가. 원고는 1996. 2. 2. 인천 남구 소재 문학산 터널 등의 건설ㆍ관리 및 운영을 목적으로 일성건설 주식회사(이하 ‘일성건설’이라 한다)가 100% 출자하여 설립된 회사이고, 군인공제회는 군인공제회법에 의하여 설립된 법인으로 1999. 11. 30. 일성건설로부터 원고의 발행주식 전부 및 영업권 일체를 양수하여 원고의 주주가 되었다.

나. 원고는 문학산터널 축조공사 민자유치시설사업(이하 ‘문학산터널 사업’이라 이라 한다)의 사업비를 조달하기 위하여 1999. 12. 3. 군인공제회로부터 대출한도액 500억 원(이하 ‘이 사건 차입금’이라 한다)을 이자율 연 13.06%(이하 ‘이 사건 이자율’이라 한다), 연체이자율 연 25%로 정하여 차용하는 계약을 체결하였다.

다. 피고는 2011. 7.경 원고에 대한 세무조사를 실시한 후 원고가 특수관계자인 군인공제회로부터 금전을 시가보다 높은 이자율로 차용하였고 이는 법인세법 제52조의 부당행위계산부인 대상이라고 보아, 이 사건 이자율로 지급된 이자와 당좌대출이자율(2009년~2011년 8.5%, 2012년 6.9%)로 계산한 이자의 차액을 손금불산입한 후 원고에게 2011. 12. 14. 2009 사업연도 법인세 532,364,730원, 2010 사업연도 법인세 338,709,300원을, 2013. 6. 12. 2011 사업연도 법인세 311,719,210원, 2012 사업연도 법인세 304,428,190원을 각 부과하는 처분(이하 위 각 처분을 합하여 ‘이 사건 부과처분’이라 한다)을 하였다. 라.

원고는 이 사건 부과처분에 불복하여 감사원에 심사청구를 하였으나, 2014. 10. 27. 기각결정을 받았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제2호증, 제3호증의 1 내지 4의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 부과처분의 적법여부

가. 원고의 주장 이 사건 차입금은 문학산터널 사업의...

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