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가. 원고는 녹차를 재배하거나 이를 가공하여 각종 제품을 생산하는 등 녹차 관련 사업을 목적으로 설립된 영농조합법인으로서, 2008년부터 2010년까지 ‘사천시 대단위 웰빙녹차가공산업 육성사업’(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)의 지원 대상으로 선정되어 매년 사업비의 70%(국비 50%, 도비 6%, 시비 14%)에 해당하는 7억 원의 보조금을 지급받아 3년간 합계 21억 원의 보조금(이하 ‘이 사건 보조금’이라 한다)을 지급받았다.

나. 감사원은 2013. 2. 20.부터 2013. 4. 9.까지 ‘대규모 국고보조사업 등 집행실태’에 대한 감사(이하 ‘이 사건 감사’라 한다)를 실시한 다음 농림축산식품부에 대하여, 아래 조사명세표 기재와 같이 이 사건 사업에 관하여 189,001,000원의 환수 가능한 부가가치세 환급금이 발생하는 등 전국 133개 시군에서 17,133,000,000원 상당의 환수 가능한 부가가치세 환급금이 발생하였음에도 보조사업 주관기관인 각 시군이 이를 제대로 정산하지 않고 있음을 지적하면서 해당 시군에 위와 같은 부가가치세 환급금을 정산하도록 지도감독할 것을 요구하였고, 농림축산식품부로부터 위와 같은 내용을 통보받은 경상남도지사는 피고에게 위 감사 결과에 따라 부가가치세 환급금을 정산할 것을 지시하였다.

<조사명세표> (단위: 1,000원) 지원 년도 사업비 부가세액 환급 가능액 환수 가능액 계 국비 도비 시비 자부담 2008 1,000,000 500,000 60,000 140,000 300,000 73,999 73,999 51,799 2009 1,000,000 500,000 57,847 142,153 300,000 98,000 98,000 68,600 2010 1,000,000 500,000 60,000 140,000 300,000 98,003 98,003 68,602 합계 3,000,000 1,500,000 177,847 422,153 900,000 270,002 270,002 189,001

다. 이에 피고는 2014. 7. 9. 원고에 대하여, 원고가 이 사건 사업과 관련하여 환급받은 부가가치세...