법인이 2개공장(귀질의 A,B공장)을 5년이상 영위하던중 B공장을 철거하고 새로운 공장을 신축, 기계설비를 하고 A공장을 양도하는 경우 조세특례제한법 제71조의 「5년 이상 가동한 공장의 이전에 대한 양도소득세 등의 감면 등」을 적용받을 수 있는 지 여부?

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 조세특례제한법 제71조 【5년 이상 가동한 공장의 이전에 대한 양도소득세 등의 감면 등】

① 내국인이 5년 이상 계속하여 가동한 공장(이하 이 조에서 “구공장” 이라 한다)을 새로운 공장(이하 이 조에서 “신공장” 이라 한다)으로 이전하기 위하여 토지등을 2003년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 다음 각호의 방법에 따라 세액을 감면받거나 과세이연을 받을 수 있다.

1. 구공장의 토지등의 양도가액으로 신공장의 기계장치를 취득하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면하는 방법

2. 구공장의 토지등의 양도가액으로 신공장의 대지 및 건물을 취득하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 과세이연을 하는 방법

② 제1항의 규정에 의하여 양도소득세 또는 특별부가세를 감면받거나 과세이연을 받은 자가 대통령령이 정하는 바에 따라 공장을 이전하여 사업을 개시하지 아니한 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 세액을 추징한다.

③ 제1항의 규정에 의하여 감면받거나 과세이연을 받은 세액을 제2항의 규정에 의하여 추징하는 경우에는 제33조 제4항의 규정을 준용한다.

④ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 세액감면신청 또는 과세이연신청을 하여야 한다.

○ 조세특례제한법시행령 제68조 【5년 이상 가동한 공장의 이전에 대한 양도소득세 등의 감면 등】

① 법 제71조의 규정에 의하여 세액을 감면받거나 과세이연을 받을 수 있는 경우는 다음 각호의 1에 해당하는 경우로 한다.

1. 공장을 이전하여 사업을 개시한 날부터 2년 이내에 구공장을 양도하는 경우

2. 구공장을 양도한 날부터 1년 이내에 신공장을 취득하여 사업을 개시하는 경우

3. 구공장을 양도한 날부터 3년 이내에 신공장을 준공하여 사업을 개시하는 경우

② 법 제71조 제1항의 규정에 의한 세액의 감면 또는 과세이연의 적용방법에 관하여는 제30조 제4항 및 동조 제5항의 규정을 준용한다. 이 경우 “전환전사업” 을 “구공장” 으로, “전환사업” 을 “신공장” 으로, “전환전사업양도가액” 을 “구공장양도가액” 으로 본다.

③ 구공장 또는 신공장의 대지가 재정경제부령이 정하는 공장입지기준면적을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 대하여는 법 제71조의 규정을 적용하지 아니한다.

④ 제2항의 규정을 적용함에 있어서 제1항 제2호 또는 제3호에 해당하는 경우에는 각각 제1항 제2호 또는 제3호의 규정에 의한 신공장의 사업개시일까지는 이전계획서상의 예정가액에 의한다.

⑤ 법 제71조 제2항의 규정에 의하여 납부하여야 하는 세액의 계산은 다음 각호에 의한다.

1. 법 제71조의 규정에 의하여 양도소득세 또는 특별부가세를 감면받거나 과세이연을 받은 내국인이 제1항 제2호 또는 제3호의 규정에 의하여 사업을 개시하지 아니한 때에는 그 감면세액 전액 또는 과세이연세액 전액

2. 제4항의 규정에 의하여 감면받거나 과세이연받은 세액이 제2항의 규정에 의하여 계산한 감면세액 또는 과세이연세액을 초과하는 때에는 그 초과하는 세액

⑥ 법 제71조 제4항의 규정에 의하여 양도소득세 또는 특별부가세의 세액감면신청 또는 과세이연신청을 하고자 하는 자는 구공장의 양도일이 속하는 과세연도의 과세표준신고(거주자인 경우에는 예정신고를 포함한다)와 함께 재정경제부령이 정하는 세액감면신청서 또는 과세이연신청서에 다음의 서류를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

1. 제1항 제1호에 해당하는 경우에는 재정경제부령이 정하는 이전완료보고서와 사업자등록증 사본

2. 제1항 제2호 또는 제3호에 해당하는 경우에는 재정경제부령이 정하는 이전계획서

⑦ 법 제71조 제1항의 규정에 의하여 양도소득세 또는 특별부가세의 세액감면신청 또는 과세이연신청을 하고자 하는 자가 제1항 제2호 또는 제3호의 규정에 의하여 사업을 개시한 때에는 그 사업개시일이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 재정경제부령이 정하는 이전완료보고서를 제출하여야 한다.

나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규)

○ 법인46012-2420,1997.09.13

조세감면규제법 제71조의 규정에 의한『5년 이상 가동한 공장의 이전에 대한 양도소득세 등의 감면』은 구공장을 신공장으로 이전하기 위하여 토지 등을 양도하는 경우에 적용받을 수 있는 것으로 귀 질의와 같이 두 개의 공장을 보유하고 사업을 영위하는 내국법인이 그중 하나의 공장을 처분하여 가동중인 다른 공장으로 이전하는 경우에는 적용받을 수 없는 것임.