2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 1/10은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

가. 원고는 1985. 1. 1.부터 2001. 7. 2.까지 AA시 BB읍 CC리 320-24 묘지 165㎡ 외 5필지(이하 '이 사건 토지'라고 한다)를 취득하였는데, 위 토지는 2014. 6. 27. LLL와 PPPP공단에 수용되었다.

나. 원고는 2014. 6. 30. 세종특별자치시 DD면 FF리 116 대 150㎡, 116-1 전2,323㎡, 116-2 전 200㎡(이하 '이 사건 대토농지'라고 한다)를 취득하였다.

다. 원고는 2014. 9. 1. 이 사건 토지의 양도에 관하여 납부할 세액을 21,928,169원으로 신고하면서, ① AA시 BB읍 CC리 320-24 묘지 165㎡에 대해서는 공익사업시행자에게 양도하였음을 이유로 15% 세액 감면을, ② AA시 BB읍 CC리 343-3전 1,537㎡, 343-5 답 516㎡, 344-1 전 251㎡, 349-1 전 1,695㎡(이하 '이 사건 제1 농지'라고 한다)에 대해서는 8년 이상 자경한 농지임을 이유로 100% 세액 감면을, ③ AA시 BB읍 CC리 343-1 대지 466㎡(이하 '이 사건 제2 농지'라고 하고, 제1 농지와제2 농지를 합하여 '이 사건 농지'라고 한다)에 대해서는 3년 이상 자경하다가 이 사건대토농지로 대토하였음을 이유로 100% 세액 감면을 신청하였다.

라. 피고는 AA시 BB읍 CC리 320-24 묘지 165㎡에 대해서는 공익사업용 토지에대한 감면대상이라는 이유로 양도소득세를 감면하였으나, 원고가 이 사건 제1 농지를 8년 이상 경작하거나 이 사건 농지를 3년 이상 경작하였다고 볼 수 없다고 하여 감면세액을 부인하고, 2016. 1. 13. 원고에게 2014년 귀속 양도소득세 247,188,169원(= 산출세액 221,928,169원 + 가산세 25,260,000원)을 결정・고지하였다.

마. 원고는 조세심판원에 심판청구를 하였는데, 조세심판원은 2016. 12. 21. 원고가이 사건 제1 농지를 8년 이상 경작하거나 이 사건 농지를 3년 이상 경작하였다고 볼수 없지만, AA시 BB읍 CC리 320-24 묘지 165㎡ 뿐만 아니라 이 사건 농지에 대해서도 공익사업용 토지에 대한 양도소득세 감면을 적용하여 그 세액을 경정하여야 한다는 이유로 원고의 심판청구를 일부 인용하였다.

바. 피고는 2017. 1. 2. 위와 같은 조세심판원의 결정에 따라 2016. 1. 13. 부과한 양도소득세 중 33,814,637원을 직권으로 취소[그 결과 이 사건 토지와 관련한 총 양도소득세는 213,373,532원(= 247,188,169원 - 33,814,637원)이 되었다]하는 내용의 감액경정결정을 하였다(이하 감액되고 남은 2016. 1. 13.자 양도소득세 부과처분을 '이 사건처분'이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 5 내지 9, 29, 30호증, 을 제18호증의 각 기재,변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 원고는 이 사건 제1 농지에서 2006년 1월부터 2008년 9월까지는 벼, 들깨 등일반 농작물을 재배하였고, 2008년 10월경 복숭아 묘목을 식재하여 그 이후에는 복숭아 농사를 지었다. 따라서 원고는 이 사건 제1 농지를 8년 이상의 기간 동안 농작업의1/2 이상을 자기의 노동력에 의해 경작하였으므로, 구 조세특례제한법(2015. 12. 15.법률 제13560호로 개정되기 전의 것) 제69조 제1항이 정하는 양도소득세 감면요건을 충족하였다.

2) 원고는 2008년 10월경 이 사건 제2 농지에도 복숭아 묘목을 식재하여 복숭아농사를 지었다. 따라서 원고는 3년 이상의 기간 동안 이 사건 농지를 자경하다가 이를양도하였고 그 무렵 이 사건 대토농지를 취득하였으므로, 구 조세특례제한법 제70조제1항이 정하는 양도소득세 감면요건을 충족하였다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 구 조세특례제한법 제70조 제1항에 의하면, 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지를 경작상의 필요에 의하여 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지로 대토함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다고 규정되어 있고, 구 조세특례제한법 시행령(2015. 2. 3. 대통령령 제26070호로 개정되기 전의 것)제67조 2항에 의하면, '직접 경작'이란 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는다년생 식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다고 규정되어 있다.

2) 살피건대, 갑 제3, 13, 14, 16, 19, 39, 44, 45, 47, 49, 52 내지 54호증 각 기재,증인 GGG의 증언 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 원고는 적어도 2008년 10월경부터 이 사건 농지 인근에 거주하면서 이 사건농지를 직접 경작한 후 경작상의 필요에 의하여 이 사건 대토농지로 대토하였다고 봄이 상당하다.

○ 갑 제16, 47호증의 각 기재에 의하면, 원고는 2008. 8. 6. 이 사건 농지로부터 약 1.8㎞ 떨어진 세종특별자치시 FFF읍 FFF로 64-4에 전입신고를 마친 후, 농한기에는 그 곳에 있는 주택(이하 '이 사건 주택'이라 한다)에서 어머니와 함께 거주한 사실이 인정된다.

○ 증인 GGG은 자신은 이 사건 농지에 인접한 충북 청원군 강회면 CC리345-2에서 옹기공장을 운영하고 있는데, 원고는 충북 청원군 강회면 CC리 344-2 지상주택(이하 '이 사건 임차주택'이라 한다)을 자신으로부터 임차한 후 농번기에는 그 곳에 거주하였으며, 원고가 이 사건 농지로 가기 위해서는 옹기공장을 지나쳐서 가야 했기 때문에 거의 매일 원고가 이 사건 농지에서 농사짓는 것을 보았다고 증언하고 있다.

○ 이 사건 임차주택에 관한 전기사용내역이 없는 사실은 인정된다. 그러나 증인 GGG은 위 건물에 대해 전기사용 신청을 하지 않고 옹기공장에서 연결하여 사용하고 있던 전기를 그대로 사용하였다고 증언하고 있고, 한국전력공사 서AA지사의 사실확인서가 증인 GGG의 증언을 뒷받침하고 있다. 따라서 이 사건 임차주택에 관한전기사용내역이 없는 것은 원고가 위 주택에 거주한 사실을 인정하는데 장애가 되지않는다.

○ 갑 제52호증의 기재에 의하면, 원고는 2007년 2월경부터 이 사건 주택과 임차주택이 있는 세종특별자치시와 BB시에 있는 병원과 약국에서 치료를 받은 사실이인정된다.

○ 피고는 원고가 이 사건 농지 인근에 거주하지 않았다는 자료로, 피고 소속직원이 CC리 전 이장 JJJ, 2008. 8. 6. 이전 원고의 주민등록상 주소지였던 서울 RR구 RR동 672 KKK 아파트에 거주하는 주민, 이 사건 주택 앞에 거주하는 주민, 이 사건 농지 맞은편에 거주하는 주민과 대화한 녹취록을 제출하고 있다.

그러나 KKK 아파트에 거주하는 주민의 답변은 원고가 2006년도에 퇴직하고 난 이후에 아파트에 가족과 함께 거주하는 것을 보았다는 것으로, 원고가 이사건 토지의 양도일로부터 3년 전인 2011년 6월경부터 이 사건 농지의 양도일 사이에도 KKK 아파트에 거주하였다는 진술로 보기는 어렵고, CC리 전 이장 JJJ의 경우 2016. 2. 16. 작성한 진술서에서 원고가 2008년부터 복숭아 농사를 지은사실은 인정하고 있다.

또한 이 사건 주택 앞에 거주하는 주민과 이 사건 농지 맞은편에 거주하는 주민과의 대화 녹취록은 피고 소속 직원이 주민에게 원고의 거주 또는 경작 여부를 확인하는 시기를 특정해서 묻고 있지 않아, 위 녹취록의 기재만으로는 원고가 이 사건 농지 인근에 거주하지 않았다고 단정하기 어렵다.

3) 또한 원고는 2014. 6. 27. 이 사건 농지를 양도한 후 2014. 6. 30. 이 사건 대토농지를 취득하였고, 대토농지의 면적은 2,673㎡로 이 사건 농지의 면적 4,465㎡의 1/2이상이므로, 이 사건 농지는 구 조세특례제한법 제70조 제1항에서 정한 농지대토에 의한 양도소득세 감면대상에 해당한다.

라. 소결론

따라서 원고가 2014. 9. 1. 피고에게 신고한 바와 같이, AA시 BB읍 CC리320-24 묘지 165㎡의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의15에 상당하는 세액을, 이 사건 농지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하여야 하고, 결국 원고가 이 사건 토지의 양도와 관련하여 납부하여야 할 양도소득세액은 21,928,169원이므로, 이 사건 처분중 위 금액을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하고,나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.