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서울행정법원 2020.05.19 2019구합81629

부가가치세 부과처분 취소

주문

1. 원고들의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고들이 부담한다.

이유

1. 처분의 경위

가. 원고들은 2016. 6. 23. 업종을 ‘주택신축판매업(토지보유 5년 미만)’, 사업장소재지를 ‘서울 동작구 C’(이하 ‘이 사건 부지’라 한다), 개업일을 ‘2016. 12. 1.’로 하여 부가가치세 면세사업자로 사업자등록을 하였고, 2016. 7. 1. 위 업종에 ‘일반주택임대’를 추가하는 변경등록을 하였다.

나. 원고들은 2016. 6. 22. 동작구청장으로부터 이 사건 부지에 단독주택(다중주택)을 신축하기로 하는 내용의 건축허가를 받은 후 연면적 288.05㎡, 지하 1층, 지상 3층의 주택(이하 ‘이 사건 주택’이라 한다)을 신축하여 2016. 11. 29. 사용승인을 받았다.

다. 원고들은 2016. 11. 3. D 외 1인과의 사이에 이 사건 주택을 1,730,000,000원에 매도하기로 하는 매매계약(이하 ‘이 사건 매매계약’이라 한다)을 체결하였고, 2016. 12. 23. D 외 1인에게 이 사건 주택에 대한 소유권이전등기를 마쳤다. 라.

원고들은 이 사건 주택의 공급에 관하여 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호에 따라 부가가치세가 면제되는 국민주택에 해당하는 것으로 보아 2017. 2. 28. 면세사업자 사업장현황신고를 하고, 2017. 6. 19. 종합소득세를 신고하였으며, 부가가치세 신고는 하지 않았다.

마. 피고는 이 사건 주택이 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호에 따른 국민주택에 해당하지 않는다고 보고, 2018. 10. 29. 직권으로 부가가치세 과세사업자로 사업자등록을 한 다음, 이 사건 주택의 양도 당시의 대지 및 건물의 기준시가로 양도가액을 안분하여 건물분 부가가치세 과세표준을 674,682,584원으로 계산하여, 2019. 1. 2. 원고들에게 2016년 2기분 부가가치세 102,018,751원(미등록 가산세 6,746,825원, 무신고가산세 13,493,651원, 납부불성실가산세 14,310,017원 포함)을 부과고지하였다

이하 '이 사건...