가. 원고는 2004. 7. 30. 울산 중구 B에서 C(이하 ‘이 사건 사업장’이라고 한다)이라는 상호로 사업자등록을 한 후, 2015. 4. 30. 이 사건 사업장을 폐업할 때까지 PC방 등에 음료수, 과자, 휴지 등의 잡화를 공급하는 사업(이하 ‘이 사건 사업’이라고 한다)을 영위하였다.

나. 피고는 2014. 11. 19.부터 2014. 12. 31.까지 이 사건 사업장에 대하여 2009년 제2기부터 2014년 제1기까지의 부가가치세 세무조사를 실시한 결과, 원고 및 원고의 누나인 D의 명의의 계좌로 이 사건 사업과 관련하여 13,683,915,378원이 입금되었다고 판단하고, 위 금원에서 판매장려금 239,265,087원과 부가가치세액 1,222,240,936원을 차감하고 남은 입금액 12,222,409,355원(이하 ‘이 사건 입금액’이라고 한다)을 이 사건 사업장의 매출액으로 확정하였다.

다. 이에 피고는 이 사건 입금액과 원고의 부가가치세 기신고금액과의 차액 6,195,409,671원을 이 사건 사업장의 매출누락금액으로 보아 원고에게 2009년 제2기 내지 2014년 제1기 부가가치세 합계액 1,061,386,733원 부가가치세 2009년 제2기분 94,559,980원, 2010년 제1기분 91,361,550원, 2010년 제2기분 94,621,141원, 2011년 제1기분 67,200,109원, 2011년 제2기분 84,736,558원, 2012년 제1기분 124,773,623원, 2012년 제2기분 133,235,306원, 2013년 제1기분 116,195,474원, 2013년 제2기분 143,663,114원, 2014년 제1기분 111,039,878원 합계 1,061,386,733원 을 경정고지(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다)하였다. 라.

원고는 이 사거 처분에 불복하여 피고에게 이의신청을 하였으나, 2015. 6. 5. 피고로부터 각하결정을 받았고, 이에 2015. 9. 16. 국세청장에게 심사청구를 하였으나 2015. 12. 30. 국세청장으로부터 기각결정을 받았다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 을 제1, 2...