가. 원고는 2006. 1. 10.경부터 2008. 12. 26.경까지 B 주식회사(이하 ‘이 사건 회사’라고 한다)의 이사로, 2006. 1. 10.경부터 2007. 4. 2.까지 이 사건 회사의 대표이사로 각 등재되어 있었다.

나. 서초세무서장은 2009. 3. 23.부터 2009. 4. 27.까지 이 사건 회사에 대한 세무조사를 실시하여, 이 사건 회사가 2006년 제1기 부가가치세 과세기간에 주식회사 디엔이앤씨(이하 ‘디엔이앤씨’라고 한다)로부터 실물거래 없이 1,791,460,000원의 세금계산서(이하 ‘이 사건 세금계산서’라고 한다)를 수취하였다는 이유로 매입세액 공제를 부인하고 손금불산입하여 부가가치세 및 법인세를 부과하는 한편, 사외유출된 1,791,460,000원의 귀속이 불분명한 것으로 보아 당시 이 사건 회사의 대표이사로 등재된 원고와 C에게 각 895,730,000원씩 상여로 소득처분하였다.

다. 이에 대한 C의 과세전적부심사청구에 따라 서초세무서장은 2011. 9. 8.부터 2011. 10. 17.까지 사외유출금액의 실지 귀속자에 대한 재조사를 실시하여, “이 사건 회사가 2006년 3월경 실시한 유상증자에서 실권주가 발생하자 이 사건 회사의 임원인 원고, D, E, F(이하 ‘원고 등 4인’이라 한다)이 위 실권주 인수에 필요한 자금 1,791,460,000원을 일시적으로 차입하여 2006. 3. 16. 아래 표 기재와 같이 실권주를 배정받았고, 이후 2006년 제1기 부가가치세 과세기간에 디엔이앤씨로부터 실물거래 없이 1,791,460,000원 상당의 장비를 매입하였다고 허위로 장부에 계상함으로써 조성된 자금 1,791,460,000원을 실권주 납입대금 명목으로 차입한 금원을 변제하는데 사용함으로써 그 돈이 사외로 유출되어 원고 등 4인에게 각 해당 주식인수 금액만큼 귀속되었다”고 판단하여 구 법인세법 2007. 12. 31. 법률 제8831호로...

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