2. 항소비용은 피고가 부담한다.

2. 항소취지 : 제1심 판결을 취소한다. 원고의 청구를 기각한다.

이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는 제1심 판결 제9쪽 열아홉째 줄의 “직적일까지의”를 “직전일까지의”로, 스물한째 줄의 “1/100를”을 “1/100을”로 각 고치고, 피고가 당심에서 거듭하여 강조하는 주장에 대하여 아래 제2항 기재와 같은 판단을 추가하는 외에는 제1심 판결의 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항 , 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

2. 추가 판단

가. 피고의 주장

1) 원고는 인증수출자의 지위에 있지도 않은 LHT가 잘못된 원산지인증수출자번호를 기재하여 자율 발급한 원산지증명서로 협정관세의 적용을 신청하여 협정관세를 적용받았는바, 이는 한-EU FTA, 구 FTA 특례법, 관세법상의 협력의무를 위반한 것이고, 그 결과 부당하게 협정관세를 적용받아 관세 및 부가가치세 납부의무를 면제받은 것이므로, 원고는 관세 및 부가가치세의 신고 및 납부의무를 불성실하게 이행하였다 할 것이며, 이와 같은 의무위반 사실은 원고가 피고의 부과고지 이후에 관세법에 따른 감면신청을 하였다고 하여 소멸하거나 치유되는 것이 아니다.

2) 본세와 가산세는 과세요건이 상이하고 법적 성질을 달리하는 별개의 부과처분이므로, 가산세에 대하여 별도 감면신청을 하지 않은 이상, 본세를 감면받았다고 하여 가산세도 당연히 감면되는 것은 아니다.

나. 판단

1) 첫 번째 주장에 관하여

구 관세법 시행령 제112조 는 관세 감면신청의 절차 등에 관하여 규정하면서 제1항 에서 감면 신청의 원칙적인 방법으로 ‘수입신고 수리 전에 신청서를 제출하는 방법’을 규정하고 있으나, 제2항 에서 ‘ 위 제1항 에도 불구하고 관세법 제39조 제2항 (부과고지)에 따라 관세를 징수하는 경우에는 해당 납부고지를 받은 날로부터 5일 이내에( 제1호 ), 그 밖에 수입신고 수리 전까지 감면신청서를 제출하지 못한 경우에는 해당 수입신고 수리일로부터 15일 이내에( 제2호 ) 각각 감면신청서를 제출할 수 있다’고 규정하고 있다.

그런데 원고는 LHT가 한-EU FTA에 따른 협정관세 적용 대상 인증수출자가 아님에도 쟁점물품 수입 건에 대하여 협정관세 적용을 신청하였다가 피고로부터 수입검증 서면조사 결과 통지, 관세와 부가가치세 및 각 가산세의 부과고지를 받은 사실은 당심이 인용한 제1심 판결의 이유 기재와 같으나, 한편으로 원고가 피고의 조사에 따른 위 부과고지를 받은 날로부터 5일 이내에 위 구 관세법 시행령 제112조 제2항 제1호 에 따라 피고에게, 관세 본세에 관하여는 구 관세법 제89조 제1항 제1호 를 근거로, 부가가치세 본세에 관하여는 구 부가가치세법 제12조 제2항 제15호 를 근거로 감면 및 환급신청(세율불균형품목에 대한 감면 등 신청)을 하였고, 피고는 이와 같은 감면신청을 적법한 것으로 인정하여 관세 및 부가가치세 본세를 원고에게 모두 환급한 사실 역시 당심이 인용한 제1심 판결의 이유 기재와 같으므로, 원고는 위 규정에 따른 적법한 사후 감면신청을 하여, 그에 따라 적법하게 쟁점물품 관련 관세 및 부가가치세를 전액 감면받았다 할 것이다.

따라서 원고는 위와 같이 감면된 관세 및 부가가치세의 신고·납부의무와 관련하여 그 의무를 불이행한 사실이 없다 할 것이므로, 피고의 위 주장은 이유 없다.

2) 두 번째 주장에 관하여

또한 본세와 가산세는 법적 성질을 달리하는 별개의 부과처분이지만, 당심이 인용한 제1심 판결의 이유 기재와 같이 본세와의 관계(예를 들어 본세의 산출세액 또는 납부세액이 없는 경우 등)에서 개별 가산세액을 어떻게 산정하여 부과할 것인지는 가산세의 해당 근거법령의 구체적 규정 내용에 따라 결정되어야 할 문제라고 할 것이다( 대법원 2007. 3. 15. 선고 2005두12725 판결 등 참조).

그런데 구 관세법 제42조 제1항 은 ‘세관장은 제38조의3 제1항 또는 제4항 에 따라 부족한 관세액을 징수할 때에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 징수한다’고 규정하면서 ‘ 해당 부족세액의 100분의 10 ’( 제1호 ) 및 ‘ 해당 부족세액 × 당초 납부기한의 다음 날부터 수정신고일 또는 납세고지일까지의 기간 × 일정한 이자율’( 제2호 )을 규정하고 있고, 구 국세기본법 제47조의3 제1항 제2호 는 ‘납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고를 한 경우로서 부가가치세의 납부세액을 과소신고하거나 환급세액을 초과신고한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과신고한 환급세액을 합한 금액의 100분의 10 에 상당하는 금액을 가산세로 한다’고 규정하고 있으며, 같은 법 제47조의4 제1항 제1호 는 납세의무자가 세법에 따른 납부기한까지 국세의 납부를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부한 경우에는 ‘ 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액 × 납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 일정한 이자율‘( 제1호 )에 의한 금액을 가산세로 한다고 규정하고 있다.

이 사건의 경우 앞서 본 바와 같이 원고의 적법한 사후 감면신청에 따라 피고가 쟁점물품에 대한 관세 및 부가가치세를 감면·환급해 줌으로써 관세 및 부가가치세 납부세액의 부족세액이 존재하지 않게 되었으므로, 납부세액을 기준으로 산정되는 구 관세법 제42조 제1항 및 구 국세기본법 제47조의3 제1항 제2호 , 제47조의4 제1항 제1호 에 따른 가산세 역시 가산세에 대하여 별도로 감면신청을 하였는지 여부와 상관없이 존재하지 않는다고 봄이 타당하다.

따라서 피고의 위 주장 또한 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 모두 이유 있어 이를 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 피고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.