구 조세특례제한법(2003. 12. 30. 법률 제7003호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정전 법’이라 한다) 제10조 제1항 은 내국인이 2003년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 대통령령이 정하는 연구 및 인력개발을 위한 비용(이하 ‘연구비 등’이라 한다)이 있는 경우에는 ① 당해 과세연도에 발생한 연구비 등이 당해 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구비 등의 연평균 발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업은 100분의 50)에 상당하는 금액과 ② 당해 과세연도에 발생한 연구비 등에 100분의 15를 곱하여 계산한 금액 중 하나를 선택하여 세액공제를 적용받을 수 있다고 규정하고 있고, 제132조 제1항 제3호 는 최저한세의 적용대상으로 ‘ 제10조 의 규정에 의한 세액공제금액’을 규정하고 있으며, 제144조 제1항 은 제10조 의 규정에 의하여 공제할 세액 중 당해 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제132조 의 규정에 의한 최저한세의 적용으로 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 당해 과세연도의 다음 과세연도의 개시일부터 7년 이내에 종료하는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도에 세액공제를 한다고 규정하고 있다.

한편, 2003. 12. 30. 법률 제7003호로 개정되어 2004. 1. 1.부터 시행된 구 조세특례제한법(이하 ‘개정법’이라 한다) 제132조 제1항 제3호 는 최저한세의 적용대상으로 ‘ 제10조 (중소기업이 아닌 자의 당해 과세연도 세액공제대상금액에서 대통령령이 정하는 석사 및 박사의 인건비로 발생한 금액이 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액을 차감한 금액에 한한다)의 규정에 의한 세액공제금액’을 규정하여 중소기업의 연구비 등은 최저한세의 적용대상에서 제외하였고, 개정법 부칙 제2조 제1항은 법인세에 관한 개정규정은 개정법 시행 후 개시하는 과세연도분부터 적용한다고 규정하고 있다.

위 각 규정의 내용과 입법취지 및 개정경위 등을 종합하여 보면, 개정법 시행 후 개시하는 과세연도로 이월되어 온 이월세액공제액이 그 과세연도에 최저한세의 적용대상이 되는지 여부는 그 과세연도의 법인세에 관한 것으로서 개정법 부칙 제2조 제1항의 규정에 따라 그 과세연도분 법인세부터 적용되는 개정법 제132조 제1항 의 규정에 의하여 결정되어야 하고, 따라서 그 이월세액공제액이 중소기업의 것인 경우에는 최저한세의 적용을 받지 않아 그 과세연도에 납부할 법인세액의 범위 내에서 전액 공제된다고 할 것이다.

원심판결 이유에 의하면, 원심은 채용 증거를 종합하여 그 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 개정전 법 제10조 에서 중소기업의 연구비 등에 대한 세액공제를 허용하되, 각종 감면규정의 복합적인 적용으로 조세 부담이 지나치게 낮아지는 것을 방지하기 위하여 일정수준까지는 조세부담을 지우고자 하는 목적에서 개정전 법 제132조 에서 최저한세의 적용에 관하여 규정하고 있고, 다만, 최저한세의 적용으로 연구비 등의 세액공제를 받지 못하는 납세자를 구제하기 위하여 개정전 법 제144조 에서 최저한세의 적용으로 공제받지 못한 부분은 7년 이내에 종료하는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 법인세에서 공제할 수 있도록 규정하고 있는 점, 개정법 제132조 제1항 제3호 와 그 부칙 규정에 의하면 중소기업의 경우 개정법이 시행된 이후로는 개정법 제10조 의 규정에 의한 세액공제금액이 최저한세의 적용대상에서 제외되는 점, 개정전 법 및 개정법 제132조 제1항 제3호 에서 연구비 등의 세액공제금액에 대한 최저한세의 적용 여부에 관하여 당해 연도에 발생한 것과 이월되어 온 것을 따로 구분하여 규정하고 있지 않은 점, 피고가 처분의 근거규정으로 들고 있는 개정법 부칙 제42조는 제132조 의 개정규정이 아닌 이월공제의 허용 여부와 그 허용기간에 관한 제144조 제1항 의 개정규정에 관련된 경과규정인 점에 비추어, 중소기업인 원고의 이 사건 이월세액공제액은 개정법 시행 후 개시한 2004 과세연도부터는 최저한세의 제한을 받지 않는다고 판단하였다.

앞서 본 각 법리와 관계 법령 및 기록에 비추어 살펴보면 이러한 원심의 판단은 정당하고, 거기에 상고이유에서 주장하는 바와 같은 법리오해 등의 위법이 없다.

그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.