2. 소송비용은 피고가 부담한다.

다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제1호증, 갑 제2호증, 을 제1호증 내지 을 제5호증의 가가 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있다.

가. 원고는 양념갈비, 냉면육수 등을 판매하는 회사이다. 원고는 기존의 공장을 다른 곳으로 이전하기 위하여, 시공사인 ○○종합건설 주식회사(이하 '○○종합건설'이라 한다)에게 도급주어 ○○군 ○면 ○○리 310 대 3,527㎡ 지사에 새로 공장 2,342,78㎡를 신축한(이하 위 공장의 신축공사를 '이 사건 공사'라 한다)후, 상후종합건설로부터 2003. 9. 5.자 공급가액 1,009,000,000원의 세금계사서 1매(이하 '이 사건 세금계산서'라 한다)를 받고 이중 면세 부분을 제외한 48,428,574원을 매입세액에서 공제하여 2003년 제2기분 부가가치세 예정신고를 하였다.

나. 피고는 이에 관하여 조사한 결과 이 사건 공사가 2003.6.17.경 완료되었다고 판단하였다. 따라서 2003.9.5.자로 된 이 사건 세금계산서는 부가가치세법 제17조 제2항 제1호의 2에서 규정하고 있는 '사실과 다른 사항이 기재된 세금계산서'에 해당하는 것으로 보아, 이 세금계산서에 기하여 매입세액을 공제하지 아니한 채 2006.1.2. 원고에게 2003년 제2기 부가가치세 63,528,600원을 결정 고지하는 이 사건 처분을 하였다.

다. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 피고에 대한 이의신청을 거쳐 국세심판원에 국심 2006전 2828호오 심판청구 하였으나, 2006.12.29. 기각되었다.

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

(1) 원고의 주장

(가) 주위적 주장 : 이 사건 공사의 공사기간은 2003.8.31.이고 실제로 2003.9. 초순경 완료되었으므로,

(나) 예비적 주장 : 혹시 이 사건 세금계산서가 공사 용역 제공 후에 작성되엇다 하더라도, 그 거래 자체가 허위가 아닌 이상 매입세액 공제 대상이다.

(2) 피고의 주장

(가) 이 사건 공사의 본 공사는 적어도 2003.5. 이전에 완료되었고, 그 후 증축공사가 2003.6.경 완료된 후로는 원고가 실제로 공장을 사용하였으므로, 이 사건 2003.9.5.자 세금계산서는 용역의 공급시기와 관련하여 사실과 다른 사항이 기재된 세금계산서에 해당하므로 매입세약 공제 대상이 될 수 없다.

(나) 세금계산서의 작성연월일이 실제 거래시기와 다르게 기재된 경우, ① 세금계산서의 실제작성일이 속하는 과세기간과 사실상의 거래시기가 속하는 과세기간이 동일하다면 부가가치세법 시행령 제60조 제2항 제2호에 의하여 공제대상이 될 수 있겠지만, ② 위 2개 과세기간이 서로 다른 때에는 혹시 세금계산서의 거래사실이 확인 된다고 하더라도 부가가치세법 제17조 제2항 제1호의2 본문 소정의 '필요적 기재사항의 일부가 사실과 다르게 기재된 세금계산서'에 해당한다. 이 사건 세금계산서는 후자(②)에 해당되어 매입세액 공제 대상이 될 수 없다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

다음 각 사실은 앞서 본 증거, 갑제3호증 내지 갑8호증, 을6호증 내지 8호증(가지번호가 있는 경우 각 가지번호 포함)의 각 기재, 감정인 우석하의 공사완료시기 감정결과에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있다.

(1) 원고는 위와 같이 연면적 1,995㎡인 2층 식품공장과 연면적 342㎡인 냉동창고를 신축하기 위하여 2002.12.3. 건축허가를 받은 후, 2002.12.6. ○○종합건설에게 공사대금 792,000,000원, 공사기간 2003.3.31.까지로 정한 임시 도급계약을 체결하였다가, 2002.12.27. 공사대금을 1,185,800,000원으로 증액하여 본 계약을 체결하였다.

(2) 이 사건 공사가 착공된 뒤 예정대로 진행되지 아니하자, 원고는 먼저 식품공장만 건축하기로 계획을 변경한 후, 2003.3.20. 원래의 건축허가 대상에서 냉동창고를 제외하는 내용으로 변경 허가를 받았고, 2003.3.25. 시공사와 협의하여 전체 공사기간을 2003.8.31.가지로 연장하였다.

(3) 이에 따라 공사가 진행되어, 원고는 2003.4.28. 식품공장에 대한 사용승인을 받고, 2003.5.2. 소유권 보존등기를 완료하였으며, 2003.5. 중순경부터 기존의 사업장 소재지를 이 사건 공장 소재지로 변경한 후 위 식품공장을 가동하여 제품을 생산하기 시작하였다.

(4) 한편 원고는 냉동창고에 관하여 2003.5.10.별도의 증축공사허가를 거쳐 공사를 진행하여 같은 해 6.17. 사용승인을 받았다.

(5) 그러나 위와 같이 식품공장과 냉동창고에 대하여 사용승인을 받은 후에도 건물 내부의 미장 등 마감 공사와 건물 외부의 공장 후면 옹벽시공 등의 공정이 남아 있었기 때문에, 마무리 공사는 2003.9. 초순경까지 계속 되었다. 그래서 원고는 그 무렵까지 종전 공장을 폐쇄하지 않고 신축공장과 함께 가동하다가, 위와 같이 마무리 공사가 끝난 후에야 비로소 신축공장으로 완전히 이전을 하였다.

(6) 원고는 2003.7. 중순경 이 사건 공사 잔금 중 대부분을 지급하였고, 이어 2003.12.가지 전체 공사대금을 완불하였다.

(7) 이 사건 공사 용역의 공급시기가 실제보다 뒤로 늦추어 짐으로 인하여 원고가 따로 이익을 얻은 것은 없다.

라. 판단

(1) 부가가치세법 제9조 제2항은 '용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화·시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다'라고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제22조는 '법 제9조 제2항에 규정하는 용역의 공급시기에 대하여, 1.통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때, 2.완성도 지급기준·중간지급·장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는, 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때, 3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때'라고 규정하고 있다.

(2) 이 사건에서는 공사 도급계약에 의한 역무의 제공이 완료되는 때를 언제로 보아야 할 것인지가 쟁점이다. 통상 건물의 신축공사에서 이미 신축 건물에 대한 사용승인을 받았다면 그 무렵 신축공사 도급계약상 역무의 제공도 완료되는 것이 보통이겠지만, 일정한 수준의 행정적 규제를 목적으로 하는 신축건물에 대한 사용승인 제도와 그 대상이 되는 공사 도급계약에서 당사자 쌍방이 예정한 실제 공사의 완성은 서로 성격이 다르므로, 사용승인 뒤에도 마무리 공사가 계속되어 사회통념상 실제 공사가 완성된 것은 그 후의 어느 시점이라면, 이 경우 '역무의 제공이 완료되는 때'는 형식적으로 사용승인이 이루어진 때가 아니라, 그 후 실제로 공사가 완성된 때라고 보아야 한다.

(3) 비록 이 사건 식품공장과 냉동창고에 대한 사용승인이 2003.6.17.까지 이루어졌고, 이미 그 전에 2003.5.경부터 신축공장을 가동하기 시작하였다고 하더라도, 원래 이 사건 공사도급계약상 공사완료일이 2003.8.31.이고, 신축공장에 대한 최종 사용승인 후에도 이 사건 도급계약사에서 예정한 모든 공사가 완료되지 못하여 기존의 공장을 신축공장으로 이전하지 못한 채 신축공장과 함께 가동하고 있었으며, 그 후 2003.9. 초순경에야 마무리 공사가 완성되어 기존 공장을 폐쇄한 후 신축공장으로 완전히 이전한 점 등의 모든 사정을 종합하면, 이 사건 공장 신축공사가 용역거래상 역무의 제공이 완료된 때는 냉동창고에 대한 사용승인일 무렵이 아니라 실제로 모든 공사가 완료된 2003.9.경이라고 보아야 한다.

(4) 따라서 이 사건 세금계산서는 대상이 되는 용역의 공급시기가 사실과 다르게 기재되었다고 할 수 없으므로, 이와 다른 전제에 서서 이 사건 세금계산서에 의한 매입세액을 공제하지 아니하고 한 이 사건 부가가치세 부과처분은 위법하다.

3. 결론

원고의 청구는 이유 있어 인용한다.