2. 피고가 2005. 1. 3. 원고 1에게 한 양도소득세 70,930,530원, 원고 2에게 한 양도소득세 82,643,880원의 각 부과처분을 취소한다.

3. 소송총비용은 피고가 부담한다.

아래의 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑1호증, 갑2호증, 갑3호증, 갑4호증, 을1호증, 을2호증, 을3호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정된다.

가. 원고들은 2004. 6. 28. 부산 남구 대연동 (각 지번 생략)의 4필지 합계 957.2㎡ (이하 ‘위 토지’라 한다) 중 각 소유 지분을 소외 1 주식회사에게 양도한 후, 위 토지의 2003. 1. 1. 기준 개별공시지가 186만원(/㎡)을 적용한 양도가액을 계산하여 양도소득세를 신고하였다.

나. 피고는 위 토지가 당초 주유소 용지로 사용되다가 그 지상에 근린생활시설 용도의 건물이 신축됨으로써 그 용도가 변경되었고, 그에 따라 지적법상 지목이 잡종지에서 대지로 변경되었으므로, 구 소득세법(2005. 1. 14. 법률 제7335호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라 한다) 제99조 제1항 제1호 가목 단서 및 법 시행령(2005. 2. 19. 대통령령 제18705호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘시행령’이라 한다) 제164조 제1항 제3호 소정의 ‘개별공시지가가 없는 토지’에 해당한다는 이유로, 2개 감정평가기관에 감정을 의뢰하여 평가한 333만원(/㎡)을 적용하여 양도가액을 계산한 후, 2004년 귀속 양도소득세로 2005. 1. 3. 원고 1에게 70,930,530원, 원고 2에게 82,643,880원을 각 부과(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.

2. 처분의 적법 여부

가. 원고들의 주장

이 사건 처분은 아래와 같은 사유로 위법하므로 취소되어야 한다.

(1) 법 제99조 제1항 제1호 가목 단서는 개별공시지가가 고시되어 있지 아니한 토지에 대하여만 대통령령이 정하는 방법으로 평가하도록 위임하고 있으므로, 시행령 제164조 제1항 은 같은 항 각호에 해당하는 토지 중 개별공시지가가 없는 경우에 적용되는 것인데, 위 토지에 관하여 계속하여 개별공시지가가 고시되는 등 위 토지는 개별공시지가가 없는 토지에 해당하지 아니하므로, 위 토지가 법 및 시행령 조항 소정의 개별공시지가가 없는 토지에 해당함을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 그렇지 않다고 하더라도, 시행령 제164조 제1항 제3호 는 ‘토지의 형질변경 또는 용도변경으로 인하여 지적법상의 지목이 변경된 토지’라고 규정하고 있으므로, 위 규정에 의한 ‘개별공시지가가 없는 토지’에 해당하기 위하여는 ‘토지의 형질변경’ 또는 ‘토지의 용도변경’으로 인하여 지적법상의 지목이 변경된 경우라야 할 것인데, 위 토지는 ‘건축물의 용도변경’으로 인하여 지적법상의 지목이 변경된 경우에 해당하므로, 위 토지가 위 규정에 해당함을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

아래의 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 앞서 든 각 증거, 갑5호증의 1 내지 4, 갑8호증, 갑9호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정된다.

(1) 위 토지는 4필지 전체가 하나로 이용되고 있는 상태로서 원래 지목이 대지였는데, 원고들의 아버지인 소외 2가 1994. 8. 23.경 위 토지에서 ‘ ○○주유소’라는 상호로 주유소 영업을 시작하면서 1997. 3. 14. 그 지목이 잡종지로 변경되었다.

(2) 소외 2는 2002. 3. 2. 주유소영업을 폐지하였고, 그 후 위 토지의 공유자가 된 원고들을 비롯한 소외 2의 자녀들은 2002. 3. 30. 위 토지상에 지하 2층, 지상 14층의 제1종 근린생활시설 건축허가를 받아 이를 신축한 다음, 2004. 6. 10. 관할구청으로부터 위 건물에 대한 사용승인을 받았다.

(3) 위와 같이 위 건물에 대한 사용승인이 나자, 원고들을 비롯한 위 토지의 공유자들은 위 토지의 지목변경신청을 하였고, 이에 부산광역시 남구청장은 2004. 6. 16. 건축물의 용도가 변경되었음을 사유로 하여 위 토지의 지목을 대지로 변경처리 하였다.

라. 판단

(1) 시행령 제164조 제1항 은 같은 항 각호에 해당하는 토지 중 개별공시지가가 없는 경우에 적용되는 것이라는 주장에 관하여

(가) 법 제94조 제1항 제1호 , 제96조 제1항 , 제99조 제1항 제1호 가목 , 구 「지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률」(2005. 1. 14. 법률 제7335호 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」로 전문 개정되기 전의 것, 이하 ‘지가공시법’이라 한다) 제10조 제2항 , 제10조의2 는, 토지의 양도로 인한 양도소득의 경우 토지의 양도가액은 양도 당시의 기준시가에 의하되 그 기준시가는 지가공시법에 의한 개별공시지가에 의하고, 다만 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지 관할세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 참작하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액으로 한다고 규정하며, 시행령 제164조 제1항 중 그 제3호 는, ‘토지의 형질변경 또는 용도변경으로 인하여 지적법상의 지목이 변경된 토지’를 개별공시지가가 없는 토지의 하나로 들면서, 그 경우 그 토지와 지목·이용상황 등 지가형성요인이 유사한 인근토지를 표준지로 보고 지가공시법 제10조 제2항 의 규정에 의한 비교표에 의하여 납세지 관할세무서장이 평가한 가액을 적용하되, 이 경우 관할세무서장은 2 이상의 감정평가기관에 의뢰하여 당해 토지에 대한 감정평가기관의 감정가액을 참작하여 평가할 수 있다고 규정하고 있다.

(나) 위와 같은 관계 법령의 규정에 비추어 보면, 시행령 제164조 제1항 은 그 문언상 각호에 규정한 토지를 개별공시지가가 없는 토지로 보아 위 조항에서 정한 방법으로 그 양도가액을 평가한다는 내용으로 해석되고, 이와 달리 위 각호에 규정된 토지 중 개별공시지가가 없는 토지에만 위 조항을 적용한다는 취지로 해석할 수 없을 뿐만 아니라(이는 제4호 에서 개별공시지가의 결정·고시가 누락된 토지를 따로 열거하고 있는 점에서 보아도 그러하다), 토지의 용도가 변경되는 경우 그 전후에 걸친 토지의 품등이나 사정 등이 현저히 달라져 개별공시지가 산정을 위한 비교표준지 역시 변경되어야 하고, 그 경우 종전 지목을 적용한 개별공시지가를 변경된 이후에도 그대로 적용하는 것은 합리성이 없어 이를 위 규정상 개별공시지가가 없는 토지의 하나로 보아, 그 토지와 지목·이용상황 등 지가형성요인이 유사한 인근토지를 표준지로 보고 지가공시법 제10조 제2항 의 규정에 의한 비교표에 의하여 납세지 관할세무서장이 평가한 가액을 적용하는 것이 상당하다고 할 것이다. 이 부분 원고들의 주장은 이유 없다.

(2) ‘건축물의 용도변경’으로 인하여 지적법상의 지목이 변경된 경우에는 시행령 제164조 제1항 의 ‘개별공시지가가 없는 토지’에 해당하지 아니한다는 주장에 관하여

(가) 시행령 제164조 제1항 제3호 는 개별공시지가가 없는 토지의 하나로서 ‘토지의 형질변경 또는 용도변경으로 인하여 지적법상의 지목이 변경된 토지’라고 규정하고 있는바, ① 이는 그 문언상으로도 ‘토지의 형질변경’ 또는 ‘토지의 용도변경’으로 인하여 지적법상 지목이 변경된 토지로 해석함이 상당한 점, ② 지적법 제21조 는 토지소유자는 지목변경할 토지가 있는 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 그 날부터 60일 이내에 소관청에 신청하여야 한다고 규정하고, 지적법 시행령 제16조 는 지목변경을 신청할 수 있는 경우로 제1호 에서 ‘국토의계획및이용에관한법률 등 관계법령에 의한 토지의 형질변경 등의 공사가 준공된 경우’, 제2호 에서 ‘토지 또는 건축물의 용도가 변경된 경우’를 들고 있는바, 이와 같이 지적법이 지목변경을 신청할 수 있는 경우로서 ‘토지의 형질변경’ 이외에 ‘토지 또는 건축물의 용도변경’이라고 규정함으로써 ‘토지의 용도변경’과 ‘건축물의 용도변경’을 구별하고 있는 점에 비추어 보면, 시행령 제164조 제1항 은 지적법과 달리 ‘토지의 형질변경 또는 용도변경’이라고 규정함으로써 ‘건축물의 용도변경’은 이를 제외하기로 한 취지로 봄이 상당한 점, ③ 토지의 용도변경이란 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제36조 에 의하여 지정된 토지의 용도지역(도시지역, 관리지역, 농림지역, 자연환경보전지역), 제37조 에 의하여 지정된 토지의 용도지구(경관/미관/고도/방화/방재/보존/시설보호/취락/개발진흥/특정용도제한/기타지구) 및 개발제한구역( 제38조 ), 도시자연공원구역( 제38조의 2 ), 시가화조정구역( 제39조 ), 수산자원보호구역( 제40조 ) 등 토지의 용도구역의 변경을 일컫는 것으로서, 일반적으로 이러한 토지의 용도변경이 이루어지면 그에 따라 건축행위의 가부가 결정될 뿐만 아니라 건축행위가 가능한 경우에도 건축물의 용도·건폐율·용적률·높이 등에 있어서의 제한이 완화 또는 강화되는 등 토지 가치의 급격한 변동을 수반하는 데 비하여, 건축물의 용도변경이란 건축법 제2조 제2항 에서 규정한 건축물의 용도(단독주택, 공동주택, 제1종 근린생활시설, 제2종 근린생활시설, 문화 및 집회시설, 종교시설, 판매시설, 운수시설, 의료시설, 교육연구시설, 노유자시설, 수련시설, 운동시설, 업무시설, 숙박시설, 위락시설, 공장, 창고시설, 위험물저장 및 처리시설, 자동차관련시설, 동물 및 식물관련시설, 분뇨 및 쓰레기처리시설, 교정 및 군사시설, 방송통신시설, 발전시설, 묘지관련시설, 관광휴게시설, 기타시설)를 허가 또는 신고에 의하여 변경하는 것을 일컫는 것으로서, 토지의 용도변경과는 달리 위와 같은 건축물의 용도변경에 따라 토지의 가치 상승이 당연히 수반된다고 보기는 어렵다고 할 것인바 이러한 점에다가 시행령 제164조 제1항 의 규정취지가 토지의 용도가 변경되는 경우 그 전후에 걸친 토지의 품등이나 사정 등이 현저히 달라져 개별공시지가 산정을 위한 비교표준지 역시 변경되어야 하고, 그 경우 종전 지목을 적용한 개별공시지가를 변경된 이후에도 그대로 적용하는 것은 합리성이 없어 이를 위 규정상 개별공시지가가 없는 토지의 하나로 보아, 그 토지와 지목·이용상황 등 지가형성요인이 유사한 인근토지를 표준지로 보고 지가공시법 제10조 제2항 의 규정에 의한 비교표에 의하여 납세지 관할세무서장이 평가한 가액을 적용하는 것이 상당하다는 데 있다는 점을 고려하면, 시행령 제164조 제1항 은 ‘토지의 용도변경’으로 인한 지목변경의 경우에만 적용되는 것일 뿐 ‘건축물의 용도변경’으로 인한 지목변경의 경우까지 적용된다고 보기는 어려운 점 등을 종합해 보면, 시행령 제164조 제1항 제3호 는 ‘토지의 형질변경 또는 토지의 용도변경으로 인하여 지적법상의 지목이 변경된 토지’를 가리키는 것으로 보아야 할 것이다.

(나) 이러한 점에 기초하여 이 사건을 보건대, 위 토지는 그 지상에 제1종 근린생활시설이 건축됨으로써 그 지목이 잡종지에서 대지로 변경된 것으로서 ‘건축물의 용도변경’으로 인하여 지목변경이 이루어졌음은 앞서 본바와 같으므로, 위 토지는 시행령 제164조 제1항 제3호 소정의 ‘토지의 형질변경 또는 용도변경으로 인하여 지적법상의 지목이 변경된 토지’에 해당하지 아니함이 명백하고, 따라서 이와 달리 위 토지가 이에 해당함을 전제로 한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

3. 결 론

그렇다면, 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 할 것이므로, 원고들의 청구는 이유 있어 이를 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로, 제1심 판결을 취소하고, 이 사건 처분을 취소하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.