가. 주식회사 C(이하 ‘이 사건 법인’이라 한다)는 덕트, 기구건설 등을 목적으로 하는 법인으로서 2013. 3. 19. 설립되어 부천시 원미구 D빌딩 310호에서 건설업을 영위하다가 2014. 9. 25. 직권폐업되었다.

피고는 이 사건 법인에게 2013년 제1기 부가가치세 196,640원, 2013년 제2기 부가가치세 33,095,930원, 2013년 제2기 부가가치세 27,042,470원, 2014년 제1기 부가가치세 17,638,400원, 2014년 제2기 부가가치세 13,693,910원, 2013년 귀속 근로소득세 248,370원, 2013사업연도 법인세 6,828,920원 합계 98,744,640원을 부과하였으나 이를 체납하였다.

나. 피고는 이 사건 법인이 2013년 법인세 신고시 제출한 주식등변동상황명세서에 의하여 이 사건 법인의 대표이사 E이 이 사건 법인 주식의 60%, 당시 E의 배우자였던 원고가 40%를 보유하고 있는 것으로 판단하였다.

이에 따라 피고는 원고를 이 사건 법인에 관한 제2차 납세의무자로 지정하고, 2014. 7. 25. 원고에게 이 사건 법인의 체납세액 중 원고의 보유지분 40%에 해당하는 2013년 제1기 부가가치세 78,650원, 2013년 제2기 부가가치세 13,238,360원, 2013년 제2기 부가가치세 10,816,990원, 2014년 제1기 부가가치세 7,055,360원, 2013년 귀속 근로소득세 99,350원, 2013사업연도 법인세 2,731,570원에 대한 납부통지(이하 ‘이 사건 제1처분’이라 한다)를 하였고, 2014. 11. 25. 2014년 제1기 부가가치세 5,477,560원에 대한 납부통지(이하 ‘이 사건 제2처분’이라 하고, 이 사건 제1처분과 합하여 ‘이 사건 각 처분’이라 한다)를 하였다.

다. 원고는 이에 불복하여 2015. 1. 5. 피고에게 이의신청을 거쳐 2015. 5. 7. 심판청구를 제기하였는데, 조세심판원은 2015. 8. 11. 이 사건 제1처분에 대한 이의신청은 기간이 도과한 이후에 제기된 것이어서...