법인세법 제19조

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

가. 원고는 1998.8.25.부터 컴퓨터 및 그 부품 등의 도매업을 영위하는 사업자로서 2001년 제2기 과세기간에 소위 자료상으로 고발된 주식회사 ○○○○(이하 '소외 회사'라고만 한다)으로부터 아래 표 기재와 같이 공급가액 합계 3,500만 원(부가가치세 제외)의 매입세금계산서 3장(이하 '이 사건 세금계산서'라고만 한다)을 수취하고 위 공급가액을 2001년 제2기분 부가가치세의 매입세액으로 공제하고, 2001 사업연도 귀속 법인세의 과세표준계산시 손금산입하여 2001년 제2기분 부가가치세 및 2001 사업연도귀속 법인세를 각 신고하였다.

순번

발행일자

물품종류

공급가액(부가가치세제외)

1

2001. 9. 26.

INS3120DES등

1,600만원

2

2001. 10. 15.

D-INS3130DES등

800만원

3

2001. 11. 29.

D-INS3130DES등

1,100만원

합계

3,500만원

나. 피고는 이 사건 세금계산서가 실질거래 없는 가공거래로 인하여 발행된 것으로 보고 위 세금계산서상의 공급가액을 부가가치세 매입세액에서 불공제하고, 법인세 과세표준에서 손금불산입하여 2005.8.12. 원고에게 2001년 제2기분 부가가치세 6,186,250원 및 2001 사업연도 귀속 법인세 10,161,190원을 각 부과·고지(이하 '이 사건 각 처분'이라고만 한다)하였다.

2. 이 사건의 각 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 세금계산서는 가공거래가 아닌 실질거래로 인하여 발행된 것이므로 이와 다른 전제에서 한 이 사건 각 처분은 위법하다.

나. 관계법령

부가가치세법제17조 (납부세액)

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하"납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다.)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

법인세법제19조 (손금의 범위)

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

다. 판단

일반적으로 과세처분취소소송에 있어서 과세요건사실에 관한 입증책임은 과세관청에 있다 할 것이나, 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실이 밝혀지면, 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상적격이 되지 못하는 사정을 입증하지 않는 한, 당해 과세처분이 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수는 없다(대법원 2002.11.13. 선고 2002두6392판결 등 참조).

소외 회사가 2001년 제2기 과세기간 총매출액이 약 3,892,000,000원이었고 위 기간 실물거래 없이 허위로 발행한 세금계산서에 의한 매출액이 합계 1,030,825,000원이었는데, 위 허위 매출액 중 이 사건 세금계산서상의 공급가액은 포함되어 있지 않은 사실을 인정할 수 있으므로, 소외 회사가 총매출액 중 일부 매출액에 대하여 실물거래 없이 허위로 매출세금계산서를 발행하였다는 사정만으로 이 사건 세금계산서도 실물거래 없이 허위로 발행되었다고 단정할 수는 없다. 따라서 과세요건사실의 입증책임을 부담하는 피고로서는 이 사건 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 발행되었다는 사실을 입증하여야 할 것이나 앞서 본 증거들만으로는 위와 같은 사실을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다(피고는. 소외 회사가 원고로부터 이 사건 세금계산서상의 공급가액 상당액을 송금받은 날 곧바로 위 금액을 인출하였음을 들어 이 사건 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 발행되었다고 주장하나, 소외 회사가 월말인 2001.11.30. 원고로부터 35,090,000원(부가가치세가 포함된 공급가액 중 미지급 잔액)을 송금받고 곧바로 위 금액보다 많은 약 7,500만원을 다른 계좌들로 이체한 사실을 알 수 있는바, 소외 회사로서는 월말 자금결제가 필요하여 원고로부터 위 금액을 송금받은 후 곧바로 거래업체들에게 결제금액을 송금할 필요성이 있었을 수 있고, 원로로부터 송금받은 금액보다 훨씬 많은 금액을 다른 계좌들에 이체한 점에 비추어 보더라도 피고가 주장하는 이와 같은 사정만으로 이 사건 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작정되었다는 사실이 추정된다고 할 수 없다.

오히려 원고는 2001.10.25. 주식회사○○○○○로부터 물품대금조로 받은 액면금 3,410,000원의 약속어음 1장을 2001.11.21. 소외 회사에 이 사건 세금계산서상의 물품대금조로 지급하였고, 같은 달 30. 나머지 물품대금 35,090,000원(공급가액 3,850만원(부가가치세포함)-341만원)을 소외 회사의 ○○은행 통장(계좌번호 : ○○○-○○-○○○○○○에 입금한 사실이 인정되므로, 이 사건 세금계산서는 실물거래로 인하여 발행된 것으로 추정될 뿐이다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.