가. B은 2006. 1.경 당시 비상장법인인 C 주식회사(2010. 1. 20. D 주식회사로 상호가 변경되었다. 이하 ‘이 사건 회사’라고 한다)의 발행주식 5,000주(발행주식 총수의 100%)를 보유하고 있었다.

나. B은 2006. 2. 27. 아래와 같이 특수관계자인 원고 등 8인(이하 ‘원고 등’이라고 한다)에게 이 사건 회사의 발행주식 합계 4,182주(발행주식 총수의 83.64%, 이하 ‘이 사건 주식’이라고 한다)를 액면가인 주당 10,000원에 양도하였다.

성 명 관계 양도주식수(주) 양도가액(원) 지분율(%) 원고 누나 817 8,170,000 16.34 E 외사촌 548 5,480,000 10.96 F 〃 548 5,480,000 10.96 G 〃 391 3,910,000 7.82 H 〃 391 3,910,000 7.82 I 〃 391 3,910,000 7.82 J 〃 548 5,480,000 10.96 K 〃 548 5,480,000 10.96 합계 4,182 41,820,000 83.64

다. B의 조부인 L은 2006. 2. 28. 이 사건 회사에게 서울 관악구 M 대 2,112㎡ 및 지상 3층 건물(이하 ‘이 사건 부동산’이라고 한다)을 증여하였고, 2006. 3. 3. 이 사건 부동산에 관하여 이 사건 회사의 명의로 소유권이전등기가 경료되었다. 라.

이 사건 회사는 L으로부터 이 사건 부동산을 증여받은 데 대하여 자산수증이익 6,379,127,750원을 익금에 산입하여 2006년 법인세 1,567,990,230원을 신고납부하였다.

마. 서울지방국세청장은 2011. 4.경 이 사건 회사에 대한 주식변동 조사를 실시하여 이 사건 주식의 양도에 관하여 특수관계자 사이의 비상장주식 저가 양도에 따른 부당행위계산부인 규정을 적용하여 양도인인 B에게 양도소득세를 과세하고, 이 사건 주식의 양도가액과 이 사건 주식을 보충적 평가방법에 의하여 산정한 가액의 차액을 저가 양도에 따른 증여이익으로 보아 양수인인 원고 등에게 증여세를 과세하며, 이 사건 회사가 이 사건 부동산을 증여받음으로 인한 원고의...