2. 소송비용은 피고가 부담한다.

가. 원고는 1995. 10. 24. 철 스크랩(고철) 가공처리, 재생재료수집, 판매업 등을 주된 목적으로 하여 설립된 영리내국법인으로, 인천 부평구 B에 본점을, 아산시 C에 지점을 두고 있다.

원고는 2012. 4. 15.부터 2012. 6. 20.까지 ‘D(대표자 E)’로부터 고철 489,240kg을 342,932,525원(부가가치세 제외)에 매입하였다고 하면서 2012년 제1기 부가가치세 신고시 해당 매입세액을 공제하였고, 2012년 법인세 신고시 위 매입액을 손금에 산입하였다.

나. 원고는 인천 부평구 F 소재 도로 등 국유재산을 무단으로 점유하였다는 이유로 2011사업연도부터 2013사업연도까지 변상금(정상차임의 120%에 해당, 이하 ‘이 사건 변상금’이라 한다) 합계 99,361,510원의 부과통지를 받았고, 변상금 징수유예 및 분할납부 신청을 하여 분할납부를 하였다.

다. 중부지방국세청장은 2014. 9. 22.부터 2014. 11. 22.까지 원고에 대한 법인세 정기조사를 실시하여 원고가 D로부터 수취한 세금계산서에 해당하는 거래 중 G 직납분 일부인 172,007,100원 상당(이하 ‘제1거래’라 한다)은 위장거래로, 원고 본점사업장 반입분 전부인 121,927,325원 상당(이하 ‘제2거래’라 하고, 제1거래와 통칭하여 ‘이 사건 거래’라 한다)은 가공거래로 판단하였으며, 원고가 분할납부한 변상금을 변상금이 부과된 연도의 손금에 산입되도록 손익귀속시기를 조정한 다음 정상차임에 해당하는 부분만 손금산입하고 이를 초과하는 변상금 부분과 분할납부 이자상당액 11,739,060원은 손금불산입(기타 사외유출)하는 내용으로 피고에게 과세자료를 통보하였다. 라.

피고는 원고에 대하여, ① 2014. 11. 27. 위와 같이 위장거래 또는 가공거래로 판단된 매입부가가치세액을 불공제하고 세금계산서...