1. 원심판결 이유에 의하면 원심은, 피고는 대한예수교장로회총회 신학연구원(이하 '이 사건 연구원'이라 함)이 교육법 등에 의한 학교법인설립인가, 학원설립인가를 받지 아니한 채 설립·운영되고 있다는 이유로, 1995. 3. 30.에 "대한예수교장로회총회 신학연구원 소외인"을 상대로, 1995. 9. 6.에는 "대한예수교장로회총회 신학연구원 운영자 소외인"을 상대로, 이 사건 연구원의 폐쇄를 명하는 처분(이하 이 사건 제1, 2차 처분이라 함)을 각 하였다가, 그 후 또 다시 1996. 6. 12. 이 사건 연구원이 법인격없는 재단에 해당됨을 전제로, 그 원장인 소외인 개인을 상대로 한 이 사건 제1, 2차 처분을 취소하는 처분을 함과 동시에 원고를 상대로 위와 같은 내용의 폐쇄명령처분(이하 '이 사건 제3차 처분'이라 함)을 한 사실을 인정한 다음, 원고는 당사자능력이 없고 나아가 이 사건 제1, 2차 처분의 상대방은 원고가 아닐 뿐더러 이미 위와 같이 피고에 의하여 취소되어 실효되어 소의 이익이 없으므로, 원고의 이 사건 소는 부적법하다고 하여 이를 각하하였다.

2. 제1, 2차 처분에 관한 상고이유에 대하여

원심판결 이유를 기록과 관계 법령에 비추어 보면, 이 사건 제1, 2차 처분에 관하여 소의 이익이 없다는 원심의 위와 같은 사실인정과 판단은 당사자능력에 관한 부분을 제외하고는 정당하고, 거기에 상고이유에서 지적하는 바와 같은 법리오해, 이유불비, 심리미진 등의 위법이 있다고 할 수 없다. 원심판결이 당사자능력에 관한 부분을 제외한 나머지가 정당한 이상, 그에 관한 판단이 잘못되었다고 하여도 판결 결과에 영향이 없다. 제1, 2차 처분에 대한 상고이유는 받아들일 수 없다.

3. 이 사건 제3차 처분에 관한 상고이유에 대하여

가. 원심판결 이유에 의하면, 원심은 그 판결에서 들고 있는 증거들에 의하여, 소외 대한예수교장로회총회(이하 '장로회총회'라 함)는 그 산하의 모든 지교회(지교회) 및 치리회(치리회)의 최고회로서, 그 산하 18개의 노회(노회)에서 파송된 목사와 장로로써 조직되며, 각 노회에서 파송된 대의원들로 구성되는 총회와 이 총회에서 선출되는 대표자인 총회장이 있고, 총회 헌법과 총회 규칙에 의하여 운영되는 비법인사단인바, 이 사건 연구원은 목사, 전도사 등을 양성하기 위하여 장로회총회에 의하여 설립된 하나의 교육시설인 사실, 한편 원고는 이 사건 연구원의 관리와 운영을 목적으로 하여 설치되었는데, 그 이사회규칙에 의하면 원고는 장로회총회 산하의 위 각 노회에서 1인씩 파송된 이사, 재단이사 15인 및 직무이사 1인(교장)으로 구성되고, 그 대표자인 이사장 등 임원은 정기이사회에서 선출되며, 원고는 장로회총회에 이 사건 연구원의 현황 및 예산, 결산 등의 재정사항에 대하여 보고하고 그 연구원의 교장, 교수의 임면 및 재산의 취득, 처분, 그리고 이사회규칙의 개정에 관하여 장로회총회의 인준·승인을 받는 등 이 사건 연구원의 관리와 운영에 관하여 위 장로회총회의 전반적인 감독과 지시를 받아야 하는 사실을 인정한 다음, 그에 의하면 원고는 형식적으로 일정한 목적하에 이루어진 다수인의 결합체로서의 성격을 갖고 있고 대외적으로 그 결합체를 대표할 이사장도 정해져 있으나 그 실질에 있어서는 장로회총회가 설립한 교육시설인 이 사건 연구원의 관리와 운영을 위한 내부기구에 불과하여 장로회총회와 별개의 독립된 비법인사단이라고 볼 수 없어 당사자능력이 없다고 판단하였다.

그러나 기록에 의하면, 비록 원심 판시와 같이 원고가 운영·관리하는 이 사건 연구원은 장로회총회에 의하여 설립되고 원고에 의한 그 연구원의 운영·관리에 있어 위 총회의 전반적인 지휘·감독을 받고 있지만, 한편 원고는 그 목적, 명칭, 사무소의 소재지, 재정 및 자산에 관한 규정, 이사의 임면에 관한 규정 등을 정한 원고 이사회의 규칙을 두어 그에 따라 운영되고 있는데, 그에 의하면 장로회총회 산하의 각 노회에서 1인씩 선임하여 파송된 이사와 재단이사 15인 및 직무이사 1인(교장)으로 구성된 이사회가 이 사건 연구원의 일반적인 관리 및 운영, 그리고 교장, 교수의 선출, 또 예산 및 결산의 편성·승인 등에 관하여 의결하며, 이사회에서 선출되는 이사장이 원고 이사회를 대표하며 이사회를 소집하여 그 의장이 되고 이 사건 신학원의 교장, 교수(이사회에서 선출되어 총회의 인준을 받은 자)를 임면하며, 이사장 이외에 역시 이사회에서 선출되는 부이사장, 서기, 감사 등의 임원이 원고 이사회의 해당 사무를 집행하고, 원고 이사회 및 이 사건 연구원의 재정은 재단이사회의 재정과 전국교회 및 성도들의 연보와 학생들의 납입금으로 하도록 규정하고 있는 사실, 이 사건 연구원은 그 학생들의 교육장소로 사용되는 건물에 대한 임차보증금반환채권, 책걸상 등 각종 교육용 시설 등을 그 기본재산으로 하고 있는 사실을 알 수 있는바, 위와 같이 이 사건 연구원의 운영·관리를 위하여 원고가 장로회총회와는 별도로 원고 자신의 기관과 그 대표자를 두고 있고 기본재산을 보유하면서 별도의 재정으로 운영하고 있다면, 원고 이사회는 실제의 거래사회에서 장로회총회의 이름으로 단체적 사회활동을 하고 있다기 보다는 원고 자신의 이름으로 단체적 사회활동을 하고 있다고 볼 여지가 훨씬 더 많은 것으로 보여지고, 그와 같이 원고가 자신의 이름으로 단체적 사회활동을 하고 있다면 장로회총회의 단순한 내부기구가 아니라 그와는 별개의 비법인 재단에 해당된다 고 할 것이다.

그럼에도 불구하고, 원심이 그 판시와 같은 이유로 원고는 장로회총회의 내부기구에 불과하여 당사자능력이 없다고 한 것은, 비법인 재단으로서의 당사자능력에 관한 법리를 오해하였거나 심리미진 또는 채증법칙을 위반한 위법을 저질렀다고 하지 않을 수 없다.

나. 그러나 피고가 1996. 6. 12. 원고에 대하여 이 사건 연구원이 교육법 소정의 학교설립인가나 학원의설립·운영에관한법률 소정의 등록을 받지 아니한 채 설립·운영되고 있다는 이유로 연구원의 폐쇄를 명하는 이 사건 제3차 처분을 한 것은, 기록과 관계 법령에 비추어 보면 적법하고, 원고가 주장하는 바와 같이 헌법상 보장된 종교의 자유나 평등권 등을 침해한다고 할 수 없으므로 주위적으로 이 사건 처분의 무효확인을, 예비적으로 그 취소를 구하는 원고의 청구는 모두 이유 없음이 명백하다고 할 것이다.

따라서 원심이 이 사건 제3차 처분에 대한 원고의 이 사건 청구를 기각하지 아니하고 각하한 것은 잘못이기는 하나, 원고만이 상고한 이 사건에서 원심판결을 파기하여 원고에게 더 불리한 청구기각의 판결을 선고할 수는 없을 것이므로 제3차 처분에 대한 원고의 상고도 결국 그 이유가 없다고 하겠다.

4. 그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 상고인인 원고의 부담으로 하기로 관여 법관의 의견이 일치되어 주문과 같이 판결한다.