소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 2002. 12. 13. ○○시 ○○동 1가 303-14 대지 661㎡(이하 "이 사건 토지")를 취득하고 그 지상에 2003. 12. 30. 5층의 근린생활시설 1,563.03㎡(이하 "이 사건 건물", 이하 이 사건 토지와 이 사건 건물을 합하여 "이 사건 부동산")을 신축한 후 2011. 8. 11. 이 사건 부동산을 13억 5,000만 원에 양도하였다. 나. 원고는 2011. 10. 12. 이 사건 부동산의 취득가액을 환산취득가액인 1,239,161,569원(이 사건 토지 부분 가액 262,814,412원에 이 사건 건물 부분 가액 976,347,157원을 합산한 금액)으로 산정한 후 양도소득세 1,147,610원을 예정신고하고 납부하였다.다. 피고는 2013. 6. 13.부터 2013. 6. 28.까지 원고에 대한 양도소득세 실지조사를 한 후 이 사건 토지의 취득가액은 검인계약서를 근거로 5억 4,500만 원으로, 이 사건 건물의 취득가액은 원고가 이 사건 건물 신축 당시 부가가치세 환급신청한 건에 대한 현지확인을 통해 실지거래가액으로 조사된 건물 공급가액 466,363,637원으로 보고, 그 금액 등을 기초로 미환급세액과 감가상각 누계액 등을 반영하여, 2013. 9. 4. 원고에게 2011년 귀속 양도소득세 64,771,730원을 경정・고지하는 이 사건 처분을 하였다. 라. 원고는 2013. 10. 1. 조세심판원에 이 사건 처분에 관한 심판을 청구하였으나, 2014. 5. 1. 그 청구가 기각되었다.

[인정근거] 일부 다툼 없는 사실, 갑 1호, 을 1~4호(각 가지번호 포함)의 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법성

가. 원고의 주장

아래와 같은 사정에 의할 때, 이 사건 부동산 중 이 사건 건물은 신축 당시의 공사원가를 증명할 자료가 없어 "증빙서류에 의하여 당해 자산의 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우"에 해당하므로, 소득세법 제114조 제7항의 규정에 의하여, 매매사례가액, 감정가액, 환산가액을 순차적으로 적용하여 양도차익을 산정하여야 함에도, 그러한 방법에 의하지 않은 이 사건 처분은 위법하다.

① 원고는 ○○시청에 이 사건 건물에 대한 재산세를 성실하게 납부하였고, 재산세 부과에 있어 이 사건 건물의 평가액은 1,040,986,526원에서 734,624,100원 정도였으며, 2003년을 기준으로 한 이 사건 건물의 시가를, 공인감정기관인 (주)○○○○감정평가법인○○지사는 906,557,400원으로, ○○감정평가법인은 875,296,800원으로 각 감정평가하였으며, 2004. 1.경 ○○은행 대출 당시에도 부동산써브에서 827,420,000원으로 감정평가하였다.

② 원고는 2004. 1. 13. ○○은행으로부터 5억 원을 대출받아 이 사건 건물의 건축자금 등으로 사용하였고, 건축업자인 CC건설 EEE에게 공사대금을 지급하는 등이 사건 건물의 건축비용으로 총 950,000,000원을 지출하였다.

③ ○○세무서에서 2004. 2.경 부가가치세 환급신고건에 대한 현지확인조사를 할 때 작성된 현지확인조사서에서도 "상가건물의 신축공사비는 평당 약 1,800,000원 정도 이다."라는 취지의 기재가 있는바, 그 금액으로 환산하여도 이 사건 건물의 공사비는 846,000,000원(건평 470평 × 1,800,000)에 이른다.

④ 피고는 "○○세무서장이 2004. 2. 6. 2003년 제2기 확정부가가치세조기환급건에 관한 현지 확인 시 원고가 이 사건 건물의 신축비용을 513,000,000원으로 기재한 확인서(이하 "이 사건 확인서")를 제출하였다."는 취지로 주장하나, 이 사건 확인서는 성당의 교우였던 CC건설 대표 EEE이 부가세환급에 필요한 서류를 해달라고 하여 원고가 그 부탁을 거절하지 못해 작성해준 것에 불과하고, 달리 이 사건 건물의 신축 당시의 공사비를 확인할 수 있는 증거가 없다.

나. 관계 법령

별지와 같다.

다. 판단

1) 관련 법리

소득세법 제97조는 양도소득을 계산함에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비의 하나로 취득가액을 규정하고 있고, 취득가액은 자산의 취득에 소요된 실지거래가액으로 하되, 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액으로 하는 것으로 규정하고 있으며, 소득세법 제114조는 납세지 관할세무서장 등이 양도소득세 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우 양도소득과세표준과 세액을 경정하도록 하면서 그 취득가액을 실지거래가액에 의하되, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 당해 자산의 취득당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액 또는 기준시가 등에 의하여 추계조사하여 결정・경정할 수 있다고 규정하고 있다.

또한, 양도소득세의 과세표준인 양도차익을 산정함에 있어서 기준이 되는 실지거래가액이라 함은 객관적인 교환가치를 반영하는 일반적인 시가가 아니라 실지의 거래대 금 그 자체 또는 거래 당시의 급부의 대가로 실지 약정된 금액을 말한다(대법원 2011. 2. 10. 선고 2009두19465 판결 등 참조).

한편, 과세처분취소소송에 있어서의 과세근거로 되는 과세표준의 입증책임은 과세관청에 있는 것이나, 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것이고 그 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 그가 입증하는 것이 손쉽다는 점을 감안해 보면, 납세의무자가 입증활동을 하지 않고 있는 필요경비에 대해서는 부존재의 추정을 용인하여 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에도 부합하는 것이며(대법원 2004. 9. 23. 선고 2002두1588 판결 등참조), 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건 사실이 추정되는 사실이 밝혀지면 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상 적격이 되지 못하는 사정을 입증하지 않는 한 당해 과세처분을 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수는 없다(대법원 2004. 4. 27. 선고 2003두14284 판결 등 참조). 2) 구체적 검토

위 관련 법리를 토대로 하여, 을 2~4호증의 각 기재(가지번호 포함)에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면, 이 사건 건물은 장부 및 기타 증빙서류에 의하여 취득 당시 실지거래가액을 확인할 수 있는 경우에 해당한다고 할 것이다.

① 원고는 2004. 2.경 CC건설과 사이에 작성된 이 사건 건물 관련 2003. 2. 3.자 공사도급계약서(공급가액 418,000,000원) 및 2003. 10. 29.자 변경도급계약서(공급가액 513,000,000원), CC건설의 대표 EEE의 계좌 등으로 17회에 걸쳐 471,631,810원을 지급하였다는 취지의 원고 작성의 확인서 및 관련 입금전표, 공사비 지급내역서 등을 익산세무서 측에 제출한 바 있다.

위 서류 중 계약서 등 일부 서류의 성격(처분문서), 원고가 직접 작성한 일부 서류 내용의 구체성 등을 볼 때 원고 제출의 위 서류 등이 허위라고 보이지 않으므로, 이 사건의 경우 이 사건 건물의 취득을 위한 실지의 거래대금 등이 증빙자료에 의하여 확인되었다고 볼 수 있다.

② 원고는 이 사건 건물 공사비용으로 950,000,000원을 지출하였다고 주장하나, 이를 입증할 만한 신빙성 있는 구체적 증거를 충분하게 제시하지 못하고 있다.

③ 원고는 감정가액 등을 토대로 앞서 본 이 사건 건물 취득의 실지거래가액을 다투나, 앞서 관련 법리에서 본 바처럼 양도차익을 산정함에 있어서 기준이 되는 실지거래가액은 실지의 거래대금 그 자체이지 객관적인 교환가치를 반영하는 일반적인 시가가 아니다 #원고는 "피고 역시 실지조사 시 이 사건 건물의 신축공사비는 평당 180만 원 정도임을 인정하였다."는 취지로 주장하나, 조기환급현지확인조사서(을 4호증)에 "원고와 곽주영과의 종교적 친분관계로 공사비를 낮게 계약할 수 있었음"이라고 조사되었던 점에 비추어 보면, 일반적인 건축가보다 낮은 가격에 도급계약이 체결되었다는 사정이 앞서 본 실지거래가액의 인정을 방해하지는 않는다 :.

3) 따라서 원고 제출의 자료 등을 토대로 이 사건 부동산의 취득 당시 실지거래가액을 산정하여 행한 피고의 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결 론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.