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광주지방법원 2019.06.20 2015구합13611

부가가치세등부과처분취소

주문

1. 원고들의 피고들에 대한 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고들이 부담한다.

이유

1. 처분의 경위

가. 원고들은 수산업협동조합법에 의하여 설립된 비영리법인으로서 지구별 M조합이고, 구 조세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제106조의2에 따른 N류 관리기관으로서 오른쪽 그림과 같이 정유사로부터 유류를 면세로 구입하여 M조합 급유소 및 공급대행 주유소를 통해 관리지역 내 어민들에게 어업용 N를 공급하여 왔다.

나. 피고들은 2013년 어업용 N 부정유통혐의자료 처리계획에 따라 원고들의 어민들에 대한 어업용 N류의 공급관리에 대한 점검(대상년도: 2008. 1. 1. ~ 2012. 12. 31.)을 실시한 결과, 원고들이 ① 해외출국 중인 어민 또는 ② 사망한 어민에게 N류 구입카드 또는 출고지시서(이하 ‘N류 구입카드 등’이라 한다)를 발급하거나, ③ 폐선, ④ 계선 선박검사증서를 발급받은 자가 일정 기간 동안 운항하지 아니할 목적으로 그 증서를 반납한 후 해당 선박을 계류하는 것을 말한다

(선박안전법 시행령 제2조 제1항 제1호). , ⑤ 선박안전검사 미검사 선박에 대하여 N류 구입카드 등을 발급한 사실(이하 순번에 따라 ‘ 처분사유’라 한다)을 확인하였다.

다. 이에 피고들은 N류 구입카드 등의 발급에 관리부실이 있다는 이유로, 원고들에 대하여 구 조세특례제한법 제106조의2 제11항 제2호에 따라 원고들이 감면받은 교통에너지환경세, 교육세, 부가가치세의 세액의 20%에 해당하는 별지 1 목록 각 기재 가산세를 각 부과(이하 ‘이 사건 각 처분’이라 한다)하였다. 라.

원고들은 이에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2014. 7. 29. 청구 기각 결정을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제4호증, 을 제7, 9 내지 20호증(가지번호 포함. 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의...