가. 원고는 부동산개발 및 공급업, 토목건축공사업, 주택 및 상가건설업 등을 영위하던 법인으로, 1997년부터 2004년까지 순차적으로 서울 강서구 등촌동 681-2 대 6,693.1㎡ 외 407필지의 토지 총 1,937,509㎡ 이하'이 사건 토지라 한다

를 취득하여 보유하다가, 2009. 12. 30. 지주회사 전환을 함에 있어 주택건설사업과 해외사업 부문 등을 물적 분할하여 주식회사 부영주택 이하 '부영주택'이라 한다

)을 설립한 후, 이 사건 토지를 회사분할을 원인으로 부영주택에게 이전하였다. 나. 원고는 이 사건 토지 취득일을 기준으로 구 법인세법 시행령(2011. 6. 3. 대통령령 제22951호로 개정되기 전의 것, 이하 같다

제49조 제1항 제1호 가목 단서 소정의 업무사용 유예기간 이하 '유예기간'이라 한다

)인 취득일로부터 5년이 경과하기 이전은 이 사건 토지를 업무용 부동산으로, 유예기간 5년이 경과한 이후부터 물적 분할에 따라 이 사건 토지를 부영주택에게 이전하기 전까지는 이를 비업무용 부동산으로 보아 2009 사업연도 법인세 신고를 하였다. 다. 그런데 그 후 서울지방국세청에 대한 업무감사에서 감사원은 원고가 물적 분할로 이 사건 토지를 부영주택에 양도하기 전까지 이 사건 토지를 업무와 관련하여 사용한 사실이 없으므로 이 사건 토지 취득일로부터 양도일까지의 기간 전체에 대하여 이 사건 토지를 비업무용 부동산으로 보아야 한다고 지적하였고, 서울지방국세청은 위 지적에 따라 피고에게 이 사건 토지의 유예기간(취득일로부터 5년 동안의 취득자금 관련 지급이자를 손금불산입하라는 취지의 과세자료 통보를 하였으며, 이에 피고는 위 통보에 따라 이 사건 토지의 양도일, 즉 물적 분할일이 속하는 원고의 2009...

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