가를 받아 심리일 현재까지 쟁점매립장 일부를 야적장의 용도로만 사용하고 있고, 청구법인이 마산시로부터 인수한 이후에 매립지 면적 전체에 대해 쇄석을 포설한 점에 비추어, 청구법인이 쟁점매립장에 골재를 포설한 것은 쟁점매립장에서의 비산먼지 방지와 매립토사의 유출을 방지하고, 매립지내에서의 조선원자재의 원활한 운반과 보관을 하도록 사업부지를 조성한 공사로서 쟁점매립지의 이용효율을 높이기 위한 것으로 보이며,

청구법인이 행한 차폐상록수림대 조성공사 또한 쟁점매립지와 인근 마을간의 경계부에 단순히 토사를 쌓고 그 위에 대나무를 식재한 것에 불과하여 구축물이라 보기 어렵고, 매립지내의 먼지발생 및 토사유출로 인한 인근 주민들의 민원발생을 방지하여 쟁점매립지의 이용도를 높이기 위한 것으로 보이므로, 처분청이 쟁점공사와 관련된 매입세액을 토지관련 매입세액으로 보아 이를 불공제하고 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.