2. 소송비용은 원고가 부담한다.

원고는 상하수도수자원개발도시계획 등 국가기반시설의 설계 및 감리를 수행하는 회사이다.

서울지방국세청은 2011. 12. 27.부터 2012. 4. 10.까지 원고에 대한 법인제세 통합조사 및 주식변동조사를 실시한 결과, 원고가 아래와 같이 2006년부터 2010년까지 아무런 증빙 없이 직원들의 출장비(일당, 숙박비)로 계상한 합계 65,915,445,254원이 출장비가 아닌 급여성 경비에 해당한다고 보아 이를 직원들의 근로소득으로 하는 과세자료를 피고에게 통보하였다.

그에 따라 피고는 2012년경 원고에게 2007년부터 2010년까지의 원천징수분 근로소득세 합계 12,426,005,660원(주민세 포함)을 결정고지하였고, 원고는 2006년 원천징수분 근로소득세 1,898,518,470원(주민세 포함), 2011년 원천징수분 근로소득세 1,059,667,630원을 수정신고하였다.

원고는 아래 표 기재와 같이 위 근로소득세 과세에 따른 대응방안을 고려한 뒤 2번째 방법을 취하기로 하여, 위 근로소득세의 납세의무자인 개인들에게 알리지 아니한 채 2012년 중 위 2006년부터 2011년까지의 원천징수분 근로소득세 합계 15,384,191,760원을 납부한 후, 이를 구상하지 아니하고 2012 사업연도 법인세를 신고하면서 위 금액 중 대표이사 및 임원분 소득세 납부액 2,828,669,860원, 잡손실 11,660,000원 합계 2,840,329,860원에 대해서는 손금불산입 세무조정을 하였으나, 재직 직원분 소득세(이하 ‘이 사건 직원분 소득세’라 한다) 납부액 11,684,792,138원, 퇴사자분 소득세(이하 ‘이 사건 퇴사자분 소득세’라 한다) 납부액 611,998,993원, 대표이사분 소득세 납부액 중 247,070,769원 합계 12,543,861,900원에 대해서는 세무조정 없이 손금으로 처리하였다.

한편 원고는 이 사건 직원분 소득세 납부액 11,684,792,138원, 이 사건 퇴사자분...