부가가치세 제17조(납부세액)

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

(1) 원고는 1983.5.28. 설립되어 서울에 본점을 두고 청주에 지점을 두고서 화장품 등의 제조업 및 도·소매업 등의 사업을 영위하는 법인으로, 2006.1.25. 피고에게 아래와 같이 2005년 제2기 부가가치세 확정신고를 하였다.

<표 생략>

(2) 원고는 2006.3.31. 아래와 같이 2005 사업연도 법인세 정기신고를 하였다.

<표 생략>

(3) 피고는 원고의 2005년 제2기 부가가치세 신고내용에 관하여 아래와 같이'매출과소 및 매입과다 혐의'과세자료가 발생하였다고 보고, 위 과세자료에 대하여 원고의 소명자료를 제출받아 검토한 후, 원고가 매출상당액 5,679,359원을 신고누락하고 매입 상당액 235,396,157원을 과다하게 신고하였다고 보아 원고에게 부당하게 과소신고· 납부한 부가가치세 및 법인세를 추징하겠다는 내용의 과세예고통지서를 2006.10.11. 발송하였다.

(4) 원고는 2006.11.10. 피고에게 용산 2006-0083호로 과세전적부심사를 청구하였으나, 피고는 2006.11.30. 원고의 청구를 기각하였다. 피고는 2006.12.1. 원고에게 2005년 제2기 부가가치세 14,561,310원과 2005 사업연도 법인세 73,087,810원을 경정고지하였고, 법인세 산정 시 익금산입액 중 206,912,464원에 대하여는 그 귀속이 분명하므로 원고의 대표자에 대한 인정사여로 소득처분하여 원고에게 소득금액변동통지하였다(이하 위 각 처분 중 2005 사업연도 법인세 73,087,810원의 부과처분에 대하여'이 사건 처분'이라고 한다).

(5) 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2007.3.6. 국세심판원에 국심 2007서879호로 심판청구를 하였으나, 국세심판원은 2007.8.3. 원고의 청구를 기가하였다. 원고는 2007.10.31. 이 사건 처분 중 위 (3)항 기재 표 비고 ①,②,③ 거래분에 대한 법인세 상당액 (60,770,205원)의 취소를 구하는 이 사건 소를 제기하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑1,2,을3~11의 각 기재(가지번호 포함)

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

(1) 원고의 주장

① 원고 회사의 ○○머 사업부 SAP 시스템을, ○○어 사업부는 E-Back Office라는 회계시스템을 각 사용하고 있는데 SAP 시스템을 일반원장과 부가세 신고의 모듈을 별도로 가지고 있고, 법인세는 일반원장을 기준으로 하여 신고하나 부가세는 이러한 별도의 부가세 모듈을 사용하여 신고하며, 일단 거래내역을 입력하기만 하면 자동으로 그 내역이 합산되어 손익계산서가 만들어지는 일반장과는 달리 부가세 모듈에는 일정 부분 수작업으로 처리해야 하는 것이 있기 때문에 일반원장에는 제대로 입력되었으나 부가세 모듈의 수작업 과정에서 착오가 발생하는 경우가 존재한다.

② SAP 시스템에서는 임의적인 회계 조작을 방지하기 위하여 일정한 규칙에 따라 거래내역을 입력해야 하는바, 수익이 발생한 경우 일단 이를 매출채권으로 계상하고 현금이 회수될 때 이 매출채권을 상계하고, 입력한 날짜가 명시되고, 한 번 입력한 내용은 삭제가 불가능하도록 되어 있다. 이 사건에서 ○○○센에 대한 이 사건 매출거래가 전산회계 시스템에 입력된 이상, 이는 자동으로 합산되어 원고의 손익계산서상 수익으로 인식되기 때문에 매출누락이 발생할 여지는 없다. 원고는 ○○○센에 대한 용역 공급대가는 일정 부분 수작업을 필요로 하는 SAP 회계시스템의 부가세 모듈의 특성상 부가세 신고 시 세금계산서 합계에서 누락되었을 뿐, 이와 별도로 관리되는 일반 원장에는 정확히 입력되었고, 이렇게 일반원장에의 입력이 확인된 이상 손익계산서사상의 수익 항목은 이러한 입력 내용을 자동으로 합산하여 생성되는 것이며 달리 수작업이 개입될 여지가 없으므로 이러한 손익계산서에 근거한 원고의 법인세 신고도 적법하다.

③ 원고의 ○○화학으로부터의 115,395,129원 상당 매입금액은 2005.10.7. 단 한 차례만 비용으로 인식되었으며, 이 점은 원고의 매입채무 거래처별 원장 기재에 의하여 증명되므로, 법인세 신고 시 이중으로 비용 계상하였음을 전제로 한 피고의 과세처분은 위법하다.

④ 인천공항세관의 2005.11.16.자 공급가액 15,980,170원과 11.25.자 각 공급가액 19,838,930원 및 34,498,580원은 이에 대응하는 매입부대비용이 원고의 매입채무, 부가세대급금, 관세의 각 계정별 원장에 기재된 사실을 전혀 찾을 수 없으므로 원고가 이에 대한 법인세를 신고함에 있어 이를 비용으로 인식하지 않았다고 보아야 한다.

(2) 피고의 주장

① 상품의 매출· 매입은 부가가치세 과세대상 매출· 매입을 구성하면서 동시에 법인의 소득금액계산상 익금· 손금에도 해당하고 아울러 부가가치세와 법인세 신고시 모두 동일한 장부에 기초하여 그 신고를 이행하므로, 법인세를 신고하기에 앞서 장부 결산에 의하여 집계된 법인세로 신고할 내용과 같은 기간부에 대하여 이미 신고한 부가가치세 신고내용과의 일치 여부를 검증하고, 만약 차이가 발생한다면 그 차이가 정당한 사유인지 아니면 이미 신고한 부가가치세 신고내용에 오류나 탈루가 없는지를 확인 하는 것이다. 그런데, 원고는 2005년 2기분 부가가치세 확정신고시 ○○○센에 대한 2005.10.24.자 용역 공급대가 5,679,359원을 누락한 사실이 있는바, 부가가치세와 법인세 신고가 모두 동이란 장부에 기초하여 이루어지고, 조정후수입금액명세서상 오류나 탈루가 기재가 발견되지 않는 이상 부가가치세 신고내용은 그대로 법인세 신고의 기초 자료가 되며, 따라서 부가가치세 신고 과정에서 발생한 오류나 탈루는 당연히 법인세 신고 과정의 오류 및 탈루로 이어진다.

② 원고는 2005.10.5. ○○화학으로부터 115,395,129원 상당의 매입을 하였는데 부가가치세 신고 시 이를 이중으로 매입세액에 포함시켜 신고하는 오류가 발생하였는데, 원고가 법인세 신고 시에도 위 매입거래를 이중으로 비용에 계상하였다.

③ 비전케어사업부에서 발생한 거래 중 인천공항세관을 통한 거래에 관하여 매입세액 신고에 대응하는 매입거래 70,318,000원이 법인세 신고시 이중으로 비용에 계상되어 부당하게 손금산입한 것이다

나. 관련규정

부가가치세 제16조(세금계산서)

부가가치세 제17조(납부세액)

부가가치세 제19조(확정신고와 납부)

부가가치세 제20조(세금계산서합계표의 제출)

부가가치세 제21조(경정)

부가가치세 시행령 제79조 (기장)

법인세법 제15조 (익금의 범위)

법인세법 제19조 (손금의 범위 )

법인세법 제60조 (과세표준 등의 신고)

다. 인정사실

(1) 원고 법인은 주로 소비재 생활용품을 제조· 판매하는 ○○머 사업부와 시력 교정용품을 수입· 판매하는 ○○케 사업부로 각 운영되고 있는데, 두 사업부는 비록 법인격은 동일하지만 그 운영의 실질은 마치 독립된 법인처럼 각자 별개의 조직으로 관리되고 있고, ○○머 사업부는 SAP 시스템을, ○○케어 사업부는 E-Back Office라는 회계시스템을 각 사용하고 있다.

(2) SAP 시스템은 해당 부가가치세 과세기간별 발생거래를 세금계산서 작성일자로 정렬하여 발췌하는 기능을 지원하지 않고, 시스템에 입력한 날짜(Posting Date)로 정렬 하여 발췌하는 기능만을 지원하고 있다. 그런데, 위 시스템에서는 일반 달력과는 다른 Universal Calendar를 사용하고 있고(이에 의하면 2005년 9월 2005.8.29.부터 2005.10.2.까지로 이루어지고, 2005년 10월은 2005.10.3.부터 2005.10.30.까지로 이루어진다), 시스템에 입력되는 날짜 (Posting Date)는 실제 세금계산서 작성일자 (Document date)보다 이후인 경우가 보통이므로, 2005년 2기 예정신고를 위한 자료를 얻기 위해서는 그 과세기간인 2005.7.1.부터 9.30.까지의 자료만 추출해서는 안 되면 Universal Calendar가 2005년 9월로 인식한 2005.10.2.까지 입력된 거래를 모두 추출하여 그 중에서 해당 과세기간에 속하는 자료들이 섞여서 추출되며 이를 다시 수작업으로 구분하는 과정에서 제외해서는 안 될 거래를 제외하여 매출이 누락되기도 하고 제외해야 할 거래를 포함시켜 같은 자료가 두 세기간에 각각 포함되어 이중매입신고가 되기도 한다. 반면, 일반원장에는 이러한 자료 추출 및 수작업의 여지가 없으므로, 각 거래의 입력만 제대로 되었다면 이를 기초로 한 재무제표는 자동으로 오류 없이 작성되며, 이러한 재무재표를 계산 근거로 한 법인세 신고 역시 부가세와 같은 오류의 여지가 없게 된다.

(3)SAP 시스템에서 임의적인 회계 조작을 방지하기 위하여 일정한 규칙에 따라 거래내역을 입력해야 하는데, 수익이 발생한 경우 일단 이를 매출채권으로 계상하고 현금이 회수될 때 이 매출채권을 상계하고, 아울러 입력한 날짜가 명시되고, 한 번 입력한 내용은 삭제가 불가능하도록 되어 있다.

(4) 원고의 거래원장에 의하면, ○○○센에 대한 2005.10.24. 공급대가 5,679,659원의 거래가 입력되어 있는데 그 입력 날짜 (Posting Date)는 2005.10.26. 이고, 원고의 ○○머 사업부의 2005년도 ○○○센에 대한 전체 거래내역에도 위와 같은 내역이 포함되어 있다. 위 매출채권은 2005.11.4.현금 결제되었고, 이에 따라 위 전체 거래내역에서는 2005.11.4.자로 5,679,359원을 감소시키는 회계처리를 하였다.

(5) 원고의 2005년도 매입채무 계정의 전체 거래내역에는 ○○화학으로부터 2005.9.발생한 115,395,129원의 매입이 2005.10.2.(Posting Date)에 입력되어 있고, 2005.10.7.위 115,395,129원이 지급되자 같은 날 위 금액은 매입채무 계정에서 상계되었다. 위와 같은 비용인식은 1회만 이루어졌고 (Doc.no.150015532) 원고의 2005년도 전체 거래내역에서 중복하여 비용처리 된 입력내용은 존재하지 않는다.

(6) 원고는 2005.11.8. 인천공항세관을 통하여 199,752,155원 상당의 콘택트렌즈를 수입하였고, 이에 대하여 2005.11.16. 관세 15,980,172원(199,752,155X 8%) 및 부가가치세 21,573,232원{(199,752,155 + 15,980,172)X 10%} 등 합계 37,553,400원을 납부하였다. 원고는 2005.11.7.에 431,232,272원 상당의, 2005.11.16.에 247,986,704원 상당의 콘택트렌즈를 수입하였고, 2005.11.25.에 11.7.자 수입분에 대한 관세 34,498,580원(= 431,232,272 X 8%) 및 부가가치세 46,573,080원{=(431,232,272 + 34,498,580원)X 10%} 등 합계 81,071,660원을, 11.16.자 수입분에 대한 관세 19,838,930원(=247,986,704 X 8%) 및 부가가치세 26,782,560원{=(247,986,704 + 19,838,930원(=247,986,704X 8%) 및 부가가치세 26,782,560원{=(247,986,704 + 19,838,930)X 10%} 등 합계 46,621,490원을 각 납부하였다(이하 위 3차례에 걸친 콘택트렌즈 수입거래를'이 사건 거래'라고 한다).

(7)○○○어 사업부는 E-Back Office라는 회계시스템을 사용하고 있는데, 이에 의하면 매입거래가 발생하면 이를 외상매입금 모듈(AP Module)에 일선의 현업부서에서 직접 입력하고, 이러한 입력 내용은 청구서 대사(Invoice Matching)라는 경리부의 확인 과정을 거친 뒤, 총계정원장 모듈로 전기된다. 부가가치세 신고는 위 외상매입금 모듈에서 출력되는 자료를 기초로 이루어지고, 법인세 신고는 위 총계정원장을 기초로 작성된 재무제표를 계산근거로 하여 이루어진다.

통상 해외로부터 제품의 수입이 있는 경우 그 제품 자체는 재고자산으로서 매입채무 계정에 계상되고, 그 공급가애게 대한 부가세는 차변에 부가가치세대급금, 대변에는 매입부대비용으로서 매입채무로 각 별도 계상되는데, 그 액수는 수입한 제품의 원가에 관세를 더한 액수의 10%이다. 그런데 경리부에 의하면 외상매입금 모듈의 입력 내용을 확인하는 과정에서, 현업부서가 정상적으로 입력한 부가가치세 대급금(원가+관세)X 10%가 일률적으로(관세)X 10%로 변경되는 시스템 오류가 발생한 사실이 발견되었다. 이에 ○○○어 사업부는 이를 바로잡기 위하여 외상매입금 모듈에 (원가)X 10%의 부가가치세대급금을 추가로 계상하는 회계처리를 하였다.

그러나, 이 사건 거래에 대한 매입부대비용은 담당자의 착오로 이러한 추가 회계처리가 누락된 상태에서 총계정원장 모듈로 전기가 이루어졌고, 이에 회계담당자는 다시 총계정원장 모듈에서 이 사건 거래에 대하여 위와 같이 (원가)X 10%의 부가세대급금을 추가로 계상하는 회계처리를 하여 총계정원장상의 오류를 바로 잡았다.

(8) 원고 법인의 회계시스템은 외상매입금 모듈에서 총계정원장 모듈로 전기되는 것이기에 외상매입금 모듈의 오류 수정은 총계정원장에도 반영되지만, 반대로 총계정원장에서 오류를 수정하는 회계처리를 했다 하여 외상매입금 모듈의 오류가 자동으로 수정되는 것은 아니어서 이 사건 거래에 대한 회계처리는 여전히 (원가 + 관세)X 10%가 아닌 (관세)X 10%로 존속하고 있었다. 이에 회계담당자는 부가가치세 신고 과정에서 외상매입금 모듈에서 도출되는 부가가치세 신고대상 금액에 (원가 + 관계)X 10%의 금액을 합산하여 신고하고 기존의 (관세)X 10%의 금액은 차감하여 올바른 부가세 신고를 하려고 했으나, 위 금액의 차감을 착오로 누락하여, 이로 인하여 이 사건 각 거래의 (관계)X 10%에 해당하는 금액에 대한 매입신고가 이루어지게 되었다.

(9) 원고의 2005.11.1.부터 12.31.까지의 매입채무 계정별 원장에는 2005.11.16. JRNL00020101호로 인천세관에 대해 지급해야 할 관세 및 부가세의 합계 37,553,400원{위(6)항 도표 순번 1}이 매입채무로 계상되어 있고, 2005.11.25.에는 JRNL0002094번으로 46,621,490원{위 (6)항 도표 순번 2}, JRNL00020098번으로 81,071,660원{위 (6)항 도표 순번3}의 관세·부가세가 빠짐없이 계상되어 있다. 그러나, 원고의 매입채무 계정별 원장에는 인천공항세관에 대한 이 사건 매입채무들이 계상되어 있는 항목이 존재하지 않는다.

(10) 원고의 부가가치세 대급금의 거래처별 원장에는 이 사건 거래에 대해서는 2005.11.16.자로 부가세 21,573,230원(JRNL00020101), 2005.11.25.자로 부가세 26,782,560원(JRNL0002094) 및 46,573,080원(JRNL00020098)이 각 빠짐없이 계상되어 있다. 그러나, 부가세대급금 거래처별 원장에는 이 사건 매입채무들에 대한 부가세 금액이 계상되어 있지 않다.

(11) 이 사건 거래에 대한 관세는 2005.11.16.자로 15,981,170원(JRNL00020101), 2005.11.25.자로 19,838,930원(JRNL0002094) 및 34,498,580원(JRNL00020098)이 각 빠짐없이 관세의 계정별 원장에 계상되어 있다. 그러나, 관세의 계정별 원장에는 이 사건 매입채무들에 대한 관세금액이 계상되어 있지 않다.

[인정근거] 갑3~15의 각 기재(가지번호 포함), 증인 김○정의 증언, 변론 전체의 취지

라. 판단

이 사건의 쟁점은 ① 원고의 ○○○센에 대한 2005.10.24.자 용역 공급대가 5,679,359원이 법인세 신고시에 수익에서 누락되어 있는지 여부, ② 원고의 ○○화학으로부터 2005.10.2.자 매입거래 115,395,129원이 법인세 신고시 이중으로 비용에 계상되었는지 여부, ③ 원고가 인천공항세관으로부터 2005.11.16. 및 25.에 3차례에 걸쳐 매입하였다는 70,318,000원이 비용에 계상되었는지 여부 등이다.

위 인정사실에 의하면, (1) 원고의 ○○○센에 대한 용역 공급대가는 일정 부분 수작업을 필요로 하는 SAP 회계시스템의 부가세 모듈의 특성상 부가세 신고시 세금계산서 합계에서 누락되었을 뿐, 이와 별도로 관리되는 일반원장에는 정확히 입력되었고, 이렇게 일반원장에의 입력이 확인된 이상 손익계산서상의 수익 항목은 이러한 입력 내용을 자동으로 합산하여 생성되는 것이므로, 위와 같은 손익계산서에 근거한 원고의 법인세 신고는 적법하고, (2) 원고의 ○○화학으로부터 115,395,129원 상당의 매입금액은 2005.10.7. 1회만 비용으로 인식되었으므로, 법인세 신고시 이중으로 비용 계상 하였음을 전제로 한 피고의 이 사건 처분은 위법하며, (3) 피고가 부당히 비용으로 신고하였다고 주장하는 원고의 인천공항세관으로부터의 2005.11.16.자 공급가액 15,980,170원 2005.11.25.자 공급가액 19,838,930원 및 34,498,580원의 매입금액은 이에 대응하는 매입채무 및 매입부대비용이 원고의 매입채무· 부가세대급금· 관세의 각 계정별 원장에 기재된 바 없으므로, 원고가 이에 대한 법인세를 신고함에 있어 이를 비용으로 신고한 바 없다고 할 것이어서, 원고가 법인세 신고시 이를 비용으로 신고하였다는 점을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.

따라서, 피고가 2006.12.1. 원고에 대하여 한 2005녀도 법인세 73,087,810원 중 12,317,605원을 초과한 부분은, 원고의 법인세 신고시에는 부가세 신고시의 오류가 모두 수정되어 제대로 신고되었음에도 원고의 법인세 신고시에 부가세 신고시의 오류가 모두 존재하였음을 전제로 한 것이어서 위법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 받아들이기로 하여, 주문과 같이 판결한다.