부가가치세 부과처분이 위법한 세무조사에 기인한 과세처분이라고 보기는 어렵

다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2) 이 사건 법인세 부과처분에 관한 판단

가) 세무조사 범위 확대의 적법 여부

(1) 구 국세기본법 제81조의9 제1항은 "세무공무원은 구체적인 세금탈루 혐의가

여러 과세기간 또는 다른 세목까지 관련되는 것으로 확인되는 경우 등 대통령령으로

정하는 경우를 제외하고는 조사진행 중 세무조사의 범위를 확대할 수 없다."고 규정하

고, "구체적인 세금탈루 혐의가 여러 과세기간 또는 다른 세목까지 관련되는 것으로

확인되는 경우"의 하나로 구 국세기본법 시행령 제63조의11 제1항 제3호는 "명백한 세

금탈루 혐의 또는 세법 적용의 착오 등이 있는 조사대상 과세기간의 특정 항목이 다른

과세기간에도 있어 동일하거나 유사한 세금탈루 혐의 또는 세법 적용 착오 등이 있을

것으로 의심되어 다른 과세기간의 그 항목에 대한 조사가 필요한 경우"를 규정하고 있

다.

(2) 살피건대, 앞서 인정한 사실에 의하면 이 사건 법인세 부과처분 중 2016 사업

연도에 관한 부분은 감사로 등기된 DDD에 대하여 지급된 급여가 업무무관비용에 해

당한다는 이유로 이루어졌다. 위와 같은 사유는 당초의 조사대상인 원고의 2015 사업

연도 법인세에 대한 세무조사과정에서 발견된 과세처분사유와 동일한 것인데,

DDD이 2016 사업연도에도 계속해서 감사로 등기되어 있었던 이상 2016 사업연도에도

DDD에 대하여 업무무관비용이 발생하였을 것으로 의심할 여지가 충분하다. 그러므로

피고가 DDD에 대한 급여 지급을 이유로 원고의 2016 사업연도 법인세로 세무조사

범위를 확대할 당시 구 국세기본법 시행령 제63조의11 제1항 제3호에 따라 명백한 세

금탈루 혐의 또는 세법 적용의 착오 등이 있는 조사대상 과세기간의 특정 항목이 다른

과세기간에도 있어 동일하거나 유사한 세금탈루 혐의 또는 세법 적용 착오 등이 있을

것으로 의심되어 다른 과세기간의 그 항목에 대한 조사가 필요한 경우에 해당한다고

볼 만한 사정이 있었다고 봄이 상당하다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

나) DDD에 대한 급여 손금불산입의 적법 여부

(1) 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에서 과세처분의 적법

성 및 과세요건사실의 존재에 대한 증명책임은 원칙적으로 과세관청에 있으므로 과세

소득확정의 기초가 되는 필요경비나 손금에 관하여도 원칙적으로 과세관청이 그 증명

책임을 부담한다. 그렇지만 필요경비나 손금에 관한 사항은 일반적으로 납세의무자에

게 유리한 것일 뿐 아니라 그 기초가 되는 사실관계도 대부분 납세의무자의 지배영역

안에 있어 과세관청으로서는 그 증명이 곤란한 경우가 있으므로, 증명의 난이도나 당

사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 증명하게 하는 것이 합리적인 경우

에는 증명의 필요를 납세의무자에게 돌릴 수 있다(대법원 1992. 7. 28. 선고 91누

10909 판결, 2013. 10. 31. 선고 2010두4599 판결 등 참조).

구 법인세법 제19조 제2항은 손금으로 인정되는 '손비'를 '이 법 및 다른 법률에

서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된

손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된것'으로

규정하면서, 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항을 대통령령으로 정하도록

하고 있고, 이에 따라 구 법인세법 시행령 제43조 제4항은 '상근이 아닌 법인의

임원에게 지급하는 보수는 법인세법 제52조에 해당하는 부당행위계산부인의 경우를 제

외하고 손금에 산입한다.'고 규정하고 있다. 즉 법인이 임원에게 직무집행의 대가로서

지급하는 보수는 법인의 사업수행을 위하여 지출하는 비용으로서 원칙적으로 손금산입

의 대상이 되지만, 이러한 보수는 어디까지나 직무집행의 대가로 지급하는 것이므로

임원의 보수가 손금에 산입되기 위해서는 먼저 원고의 비상근 임원이 실제로 업무를

수행하였다는 사실이 증명되어야 하는바, 이는 원고가 증명할 필요가 있다.

(2) 그러므로 살피건대, 앞서 인정한 사실, 앞서 든 증거들 및 갑 제6, 9호증의 각

기재 또는 영상에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정, 즉

① 원고는 DDD이 원고 전산업무시스템에 수시로 접속하여 감사업무를 수행하였다고

주장하나, 원고가 들고 있는 DDD의 접속 내역은 DDD의 단독 계정이 아니라 CEO

계정 중 집 컴퓨터에서 접속한 부분, 모바일 단말기 중 IP 49.239.190.***,

61.74.166.***로 된 부분, 업무시간 중 외부 로그인 한 부분인데, DDD이 원고의 대

표이사 FFF와 부부라는 점에 비추어 위 접속 내역을 DDD의 접속 내역이라 단정

할 수 없고, 설령 DDD이 위 계정을 이용하여 종종 접속하였다고 볼 여지가 있더라

도 접속 이후 감사로서의 업무를 수행하였다고 볼 만한 구체적인 사용내역이 전혀 현

출되지 않은 점, ② 원고는 DDD이 대표이사 및 임원들과 회사 운영 전반에 대하여

논의하고, 워크샵에 참여하거나, 지점에 수시로 방문하였으며, 원고에게 아이디어를 제

시하거나 광고 방송에 대한 의견을 제시하였다고 주장하나 원고가 제출한 갑 제6, 9호

증의 각 기재 또는 영상만으로 위와 같은 DDD의 활동내역을 인정하기 부족하고,

달리 이를 인정할 증거가 없을뿐더러, 원고가 들고 있는 사정들 대부분은 그 자체로 감

사업무의 성격을 가진 것이라고 보기 어려운 점, ③ DDD이 외부감사를 받는 법인인

회사에서 2년 가량 실제로 감사로 근무하였다면 작성하였을 것으로 보이는 결재

서류, 기안문서, 주주총회나 이사회 참석내역, 감사록 작성내역 등 구체적인 자료가 전

혀 증거로 제출되지 않았고, 오히려 원고 대표이사 FFF가 세무조사 당시 제출한 의

견서(을 제6호증)의 기재에 의하면 그와 같은 자료가 존재하지 않는 것으로 보이는 점

등을 종합하면 원고가 제출한 모든 증거들에 의하더라도 DDD이 실제로 원고의 감사

업무를 수행하였다고 인정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고

가 2015, 2016 사업연도에 DDD에게 지급한 급여를 감사의 직무집행의 대가로서 지

급한 보수라고 볼 수 없으므로, 이는 업무무관비용에 해당하여 구 법인세법 제19조 제

2항에 따라 원고의 손금에 산입할 수 없다. 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장

은 모두 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한

다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지피고가 2018. 2. 23. 원고에 대하여 한 2013년 1기분 부가가치세 xx,xxx,xxx원, 2013년2기분 부가가치세 xx,xxx,xxx원, 2014년 1기분 부가가치세 xx,xxx,xxx원, 2014년 2기분 부가가치세 xx,xxx,xxx원 및 2015 사업연도 법인세 xx,xxx,xxx원, 2016 사업연도 법인세 xx,xxx,xxx원의 각 부과처분을 취소한다.

가. 원고는 2000. 4. 17. 설립되어 자동차 대여업을 주된 사업으로 하는 회사이다. 나. CC지방국세청장은 원고에 대한 2015 사업연도 법인통합조사를 실시하던 중, 2017. 10. 16.경 원고에게 아래와 같이 세무조사범위 확대(유형전환) 통지를 하였다.다. CC지방국세청장은 세무조사 결과 ① 원고의 외근업무를 하는 직원들이 사용하는 비영업용 소형승용차 관련 차량유류비, 차량정비비를 원고의 2013년 1기부터 2015년 1기까지의 부가가치세 매입세액에서 공제하고, ② 원고의 감사로 등기된 DDD에게 2015년, 2016년 각 지급한 급여를 손금불산입하도록 하는 내용의 과세자료를 피고에게 통보하였다.

라. 이에 피고는 2018. 2. 23. 원고에 대하여 ① 2013년 1기 부가가치세 x,xxx,xxx원, 2013년 2기 부가가치세 xx,xxx,xxx원, 2014년 1기 부가가치세 xx,xxx,xxx원, 2014년 2기 부가가치세 xx,xxx,xxx원, 2015년 1기 부가가치세 xx,xxx,xxx원, 2015년 2기 부가가치세 xx,xxx,xxx원의 각 부과처분(이하 '이 사건 부가가치세 부과처분'이라 한다), ② 2015 사업연도 법인세 xx,xxx,xxx원, 2016 사업연도 법인세 xx,xxx,xxx원의 각 부과처분(이하 '이 사건 법인세 부과처분'이라 하고, 이 사건 부가가치세 부과처분과 통틀어 '이 사건 각 처분'이라 한다)을 하였다.

마. 원고는 이 사건 각 처분에 불복하여 2018. 4. 25. 조세심판원에 심판을 청구하였으나, 2018. 8. 24. 기각되었다.

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 아래와 같은 이유로 이 사건 각 처분이 위법하여 취소되어야 한다고 주장한다.

1) 이 사건 부가가치세 부과처분 관련 CC지방국세청장은 원고에 대하여 구 국세기본법(2017. 12. 19. 법률 제15220호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조의9 제2항에 반하여 부가가치세 세목에 대한 세무조사범위 확대 통지를 하지 않고 세무조사를 하였으므로, 이 사건 부가가치세 부과처분에는 절차상 하자가 있어 위법하다.

2) 이 사건 법인세 부과처분 관련

가) 세무조사에 대한 절차적 하자

원고가 감사 DDD에게 급여를 지급한 것을 두고 구 국세기본법 제81조의9 제1 항, 같은 법 시행령 제63조 제1항 제3호에서 정한 명백한 세금탈루 혐의가 있다고 보기는 어려우므로, 이를 이유로 하는 세무조사범위 확대는 위법하고, 결국 이 사건 법인세 부과처분 중 2016 사업연도 법인세 부분은 위법한 세무조사에 기초한 것으로서 위법하다.

나) DDD의 급여에 대한 손금불산입

(1) 구 법인세법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28640호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제43조 제4항에 의하면 비상근 임원에게 지급한 보수는 원칙적으로 손금산입 하여야 하므로, 특수관계에 있는 비상근 임원이라고 하더라도 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제52조에 따라 특수관계 없는 경우와 비교하여 보수가 얼마나 과다하게 지급된 것인지를 계산하여 그 차액에 대하여만 손금불산입해야 한다. 그런데도 이 사건 법인세 부과처분은 구 법인세법 시행령 제43조 제4항을 고려하지 않고 구 법인세법 제27조에 따라 DDD에게 지급한 급여 전액을 손금불산입한 것이어서 위법하다.

(2) DDD이 원고의 전산업무시스템에 2015년경 572회, 2016년경 717회 각 접속하여 재택업무를 수행하였던 점, DDD이 월 평균 1회 가량 원고 회사에 출근하여 대표 및 임원들과 회사 운영 전반을 논의하였고, 매년 워크샵에 참석하였으며, 원고 대표와 지점 방문에 동행하거나 단독으로 지점을 방문하여 근무 분위기를 살피기도 하였던 점, DDD이 원고의 제안제도와 관련하여 아이디어를 제안하거나 광고 방송에 대하여 부족한 부분을 지적하기도 하였던 점 등을 종합하면 DDD은 원고의 감사로서의 직무를 실질적으로 수행하였다고 보아야 한다. 나아가 DDD에게 지급된 급여는 DDD이 2008년경부터 2015년경까지 원고의 미등기이사로 근무하면서 급여를 전혀 지급받지 못하였던 부분을 보상하는 측면이 고려된 것인 점, 원고 대표이사와 다른 임원들에게 지급된 급여에 비하여 DDD에게 지급된 급여가 많다고 보기 어려운 점 등에 비추어 특수관계 없는 경우와 비교하여 과다하다고 보기도 어렵다. 따라서 DDD에게 지급된 급여 전액이 손금에 산입되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

다음과 같은 사실은 갑 제5, 7, 8, 10 내지 12호증, 을 제3 내지 11호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 이를 인정할 수 있다.

1) DDD은 원고의 대표이사 FFF의 처(妻)로, 2000. 4. 17.부터 2007. 4. 19.까지 원고의 이사로 등기되어 있다가 사임하였고, 2015. 12. 1. 원고의 감사로 등기되었다. 2) 원고는 2015, 2016년경 DDD을 비롯한 원고의 임원들에게 다음과 같은 급여를 지급하고 이를 손금에 산입하였다.

3) 원고의 전산업무시스템(FMS)의 CEO 계정은 FFF와 DDD만 로그인할 수 있고, 1시간의 세션유지기간이 도과하면 다시 로그인해야 하는데, 위 계정의 2015, 2016년 각 접속기록은 다음과 같다.

4) 원고 대표이사 FFF는 세무조사 과정에서 DDD에게 지급한 급여와 관련하여 다음과 같은 의견서(을 제6호증)를 제출하였다. "당사는 출퇴근을 전산로그인 자료로 관리하며, 기일문서나 결재서류에 사장 및 임원의 사인을 하는 방식이 아니고 전산상 업무를 처리합니다. 또한 이사회 참여는 원칙상 이사진이 참여하고 감사는 참관하는 방식이라서 따로 참여에 대해 출석표에 서명을 받아두지는 않습니다. 추가로 감사 DDD이 본사 및 영업소를 방문하여 업무 점검을 한 점, 회사 워크˜乍�항상 참여하여 활동한 점, 그리고 대표이사와 매일 회사 업무에 대해 의논한 것, 직원들의 대소사에 관여하여 살핀 점은 감사로서 다양한 업무를 하였다고 소명하였음에도 불구 등기임원을 근로자로 보지 않겠다는 세무서의 세무조사결과 처분에 동의할 수 없습니다." 5) 한편 CC지방국세청장은 원고에 대한 2015 사업연도 법인통합조사 중 ① 원고의 외근업무를 하는 직원들이 사용하는 비영업용 소형승용차 관련 차량유류비, 차량정 비비에 대한 매입세액 공제 부분과 ② DDD에게 지급한 급여에 대한 인건비 손금불산입에 관하여 구 국세기본법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28644호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제63조의11 제1항 제3호에 따른 세무조사범위 확대가 필요하다고 판단하고, 2017. 11. 2. 납세자보호담당관으로부터 아래 항목에 관하여 세무조사범위 확대에 대한 승인을 받았다.

6) 이 사건 각 처분 당시 피고가 원고에 대하여 한 부가가치세 부과처분 및 법인세 부과처분은 다음과 같다.

라. 판단

1) 이 사건 부가가치세 부과처분에 관한 판단

가) 구 국세기본법 제81조의9 제1항은 "세무공무원은 구체적인 세금탈루 혐의가 여러 과세기간 또는 다른 세목까지 관련되는 것으로 확인되는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 조사진행 중 세무조사의 범위를 확대할 수 없다."고 규정하고, 제2항은 "제1항에 따라 세무조사의 범위를 확대하는 경우에는 그 사유와 범위를 납세자에게 문서로 통지하여야 한다."고 규정하고 있다. 이와 같이 세무조사의 범위를 확대하는 경우 그 사유와 범위를 납세자에게 문서로 통지하도록 규정한 것은, 납세자가 조사대상 세목과 그 사유를 파악하여 세무조사과정에서 방어권을 적절하게 행사할 수 있도록 보장하는 데에 그 취지가 있다. 한편 납세자의 권익을 효과적으로 보호하는데 이바지함을 목적으로 하는 국세청 훈령인 납세자보호사무처리규정 제45조, 제46조 에 의하면 주무국(과)장이 세무조사범위를 확대하는 경우 조사관서 납세자보호담당관에게 조사기간 종료 3일 또는 5일 전까지 조사범위 확대 신청을 하고, 그 경우 조사관서 납세자보호위원회의 심의를 거쳐 조사관서의 장이 그 승인 여부를 결정하여야 한다.

나) 살피건대, CC지방국세청장이 원고에 대하여 2015 사업연도 법인통합조사와 관련하여 부가가치세로 조사범위를 확대한다는 통지를 하지 않은 점은 앞서 인정한 바와 같다. 그러나 위 인정사실, 앞서 든 증거들에 을 제4 내지 6, 8, 9호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 서울지방국세청장은 원고에 대하여 2015 사업연도 법인통합조사와 관련하여 세무조사를 하던 중 원고의 차량유지비, 차량정비비와 관련한 매입세액 불공제에 관하여 2012~2014년, 2016년 과세연도로, 대표이사 배우자 급여에 대한 인건비에 관하여 2016 사업연도로 조사범위를 확대한다는 내용으로 납세자보호담당관의 승인을 받은 점, 그에 따라 서울지방국세청장은 원고에 대하여 2012년부터 2016년까지의 법인세로 조사범위를 확대한다는 내용을 서면으로 통지하였던 점, CC지방국세청장은 조사범위를 확대하여 세무조사를 하면서 원고에게 2012~2014년, 2016년 과세연도에 외근업무를 하는 직원들이 사용하는 비영업용 소형승용차의 차량유지비, 차량정비비와 관련한 자료를 제출하도록 요구하였고, 원고는 위 비용과 관련하여 공급가액과 부가가치세액을 구분하여 정리한 자료를 제출하였던 점, CC지방국세청장은 위 자료를 바탕으로 원고에 대하여 이 사건 부가가치세 부과처분을 하는 한편 그에 상응하여 원고의 2013 사업연도 법인세 x,xxx,xxx원, 2014 사업연도 법인세 x,xxx,xxx원을 각 감액경정하고 원고에게 위 금액을 환급한 점 등의 사정을 더하여 보면, CC지방국세청장은 당초 납세자보호담당관으로부터 승인받은 사유인 차량유지비, 차량정비비와 관련한 항목에 한정하여 추가로 세무조사를 하였고, 그 과정에서 원고로부터 법인세 손금항목인 업무용승용차 관련 비용내역에 관한 자료를 제출받아 이를 기초로 이 사건 부가가치세 부과처분을 하였으므로, 비록 CC지방국세청장이 원고에 대하여 세무조사범위를 확대한다는 통지를 하면서 부가가치세 세목을 특정하여 통지하지 않았다고 하더라도 이와 같은 사정만으로 이