2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 ○○공사업 등을 영위하고 있는 사업자로서 1998. 1. 25.에 1997년 제2기분 부가가치세 788,604,490원을, 1999. 3. 31.에 1998사업연도 법인세 9.515.167원을 각 신고, 납부하였으나, ○○세무서장(2001. 10. 4. 세적 변경 이전의 납세지 관할세무서장)은 과세자료처리 및 세무조사 결과에 따라 원고에게, 1998사업연도 법인세에 관하여 2000. 10. 2.에 19,789,430원(1차 경정), 2001. 8. 7.에 288,588,980원(2차 경정)을 각 경정, 고지하였고, 1997년 제2기분 부가가치세에 관하여 수차 경정, 고지한 후 2001. 8. 21.에 79,870,340원(5차 경정)을 경정, 고지하였다.

나. 원고는 2005. 7. 21. 피고에게, 소외 ○○건설 주식회사(이하 '소외 회사'라 한다)가 1998. 3.경부터 1999. 12.경까지 사이에 원고에게 ○○철도 정거장 전기공사 및 ○○그룹 사옥신축 전기공사를 하도급줄 때, 소외 회사의 경영지원부문장인 피고인 배○○가 실제 공사대금보다 507,060,000원을 과대계상 하여 지급한 후 실제로 지급하여야 할 기성고 상당액과의 차액 상당을 반환받는 방법으로 비자금을 조성한 사실을 인정한 ○○지방법원 2005. 6. 2. 선고 0000노000 업무상 배임 사건의 형사판결(이하 '이 사건 형사판결'이라 한다)이 국세기본법(이하 '법'이라 한다) 제45조의2 제2항 제1호 소정의 후발 적 경정사유에 해당한다면서, 위와 같이 과대계상 된 도급금액 507,060,000원에 상당하는 납부세액, 즉 ○○세무서장이 2001. 8. 7. 부과한 1998사업연도 법인세 288,588,980원 중 192,766,000원, 2001. 8. 21. 부과한 1997년 제2기분 부가가치세 79,870,340원 중 50,706,000원과 원고가 2001. 9. 10. 자진납부한 1998년도 원천징수분 갑종근로소득세 311,109,884원 중 217,652,474원의 합계 461,124,474원이 환급되어야 한다는 내용의 경정청구를 하였으나, 피고는 2005. 8. 25. 원고에 대하여 위 경정청구가 법 제45조의2 제2항 제1호의 후발적 경정청구사유에 해당되지 않는다는 이유로 경정청구를 거부하는 이 사건 처분을 하였다.

다. 이에 원고는 2005. 9. 29. 국세심판원에 국세심판을 청구하였으나, 국세심판원은 2006. 1. 2. 원고에 대하여 이 사건 형사판결은 국가와 배○○ 간의 판결로 법 제45조의2 제2항 제1호에서 규정하고 있는 과세표준 및 세액의 계산근가가 된 거래 또는 행위에 관한 소송에 대한 판결이 아니어서 후발적 경정청구사유로 보기 어렵고, 따라서 법 제45조의2 제1항의 일반적인 경정청구기간이 적용되어 1998사업연도 법인세 신고기한인 1999. 3. 31. 및 1998년 제2기분 부가가치세 확정신고기한인 1999. 1. 25.의 익일로부터 계산하여 2년 이내에 청구하여야 함에도 2년을 경과하여 경정청구를 하였으므로 부적법한 청구에 해당하고 그에 근거한 심판청구 또한 부적법하다는 이유로 각하결정을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑1호증의 1 내지 7, 갑3호증 내지 갑6호증, 을1호증의 1 내지 3, 을2호증의 1, 2, 을3호증의 1, 2, 을 4호증의 1, 2, 을5호증의 1, 2, 을6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자등의 주장

(1) 원고의 주장

법 제45조의2 제2항 제1호 소정의 '과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등에 관한 소송에 대한 판결'을 국세에 관련된 쟁송의 경우에만 해당된다는 이유로 이 사건 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 위 조항을 지나치게 좁게 해석한 것으로 법 취지 및 판례에 어긋나서 위법하므로 취소하여야 한다.

(2) 피고의 주장

(가) 이 사건 공사대금의 과다매출신고는 이 사건 형사판결에 의하여 과세요건사실에 변동이 생겨 과다매출신고로 확정된 것이 아니라 법인세 및 부가가치세 신고 당시부터 이미 존재하고 있었던 원시적 사유에 불과할 뿐만 아니라 위 형사판결은 국가와 배○○ 간의 판결로 범죄사실의 존부 및 범위를 확정한 것에 지나지 않고 원고가 소송을 제기한 당사자도 아니어서 법에서 규정하고 있는 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위에 관한 소송에 대한 판결이 아니다. 따라서 이 사건 경정청구는 후발 적 경정청구가 아니어서 통상의 경정청구 기한인 1년을 경과하여 부적법하므로 각하되거나 또는 기각되어야 한다.

(나) 1998년 원천징수 분 갑종근로소득세 상당액은 피고의 부과처분이 없었고 원고가 과세표준 신고서를 법정신고 기한 내에 제출한 자에 해당되지도 않아 경정청구 대상세액이 아니므로 부적법하여 위 부분은 각하되어야 한다.

(다) 설사 이 사건 경정청구가 법 제45조의2 제2항에서 규정한 후발 적 경정청구사유에 해당한다 하더라도 이는 법 제36조의2에서 규정한 국세부과권의 제척기간인 5년이 경과하여 피고로서는 그 세액에 대한 감액경정결정을 할 수 없으므로 이 사건 처분은 적법하다.

(라) 설령 이 사건 공사대금이 과다하게 매출신고되었다고 할지라도 그 과세기간을 특정할 수 없어 피고로서는 이 사건 경정청구에 대하여 거부처분을 할 수밖에 없으므로 이 사건 처분은 적법하다.

나. 관련 법령

구 국세기본법 (2000. 12. 29. 법률 제6303호로 개정되기 전의 것)

제45조의2 (경정등의 청구)

① 과세표준 신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각 호의 1에 해당하는 때에는 법정신고 기한경과후 1년이내에 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때

② 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각호의 1에 해당하는 사유가 발생한 때에는 제1항에서 규정하는 기간에 불구하고 그 사유가 발생한 날부터 2월이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고·결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 동일한 효력을 가지는 화해 기타 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정된 때

제26조의2 (국세부과의 제척기간)

① 국세는 다음 각 호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세방지를 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)의 규정에 의하여 상호합의절차가 진행중인 경우에는 국세조세조정에 관한 법률 제25조에서 정하는 바에 따른다.

1. 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급·공제받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간

2. 납세자가 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

4. 상속세·증여세는 제1호 내지 제3호의 규정에 불구하고 이를 부과할 수 있는 날부터 10년간. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 경우에는 이를 부과할 수 있는 날부터 15년간으로 한다.

가. 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 상속세·증여세를 포탈하거나 환급·공제받는 경우

나. 상속세 및 증여세법 제67조 및 제68조의 규정에 의하여 신고서를 제출하지 아니한 경우

다. 상속세 및 증여세법 제67조 및 제68조의 규정에 의하여 신고서를 제출한 자가 대통령령이 정하는 허위신고 또는 누락신고를 한 경우(그 허위신고 또는 누락신고를 한 부분에 한한다)

② 다음 각 호의 경우에는 제1항의 규정에 불구하고 제1호의 규정에 의한 결정 또는 판결이 확정되거나 제2호의 규정에 의한 상호합의가 종결된 날부터 1년이 경과되기 전까지는 당해 결정·판결 또는 상호합의에 따라 경정결정 기타 필요한 처분을 할 수 있다.

1. 제7장의 규정에 의한 이의신청·심사청구·심판청구·감사원법에 의한 심사청구 또는 행정소송법에 의한 소송에 대한 결정 또는 판결이 있는 경우

다. 판단

먼저, 원고가 이 사건 경정청구의 사유로 들고 있는 이 사건 형사판결이 법 제45조의2 제2항에서 규정한 '과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에서 판결 등에 의하여 다른 것으로 확정된 때'에 해당하는지 여부에 관하여 살펴본다(피고는 본안전 항변으로, 이 사건 경정청구가 후발적 경정청구가 아니라 통상의 경정청구인데 그 경정청구 기한인 1년을 경과하여 부적법하므로 각하되어야 한다고 주장하나, 이 사건 소는 이 사건 경정청구가 후발적 경정청구사유에 해당되지 않아 원고의 감액경정청구를 거부한 이 사건 처분이 적법하면 이 사건 청구가 이유 없음에 돌아가는 것이지 거부처분의 취소를 구하는 이 사건 소 자체가 부적법하게 되는 것은 아니므로 본안전 항변에 관하여 별도로 판단하지 않기로 한다).

후발적인 사유에 기한 경정청구는 과세표준의 신고 또는 과세표준 및 세액의 결정이 있은 후 납세의무자 자신의 임의적 의사와는 관계없이 과세표준 및 세액의 기초가 된 사실에 중대한 변경사유가 발생한 경우 납세자를 보호하기 위하여 예외적으로 허용한 특별규정으로서, 일반적인 경정청구와 달리 법정신고 기한 내에 과세표준 신고서를 제출하지 아니한 자에게도 허용되고, 일반적인 경정청구기간의 제한을 받지 않는다는 점 및 실질과세의 원칙과 기간과세의 원칙, 권리의무확정주의, 기타 세법상의 제원칙 등을 종합할 때, 법 제45조의2 제2항 제1호의 후발적 경정사유인 '과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에서 판결 등에 의하여 다른 것으로 확정된 때'에 있어서 '판결 등'이라 함은 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 재판과정에서 투명하게 다투어졌고, 그것이 판결의 주문과 이유에 의하여 객관적으로 확인되는 민사사건의 판결이나, 그 이외의 판결이나 결정문 자체로는 거래 또는 행위에 대한 판단을 알 수 없더라도 거래 또는 행위 등이 재판과정에서 투명하게 다투어졌고 그 결론에 이르게 된 경위가 조서 등에 의하여 쉽게 확정할 수 있는 자백간주에 의한 판결이나 임의조정, 강제조정, 재판상 화해 등의 경우만을 한정한다고 해석하여야 할 것이다.

그런데, 갑2호증, 갑10호증의 1 내지 66의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여보면, 이 사건 형사판결은, 1998. 3.경부터 1999. 12.경까지 사이에 소외 회사의 경영지원부문장이었던 피고인 배○○가 소외 회사와 원고회사와의 하도급계약을 체결한 다음 공사대금증액계약을 수차례 더 체결하는 과정에서 계약서에 실제 공사대금보다 과다계상된 공사금액을 기재하고 그 대금을 지급하여 원고회사로 하여금 과다계상 된 금액 상당의 재산상 이익을 취득하게 하고 소외 회사에게 동액 상당의 손해를 가한 것으로 기소된 업무상 배임사건에서, 위 피고인이 실제 공사대금보다 과다계상된 공사금액 상당의 재산상 이익을 취득하게 하거나 소외 회사에게 재산상 손해를 가하였다고 볼 수 없다는 이유로 무죄가 선고된 판결로서 피고인 배○○의 범죄사실의 존부 및 범위를 확정하기 위하여 주로 원고 회사의 재산상 이익의 취득 여부 및 소외 회사의 재산상 손해의 발생 여부를 심리하여 판단한 것에 지나지 않고, 과세표준 및 세액의 계산상 손해의 발생 여부를 심리하여 판단한 것에 지나지 않고, 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 이 사건 거래 또는 행위가 재판과정에서 대립된 당사자 사이에 투명하게 다투어졌고 판결의 주문이나 이유에서 명확히 판단된 소송에 대한 판결이라고 볼 수는 없다. 그러므로 이 사건 형사판결에 의하여 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 이 사건 공사도급계약이 다른 것으로 확정되었다고 단정할 수 없고, 달리 이 점을 인정할만한 아무런 증거가 없으므로 위 형사판결이 후발적 경정사유에 해당한다고는 볼 수 없다.

따라서 이 사건 형사판결이 법 제45조의2 제2항 제1호의 후발 적 경정청구사유에 해당함을 전제로 한 원고의 주장은 나아가 살필 필요 없이 이유 없다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.