가. 주식회사 A(이하 ‘A’이라 한다)은 2010년 1기분 부가가치세 확정신고를 앞둔 상황에서, 2010. 7. 21. 원고와 사이에 위 확정신고에 따라 A이 환급받게 될 국세환급금에 관한 채권을 원고에게 양도하기로 하는 계약을 체결하였다.

나. A은 2010. 7. 21. 피고 산하 수원세무서장에게 ‘매출세액 0원, 매입세액 925,900,000원, 환급세액 925,900,000원’을 2010년 1기분 부가가치세로 확정신고한 다음, 같은 날 피고에게 확정일자 있는 채권양도통지를 하는 한편, 수원세무서장에게 위 환급세액 925,900,000원에 관한 국세환급금 양도요구서를 제출하였다.

다. A의 양도요구가 있었음에도 수원세무서장이 원고에게 국세환급금을 지급하지 않자, 원고는 2011. 2. 8.경 수원세무서장에게 국세환급금결정 결과를 통지하여 달라고 요청하였고, 이에 수원세무서장은 2011. 2. 17.경 원고에게 A의 2010년 1기분 부가가치세에 관한 세무조사 결과, 고지금액이 발생하여 원고에게 양도될 환급세액이 없다는 취지로 통지하였다. 라.

수원세무서장은 2011. 3. 3. A의 2010년 1기분 부가가치세에 대해서, 비록 주식회사 B(이하 ‘B’라고 한다)가 수취하였으나 원래는 A이 수취하였어야 할 매입세금계산서(공급가액 : -5,873,878,963원)의 매입세액 상당액을 공제받을 매입세액에서 차감해야 한다고 보아 A이 매입세액으로 신고한 총 931,900,000원 A이 2010년 제1기 부가가치세의 예정신고시 신고한 매입세액 6,000,000원과 확정신고시 신고한 매입세액 925,900,000원을 합산한 금액이다.

중 587,387,897원을 매입세액으로 인정하지 아니하여 2010년 1기분 부가가치세 본세에 대한 환급세액을 344,512,103원[(931,900,000원 - 587,387,897원) - 매출세액 0원]으로 산출하고, 세금계산서 가공ㆍ위장ㆍ미발급...