부가가치세법 시행령 제37조

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 1991.6.22. 당시 문화부장관의 허가를 받아 국어전통의 계승발전과 국환 혼용체제의 확립 및 국어순화를 범국민운동으로 전개할 목적으로 설립된 비영리 사단법인으로, 2000.9.4. ○○진흥재단에 학술연구단체로 등록되었다.

나. 원고는 2006.7.26. 자신이 주관하여 매년 1~2회 실시한 한자능력검정시험의 검정료 수입(이하 위 시험을 '이 사건 시험'이라 하고, 이 사건 시험의 검정료 수입을 '이 사건 검정료 수입'이라 한다)에 대하여 2004년 1기부터 2006년 1기(예정분)까지 신고· 납부한 부가가치세의 환급을 구하는 경정청구를 피고에게 하였으나, 피고는 2006.9.28. 원고에게 이 사건 검정료 수입이 부가가치세 면제대상에 해당하지 않음을 이유로 이를 거부하는 처분(이하'이 사건 경정청구 거부처분'이라 한다)을 하였다.

다. 원고는 이 사건 경정청구 거부처분에 불복하여 이의신청을 거쳐 2007.4.2. 국세심판원에 심판청구를 하였는데, 국세심판원은 2008.1.24. 이 사건 경정청구 거부처분 중 2004년 1기분 부가가치세 경정청구 거부처분에 대하여는 위 기간 동안의 검정료 수입이 부가가치세 면제대상이라고 믿은 원고의 신뢰이익이 침해되었음을 이유로 이를 취소하고, 나머지 원고의 심판청구를 기각하였다.

라. 또 원고는 국민권익위원회에 고충 민원을 제기하였는데, 국민권익위원회는 2008.4.21. 피고에게 원고에 대한 이 사건 경정청구 거부처분 중 2004년 2기분 부가가치세 경정청구 거부처분도 취소할 것을 권고하였고, 이에 따라 피고는 이 사건 검정료 수입에 대한 2004년 2기분 부가가치세를 취소하였다{이하 이 사건 경정청구 거부처분 중 이미 취소된 2004년 1,2기분 부가가치세를 제외한 청구취지 기재 2005년 1기부터 2006년 1기까지(이하'이 사건 과세기간'이라 한다)의 부가가치세에 대한 경정청구 거부처분을'이 사건 처분'이라 한다}.

[인정근거] 갑 6 내지 14호증, 을 1호증(이상 가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 이 사건 검정료 수입은 부가가치세 면제대상이다.

부가가치세법 제12조 제1항 제16호, 부가가치세법 시행령(2006.2.9. 대통령령 제19330호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제37조 제1호 (이하 위 각 규정을'이 사건 면세규정'이라 한다)에 의하면, 학술 등 공익을 목적으로 단체가 그 고유의 사업목적을 공급하는 용역은 부가가치세가 면제된다고 규정하고 있는데, 이 사건 시험 용역은 학술 등 공익을 목적으로 하는 단체인 원고가 고유의 목적사업인 한자능력검정시험을 실시하기 위하여 실비에 해당하는 검정료만을 받고 제공하는 용역에 해당하므로, 이 사건 검정료 수입은 이 사건 면제규정에 따라 부가가치세 면제대상이다.

2) 이 사건 처분은 신뢰보호의 원칙에 반한다.

원고는 2000.2.22. 국세청장으로부터 이 사건 시험 검정료가 부가가치세 면제 대상이라는 회신을 받고, 2006.3.7. 국세심판원의 심판결정이 있기 이전까지는 국세청장의 회신을 신뢰하여 매년 1~2회 이 사건 시험을 실시하면서 부가가치세를 포함하지 아니한 검정료를 받았고 이에 아무런 귀책사유가 없는데도, 국세청장의 회신에 대한 원고의 신뢰에 반하여 이 사건 과세기간 동안의 이 사건 검정료 수입에 대하여 부가가치세를 납부하여야 한다는 것은 신뢰보호의 원칙에 반한다.

3) 부가가치세 과세표준은 실비를 초과하는 부분에 한한다.

가사 견해를 달리하여 이 사건 시험 용역이 부가가치세 부과대상에 해당한다고 하더라도 이 사건 검정료 수입 중 실비에 해당하는 부분은 면세되고, 실비를 초과하는 당기 순이익에 대하여만 부가가치세가 부과되어야 함에도 이 사건 검정료 수입 전부에 대하여 부가가치세 부과가 정당함을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 이 사건 면세 규정

부가가치세법 제12조

부가가치세법 시행령 제37조

다. 인정사실

1) 원고는 급수를 수준별로 1급부터 8급까지, 단계를 11단계 (3,4,6급이 각 2단계로 나뉨)로 나누어 매년 1~2회 시험 응시자로부터 검정료(2000년~2006년의 경우 검정료는 1급 35,000원, 2, 3급 15,000원, 4~6급 Ⅰ 11.000원, 6급Ⅱ~8급 10,000원이다) 를 받고 이 사건 시험을 실시하였다. 원고는 2000.2.22. 국세청장에게 이 사건 시험 검정료가 부가가치세 면제대상에 해당하는지 여부에 대하여 질의하였고, 국세청장은 2000.3.5. 원고에게'원고가 그 고유의 목적사업을 위하여 연 1~2회 정도의 이 사건 시험을 실시하면서 그 비용에 충당하기 위한 정도의 시험료를 받는 경우 이 사건 면세규정에 의하여 부가가치세가 면제된다'고 회신(이하'이 사건 질의회신'이라 한다)하였다.

2) 2003년부터 2005년까지의 과세기간 동안 이 사건 검정료 수입 중 원가(고사장경비, 인건비, 출제 및 채점료, 전산용역비, 광고료, 인쇄 및 발송비, 일반관리비 등)가 차지하는 비율은 73.2%~75.6% 가량이고, 이 사건 시험으로 인한 원고의 영업이익은 2003년 2,473,440,366원, 2004년 2,791,536,683원, 2005년 2,970,812,866원, 2006년 1,299,540,233원이다.

3) 피고는 2004.5.경 원고에 대한 세무조사에서 원고가 이 사건 검정료 수입으로 인하여 실비를 초과하는 이익을 얻고 있어, 이 사건 시험 용역은 학술단체 등이 그 고유의 목적사업을 위하여 실비 또는 무상으로 제공하는 용역으로 볼 수 없다는 이유로, 2004.7.16. 1999년 1기부터 2003년 2기까지의 이 사건 검정료 수입에 대하여 부가가치세를 부과하고, 2004.7.30. 원고를 과세사업자로 직권 정정하였다. 한편, 원고는 아래와 같이 2004년 1기부터 2006년 1기 예정신고분까지의 이 사건 검정료 수입에 대한 부가가치세를 자진하여 신고· 납부하였다.

4) 국세심판원은 2006.3.7. 1999년 1기부터 2003년 2기까지의 이 사건 검정료 수입에 대한 부가가치세 부과처분에 대하여 이 사건 질의회신을 신뢰한 원고의 신뢰이익이 침해되었음을 이유로 위 부과처분을 취소하는 결정을 하였다.

5) 또한 2008.1.24.자 국세심판원 결정 및 국가권익위원회의 신정권고에 따라 2004년 1,2기분 이 사건 검정료 수입에 대한 부가가치세가 취소된 것은 앞에서 본 바와 같다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1 내지 20호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

다. 판단

1) 이 사건 시험 용역이 부가가치세 면제대상인지 여부

가) 이 사건 면세규정에 의하면, 학술 등 공익을 목적으로 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 용역 및 학술 연구단체가 학술연구와 관련하여 공급하는 용역을 부가가치세 면제대상으로 규정하고 있으므로, 학술연구단체인 원고가 시험 응시자로부터 검정료를 받고 제공한 이 사건 시험 용역이 부가가치세 면제대상에 해당하기 위해서는 이 사건 시험 용역이 이 사건 면세규정에 규정된 실비로 공급하는 용역 또는 학술연구와 관련하여 공급하는 용역에 해당하여야 할 것이다.

나) 우선 원고가 시험응시자로부터 실비만을 받고 이 사건 시험 용역을 제공하였는지 여부에 관하여 보건대, 부가가치세법 시행령 제37조 제1호에 규정된'실비'라 함은 이 사건 시험 용역을 제공함에 있어 실제로들인 비용 상당액으로 이윤을 포함하지 않는 개념이라 할 것인데, 원고가 이 사건 과세기간 동안 이 사건 시험 용역의 제공으로 매년 최소 13억 가량에서 최대 29억 가량의 영업이익을 거둔 사실은 앞에서 본 바와 같고, 이에 의하며 원고가 시험응시자로부터 이윤을 포함한 대가를 받고 이 사건 시험 용역을 제공한 것으로 볼 수 있을 뿐, 원고가 실비로 이 사건 시험 용역을 시험 응시자에게 제공한 것으로 볼 수 있을 뿐, 원고가 이 사건 시험 용역을 시험 응시자에게 제공 하였다고 볼 수 없고, 달리 증거가 없다.

또한, 학술연구단체가 학술연구와 관련하여 제공하는 용역이라 함은 새로운 학술을 개발하기 위하여 새로운 이론· 공법 또는 공식 등에 관한 연구용역을 말하는 것으로, 일정한 기준과 절차에 따라 한자의 습득 정도를 불특정 다수인을 상대로 평가하는 이 사건 시험 용역은 학술연구와 관련하여 제공하는 용역에 해당한다고 볼 수도 없다.

다) 따라서 이 사건 시험 용역은 이 사거 ㄴ면세규정에서 정한 부가가치세 면제대상에 해당한다고 볼 수 없고, 이 부분에 관한 원고의 주장은 이유 없다.

2) 이 사건 처분이 신의성실의 원칙에 반하는지 여부

가) 일반적으로 조세법률관계에 있어서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙 내지 신뢰보호의 원칙이 적용되기 위한 요건으로는, 첫째 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해 표명을 하여야 하고, 둘째 과세관청의 견해 표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야하고, 넷째 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다(대법원 2006.5.26. 선고 2003다18401 판결).

나) 위와 같은 법리를 전제로 하여 이 사건에 관하여 보건대, 앞에서 인정한 사실에 의하면, 이 사건 실의회신의 내용은 이 사건 시험을 실시하면서 그 비용에 충당하기 위한 정도의 시험료를 받는 경우 부가가치세 면제대상에 해당한다는 것으로, 이러한 이 사건 질의회신의 내용만으로는 과세관청이 원고에게 상당한 수익이 발생하는지 여부를 불문하고 이 사건 시험 용역이 부가가치세 면제대상에 해당한다는 공적인 견해표명을 하였다고 보기 어려울 뿐만 아니라, 가사 이 사건 질의회신으로 이 사건 검정료 수입이 부가가치세 면제대상이라는 공적인 견해표명이 있었다고 하더라도 앞에서 본 바와 같이, 피고는 이 사건 시험 용역에 대한 세무조사 결과 이 사건 시험 용역이 단순히 실비로 제공하는 용역이 아님을 이유로 관계법령에 따라 부가가치세 면제대상이라는 종전의 견해를 번복하고, 2004.7.16. 이 사건 검정료 수입에 대하여 부가가치세를 부과하였으며, 원고도 피고의 변경된 견해에 따라 2004년 1기부터 2006년 1기까지 이 사건 검정료 수입에 대한 부가가치세를 자진하여 신고· 납부하였던 점에 비추어 볼 때, 피고의 이 사건 과세기간 동안의 부가가치세 경정청구에 대한 거부처분이 신의성실의 원칙에 위배된다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3) 이 사건 검정료 수입 중 실비를 초과하는 부분만이 부가가치세 과세표준인지 여부

부가가치세는 거래세로서 법에서 부가가치세 면제대상으로 규정하거나 과세표준 제외대상으로 규정하지 않는 한 사업자는 자기가 공급하는 재화나 용역의 공급에 대하여 자기가 받은 대가를 과세표준으로 하여 부가가치세를 납부할 의무가 있다.

그런데 이 사건 검정료 수입이 부가가치세 면제대상에 해당하지 않음은 앞에서 본 바와 같고, 이를 과세표준에서 제외하는 어떠한 규정도 없으므로, 이 사건 검정료 수입은 원고가 제공한 이 사건 시험용역에 대한 대가로서 그 전체가 부가가치세 과세표준에 해당한다고 할 것이고, 이 사건 검정료 수입 중 실비를 초과하는 부분, 즉 당기순이익만이 부가가치세의 과세표준이 된다고 볼 아무런 근거가 없다. 따라서 이 부분에 관한 원고의 주장 역시 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 피고의 이 사건 처분은 적법하고, 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.