2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2016. 12. 1. 원고에 대하여 한 2014 사업연도 법인세 477,986,090원의 부과처분을 취소한다.

가. 이 사건 토지의 처분

원고 종중은 2014. 7. 15. 한국토지주택공사에 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따라 별지 '과세대상토지 및 과세면적' 표 기재 부동산(이하 '이사건 토지'라 한다)을 양도하고 토지보상금으로 5,190,224,200원을 받았다.

나. 원고 종중의 법인세 신고 및 피고의 부과처분

1) 원고 종중은 2015. 4. 3. 2014 사업연도 법인세를 신고하면서 이 사건 토지가 구 법인세법(2014. 12. 23. 법률 제12850호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제3조 제3항 제5호의 고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산에 해당함을 전제로 이 사건 토지의 처분으로 인하여 생기는 수입을 법인세 부과대상인 소득에서 제외하였다.

2) 피고는 이 사건 토지 중 선산으로 이용한 부분 116,870㎡는 고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산에 해당하지만 농지로 사용한 별지 표 '과세 면적(㎡)'란 기재 부분(합계 94,478㎡, 이하 '이 사건 쟁점토지'라 한다)은 고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산에 해당하지 않는다고 보아 이 사건 쟁점토지의 처분으로 인하여 생기는 수입은 법인세법 제3조에서 정하는 법인세 부과대상인 소득에 해당된다는 이유로 2016. 12. 1. 원고 종중에게 2014 사업연도 법인세 477,986,090원을 경정ㆍ고지하였다(이하'이 사건 처분'이라 한다).

다. 전심절차

원고 종중은 이에 불복하여 2017. 3. 8. 조세심판원에 심판을 청구하였고, 조세심판원은 2017. 11. 10. 원고 종중의 심판청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제3호증의 1 내지 41, 갑 제4호증, 갑 제5호증의 1, 2,을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 종중의 주장

1) 주위적 주장

원고 종중은 이 사건 토지 중 임야에 원고 종중원들의 분묘를 설치하여 그 분묘의 기지 등으로 이용하여 왔고, 이 사건 토지 중 전답은 오래 전부터 최C 등 종중원 등에게 경작하게 한 후 사용료(도조)를 받아 조상의 분묘의 수호와 관리, 시제봉향, 종중재산의 관리를 위한 비용을 충당하는 위토답으로 이용하여 왔다. 따라서 이 사건 쟁점토지는 위토로 고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산에 해당하여 이 사건 쟁점토지의 처분으로 인하여 생기는 수입은 법인세 부과대상인 소득에 해당한다고 할 수 없으므로 이 사건 처분은 위법하다.

2) 예비적 주장

피고는 이 사건 토지 중 지목이 임야인 토지 일부(별지 표 순번 38 익산시 YY면 KK리 산 88 임야 69,702㎡ 중 11,250㎡, 순번 39 같은 리 산 88-9 임야 60,671㎡ 중 29,796㎡ 합계 41,046㎡) 및 이 사건 토지 중 지목이 전답인 토지 전부(53,432㎡)를 고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산에 해당하지 않는다고 보았다. 그런데 위임야 부분은 개간하여 농지로 사용하였으나 지목은 임야로 종중원들 분묘의 기지로 사용할 수 있는 상태였으므로 고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로 보아야 하고, 이 사건 토지 중 지목이 전답인 토지 중 일부(같은 리 583-3 등 12필지 8,813㎡)에 관하여는 경작 여부에 관하여 확인하지 않은 채 지목이 전 또는 답이라는 이유만으로 과세대상으로 보았으므로 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 주위적 주장에 관한 판단

가) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조).

법인세법 제3조 제3항 제5호는 비영리내국법인의 수익사업 중 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입을 원칙적으로 법인세 부과대상으로 하되, 예외적으로 고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 비과세대상으로 한다. 그리고 구 법인세법 시행령(2017. 2. 3. 대통령령 제27828호로 개정되기 전의것, 이하 같다) 제2조 제2항은 법인세 부과대상에서 제외되는 '고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산'은 '해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 것을 말한다'고 규정하고 있다. 이는 비영리법인이라도 보유하고 있는 고정자산을 처분함으로써 수입이 생길 경우 이를 수익사업에서 생기는 과세대상 소득으로 하는 것을 원칙으로 하되, 고정자산의 처분일을 기준으로 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용하였다면 비영리법인의 목적을 고려하여 예외적으로 비과세대상으로 하겠다는 취지이다.

위 각 규정의 문언 및 취지를 앞서 본 법리에 비추어 보면 법인세법 제3조제3항 제5호의 '고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산'은 고정자산의 사용용도가 법령 또는 정관에 정한 비영리법인의 목적사업 자체에 직접 사용되는 경우만을 의미하고 고정자산의 사용으로 얻은 수익이 비영리법인의 목적사업에 사용되었다고 하더라도 그와 같이 간접 사용한 경우는 포함하지 않는 것으로 보아야 할 것이다.

나) 앞서 든 증거, 갑 제2호증의 1, 2, 갑 제6호증의 2, 5, 7 내지 10, 11, 12, 을 제2 내지 4, 7호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고 종중은 JJ씨시조의 14세손인 JJ공 응백을 시조로 하는 종중으로, 그 정관에서 선조의 향사 봉향 및 선영수호(종중 산림위토 보전 관리), 숭조 애족정신의 함양, 선조 유족 보존 및 유덕선양, 후손들의 육영과 노인들의 복지사업(장학재산 및 노인복지), 충훈 효열 선행자 발굴 표창을 수행함을 목적으로 한다고 정하고 있는 사실, 원고 종중은 종중원, 배우자, 처남, 사위, 관리인, 대리인 등에게 200평당 연 5만 원의 차임을 받고 이 사건쟁점토지를 임대하여 2008년부터 2013년까지 매년 200만 원 내지 600만 원의 차임을 받은 사실, 임차인들은 이 사건 쟁점토지에서 인삼, 채소, 감나무 등을 경작하던 중 이 사건 쟁점토지가 수용되자 한국토지주택공사로부터 농업손실에 관한 보상금을 받은 사실 등을 인정할 수 있는바, 원고 종중은 선조의 분묘 수호 및 봉제사와 후손 상호간의 친목 등을 고유목적사업으로 할 뿐 농업 또는 임대업은 고유목적사업에 포함되지 않고, 종중원이 이 사건 쟁점토지를 직접 경작하고 그 수확한 농산물을 제사에 사용하는 경우와는 달리 원고 종중의 종중원에게 이 사건 쟁점토지를 경작하게 하면서 사용료를 받아 원고 종중의 고유목적사업을 수행하는 데 필요한 비용으로 전부 충당하였다고 하더라도 이는 원고 종중의 고유목적사업 수행에 간접적으로 기여한 것에 불과할 뿐 농지의 임대가 원고 종중의 고유목적사업에 포함되지 않는 이상 임대로 인하여 얻은 수입이 매년 200만 원 내지 400만 원에 불과하다고 하더라도 이 사건 쟁점토지가 원고종중의 고유목적사업에 직접 사용되었다고 할 수 없다.

이와 달리 원고 종중의 주장과 같이 고유목적사업을 수행하는 데 필요한 비용을 충당하기 위한 사업이 고유목적사업에 해당된다면 모든 수익사업을 고유목적사업으로 보는 부당한 결과가 되고, 이는 비영리법인이라도 보유하고 있는 고정자산을 처분함으로써 수입이 발생한 경우 이를 수익사업에서 생기는 과세대상소득으로 취급하는 것을 원칙으로 하되, 고정자산 처분일 기준으로 3년간 고유목적사업에 직접 사용하는 경우에는 예외적으로 비과세대상으로 삼고 있는 법의 취지를 몰각하여 예외적인 감면규정에 해당하는 법인세법 제3조 제3항 제5호, 법인세법 시행령 제2조 제2항을 조세법률주의에 반하여 합리적인 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것으로서 허용될 수 없다.

2) 예비적 주장에 관한 판단

가) 이 사건 쟁점토지 중 지목이 임야인 부분

법인세법 시행령 제2조 제2항은 법인세 부과대상에서 제외되는 고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산은 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 것을 말한다고 규정하고 있음은 앞에서 본 바와 같으므로, 이 사건 쟁점토지의 처분일 기준으로 3년 이상 계속하여 원고 종중의 고유목적사업에 직접 사용하지 않은 이상 이 사건 쟁점토지 중 지목이 임야인 부분이 종중원들 분묘의 기지로 사용할 수 있었다는 사정만으로는 고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로 볼 수 없다. 원고 종중의 위 주장은 이유 없다.

나) 이 사건 쟁점토지 중 지목이 전 또는 답인 부분

앞서 든 증거, 을 제7호증의 기재에 의하면, 한국토지주택공사는 이 사건 토지 중 지목이 전 또는 답인 토지 85,665㎡에 관하여 경작자, 경작물, 경작면적 등을 확인한 후 위 85,665㎡ 전부에 관하여 경작자에게 농업 손실보상금을 지급한 사실을 인정할 수 있는바, 위 토지 중 8,813㎡ 부분을 고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산에 해당하지 않는다고 본 이 사건 처분에 위법이 있다고 할 수 없다. 원고 종중의 위 주장 역시 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고 종중의 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.