가. 원고는 코스닥 상장기업으로, 서울 금천구 가산동 239-4에서 2000. 3. 1.부터 기업간 전자상거래를 주업으로 하는 회사이다.

원고는 2010년 1기 및 2기 부가가치세 과세기간 중 주식회사 A(이하 ‘A’라 한다), 주식회사 B(이하 ‘B’이라 한다)에 매출세금계산서 11매(공급가액 16,942,955,431원, 이하 ‘이 사건 매출세금계산서’라 한다)를 발행ㆍ교부하였고, 주식회사 중소기업유통센터(이하 ‘중소기업유통센터’라 한다)로부터 매입세금계산서 13매(공급가액 19,574,493,490원)를 수취하였다.

원고는 위 매입세금계산서 중 11매(공급가액 16,858,662,126원, 이하 ‘이 사건 매입세금계산서’라 한다)를 제외한 나머지 2매(공급가액 2,715,831,364원)를 취소하고, 부가가치세 신고대상에서 제외하였다

(이하 이 사건 매출, 매입 세금계산서와 관련된 거래를 ‘이 사건 거래’라 한다). 나.

서울지방국세청장은 2011. 5. 17.부터 2011. 8. 24.까지 원고 및 관련 업체 등에 대한 부가가치세 조사를 실시하여, 이 사건 매출세금계산서 및 매입세금계산서를 가공세금계산서로 보아 피고에게 과세자료를 통보하였다.

다. 이에 따라 피고는 이 사건 매출 및 매입세금계산서를 실물거래 없는 사실과 다른 세금계산서로 판단하고 매출세액 및 매입세액을 각 감액한 뒤, 이 사건 매출 및 매입세금계산서 수수에 대하여 구 부가가치세법(2010. 12. 27. 법률 제10409호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제22조 제3항에 따른 세금계산서불성실가산세를 가산하여 2011. 8. 31. 원고에게 부가가치세 2010년 1기분 364,086,390원 및 2010년 2기분 357,839,170원을 경정ㆍ고지하였다

(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). 라.

원고는 2011. 11. 15. 심판청구를 하였으나 2012. 6. 29. 기각결정을 받았다. ...

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