가. 원고는 2010. 11. 5. 설립되어 보습학원업, 입시학원업 등을 영위하는 법인이고, B은 원고의 대표이사이다.

나. 중부지방국세청장은 2014. 3. 11.부터 2014. 4. 19.까지 원고에 대한 법인세 통합조사를 실시한 결과, 원고가 2011년 및 2012년 법인세 신고 시 2011년 1,091,000,000원, 2012년 1,029,000,000원의 현금매출 및 신용카드매출을 누락한 사실을 확인한 후 2011년 1,091,000,000원, 2012년 1,029,000,000원을 각 익금산입 및 대표이사 B에 대한 상여로 소득처분하고, 원고의 법인세 신고금액과 원고가 보관 중이던 장부상 수입금액과의 차액 2011년 447,000,000원, 2012년 389,000,000원을 각 손금산입하며, 장부상 비용보다 과대계상한 비용 등을 손금불산입하는 내용의 법인세 경정결의서(안)를 피고에게 통보하였다.

다. 이에 따라 피고는 2014. 6. 2. 원고에게 2011 사업연도 법인세 293,570,230원, 2012 사업연도 법인세 193,352,120원을 경정고지하고(이하 ‘이 사건 당초 법인세 부과처분’이라고 한다), 2011년 1,091,407,528원, 2012년 1,029,407,006원은 대표이사 B에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였다

(이하 ‘이 사건 당초 소득금액변동통지’라고 한다). 라.

원고는 이의신청을 거쳐 2014. 12. 31. 국세청장에게 심사청구를 하였고, 국세청장은 2015. 12. 30. “매출누락액 중 신용카드지급수수료에 해당하는 2011 사업연도 22,929,274원 및 2012 사업연도 93,780,800원을 대표자 상여처분 금액에서 차감하여 소득금액변동통지하고, 나머지 청구는 이를 기각합니다.”라는 결정을 하였다.

마. 이에 피고는 위 결정의 취지에 따라 2012 사업연도 법인세 중 매점 부분 매출이 중복으로 계상되었던 것을 직권시정하여 11,201,831원을 감액경정하고 이 사건 당초 법인세 부과처분 중...