2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 이슬람교의 선교 및 선교에 필요한 교육사업 등을 목적으로 하여 1972. 2. 2. 설립된 재단법인이다.

나. 대한민국 정부와 사우디아라비아 정부의 정상회담 결과에 따라, 원고는 대한민국 정부의 지원으로 1980. 7.경 용인시 모현면 초부리 (지번 1 생략) 임야 외 20필지 합계 430,170㎡와 진입로 2.4㎞를 한국이슬람대학 설립을 목적으로 취득하였다.

다. 원고는 1981. 7.경 (구)문화교육부로부터 한국이슬람대학에 대한 설립계획승인을 받았으나, 건축비용을 지원하기로 약속하였던 사우디아라비아 정부가 지원을 이행하지 아니하여 한국이슬람대학의 설립인가신청 기한인 1983. 10. 30.이 경과함으로써 위 설립계획승인이 실효되었다.

라. 원고는 대한민국 정부로부터 기증받았던 위 초부리 임야 중 55,207㎡와 진입로 2.4㎞에 대하여 토지의 원소유주들로부터 반환청구소송을 제기당하여 1995년경 위 토지들을 반환함으로써 나머지 건축부지로 초부리 (지번 1 생략) 임야 외 20필지 합계 374,969㎡(이하 ‘쟁점 토지’)를 보유하게 되었다.

마. 쟁점 토지는 1990. 7. 19.부터 팔당호 상수원 수실보전 특별대책지역으로 편입되었고, 2003. 1. 22. 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 보전녹지지역으로 지정되면서 건축물의 건축이 불가능하게 되었다.

바. 쟁점 토지는 2005. 3.경 산림청 지정고시로 휴양림 조성사업부지로 지정되었고, 용인시는 2005. 9. 16. 원고에게 보상금 13,485,791,500원을 지급하고 쟁점 토지를 협의취득하였다.

사. 원고는 쟁점 토지의 수용보상금을 재원으로 2007. 12. 26. 한국이슬람대학교 설립부지 용도로 경기 연천군 신서면 도신리 (지번 2 생략) 외 26 필지 285,884㎡를 매입하여 취득하였다.

아. 피고는 원고가 쟁점 토지를 용인시에 양도함으로써 발생한 양도차익 11,505,255,900원을 법인세법(2006. 12. 30. 법률 제8141호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제3조 제2항 제5호 에 의한 고정자산의 처분으로 인하여 발생한 수입이라고 보아 2010. 10. 4. 원고에게 2005 사업연도 법인세 4,560,695,600원(신고불성실 가산세 285,879,121원 및 납부불성실 가산세 1,413,386,374원 포함)의 부과처분을 하였다(이하 ‘이 사건 처분’).

자. 원고는 2010. 12. 31. 이 사건 처분에 대하여 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2011. 8. 8. 원고의 심판청구를 기각하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3, 4(가지번호 포함, 이하 같다), 7 내지 9호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 법인세법 시행령(2006. 2. 9. 대통령령 제19328호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2조 제2항 은 문언상 비영리법인이 고정자산을 고유목적사업에 제공하지 못한 이유, 고정자산을 처분하게된 사유 등을 불문하고 처분일 현재 3년간 고유목적사업에 직접 사용하지 아니하였으면 일률적으로 법인세를 과세하도록 규정하고 있어 불합리하므로, 이를 합목적적으로 해석하여 비영리법인이 고유목적 사업에 제공되지 못하였더라도 이에 대하여 정당한 사유가 있으면 고유목적 사업에 사용한 것으로 간주하여 고정자산의 처분으로 인한 수입에 대하여 비과세하여야 한다.

2) 사우디아라비아 정부가 약속한 한국이슬람대학의 건축비 지원을 이행하지 아니하였던 점, 원고가 대한민국 정부와 사우디아라비아 정부의 합의를 무시한 채 독자적으로 다른 고유목적사업을 위하여 쟁점 토지를 사용할 수도 없었던 점, 이후 쟁점 토지에 대한 법령상 제한으로 건축 자체가 불가능한 상태에서 원고의 의사와 무관하게 토지수용권자인 용인시에게 쟁점 토지를 이전할 수밖에 없었던 점 등의 제반 사정을 고려할 때, 원고가 쟁점 토지를 고유목적 사업에 사용하지 못한 것에 대하여 정당한 사유가 존재한다. 따라서 쟁점 토지의 처분으로 인한 수입은 법인세법 시행령 제2조 제2항 소정의 비과세대상이 된다.

3) 설령, 원고에게 법인세 납부의무가 있다고 하더라도, 원고가 가산세를 신고·납부하지 아니한 점에 정당한 사유가 있으므로, 가산세 부과처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 법인세 본세에 대하여

‘정당한 사유’가 법인세법 시행령 제2조 제2항 의 판단기준이 되는지 여부에 관하여 살펴본다. 법인세법 제3조 제2항 제5호 에 의하면, 비영리내국법인의 과세대상이 되는 수익사업 중 하나로 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입을 원칙적인 과세대상으로 정하되, 고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 예외적인 비과세대상으로 삼고 있다. 법인세법 시행령 제2조 제2항 은 이를 받아 ‘고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 자산’일 경우 그 처분수입에 대하여 비과세대상으로 규정하고 있다. 이와 같이 법문 자체가 비영리법인이 고유목적사업에 직접 사용하지 못한 데 대하여 정당한 사유가 있는지 여부에 따라 달리 본다는 규정을 두고 있지 아니하므로 정당한 사유 유무를 법인세법 시행령 제2조 제2항 의 적용기준으로 삼기는 어려운 점( 대법원 2006. 7. 27. 선고 2005두14370 판결 참조), 비영리법인이라도 보유하고 있는 고정자산을 처분함으로써 수입이 발생할 경우 이를 수익사업에서 생기는 과세대상 소득으로 취급하는 것을 원칙으로 하되, 고정자산의 처분일을 기준으로 3년간 고유목적사업에 직접 사용하였다는 객관적인 사실관계가 인정된다면 비영리법인의 활동목적을 존중하여 예외적으로 비과세대상으로 삼겠다는 것이 관계 법령의 취지이고, 이와 같은 예외적 감면규정은 엄격하게 해석하여야 할 것으로 보이는 점 주1) , 모든 비과세·감면규정의 적용을 결정함에 있어 법문에 규정되어 있지 않더라도 그 요건을 충족하지 못한 것에 정당한 사유가 있는지를 별도로 심사하여 과세대상 여부를 판정하여야 한다고 볼 수는 없는 주2) 점 등을 종합하여 보면, 법인세법 시행령 제2조 제2항 의 적용 유무를 결정함에 있어 그와 같은 요건을 충족하지 못한 것에 정당한 사유가 있는지 여부를 고려하여야 한다고 볼 수 없다. 따라서 원고가 쟁점 토지를 고유목적사업에 사용하지 못한 것에 정당한 사유가 있다는 나머지 주장에 대하여 더 나아가 판단할 필요 없이 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2) 가산세에 대하여

법인세법상 신고불성실가산세 및 납부불성실가산세는 과세의 적정을 기하기 위하여 납세의무자인 법인으로 하여금 성실한 과세표준의 신고 및 세액의 납부를 의무지우고 이를 확보하기 위하여 그 의무이행을 게을리 하였을 때 가해지는 일종의 행정상의 제재라고 할 것이고, 이와 같은 제재는 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 의의로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 과할 수 없다( 대법원 2002. 8. 23. 선고 2002두66 판결 등 참조).

원고가 쟁점 토지를 양도하여 양도차익을 실현하였음에도 이로 인한 법인세를 신고·납부하지 아니한 것은 법인세법 시행령 제2조 제2항 에 대한 법률적 부지나 오해에 불과한 것으로 보이므로(당시 과세관청의 유권해석도 과세대상이라는 견해를 표명하고 있었다), 그 의무이행을 게을리한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

[별지 관계 법령 생략]

판사 이인형(재판장) 정재희 손철

주1) 원고는, 법인세법 시행령 제2조 제2항에 문언 해석에 의할 때, 고정자산을 취득한 이래 고유목적사업에 계속 사용하다가, 수용 등 비자발적 사유로 3년의 기간을 채우지 못하고 처분하는 경우에도 비과세혜택을 부인하여야 하는 불합리한 결과를 초래하는 점, 취득 후 내내 고유목적사업과 무관하게 사용하다가 처분일을 기준으로 3년간만 고유목적사업에 사용하면 오히려 비과세혜택을 인정하여야 하는 불합리한 점이 있다고 주장한다. 그러나 고정자산의 처분시점을 기준으로 3년간 고유목적사업에 사용되었는지 유무를 비과세기준으로 삼은 것은 해당 자산이 처분되는 시점을 기준으로 그 자산의 속성이 어떠한 것이었는지를 3년이라는 기간 범주 내에서 관찰하여 객관적으로 판정하기 위한 것이므로, 일정한 범위에서 획일적인 적용이 불가피한 점, 위 시행령 규정이 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 범위를 정함에 있어 법인세가 면제되는 것이 정당하다고 보여지는 모든 경우를 망라하지 못하고 있다고 하더라도 그것이 입법작용에 통상 수반될 수밖에 없는 재량영역 내에 있다면 상위법령 혹은 평등의 원칙에 반하여 무효라고 볼 수는 없는 점 등에 비추어, 위 시행령 조항을 위헌이거나 위법하다고 보기는 어렵다.

주2) 원고는 공장 이전과 관련한 양도소득세의 감면과 추징에 관한 대법원 1994. 9. 13. 선고 94누4141 판결, 자산재평가를 한 법인이 법령이 정한 기한 내에 주식을 상장하지 못한 경우 재평가차액에 대한 법인세를 과세할 경우 정당한 사유를 고려하여야 한다는 대법원 2011. 4. 18. 선고 2009두3842 판결 등을 들면서 명시적 규정이 없어도 법인세법 시행령 제2조 제2항을 적용함에 있어 정당한 사유 유무를 판단기준으로 삼아야 한다고 주장한다. 그러나 원고가 주장하는 사례들은 장래 일정기간 해당 요건을 충족할 것을 전제로 먼저 감면을 해주었다가 장래에 그러한 요건을 충족하지 못하였다는 납세의무자의 행태에 초점을 맞추어 사후에 기득권을 박탈하고 과세로 전환하는 것과 관련된 사례들이므로, 납세의무자의 장래의 행태와 관계 없이 과거 일정 기간 동안 해당 자산의 사용 형태를 객관적 판정기준으로 삼아 과세대상 유무를 정하는 위 법인세법 시행령 규정은 이와 동일하게 보기 어렵다.

심급 사건

본문참조판례

본문참조조문