가.청구법인은 2011.7.1. OOO유한회사로부터 OOO를 취득하고, 이 건 토지의 시가표준액 OOO을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 OOO, 농어촌특별세 OOO, 지방교육세 OOO, 합계 OOO을 신고납부하였다.

나. 청구법인은 2012.5.11. 처분청에 이 건 토지의 취득세 등의 과세표준은 청구법인의 장부에 의하여 입증되는 이 건 토지의 취득가액인 OOO이 되어야 함을 이유로 경정청구를 하였고, 처분청은 청구인의 법인장부가액은 사실상 취득가액을 반영하고 있지 않다는등의 사유로 2012.6.28. 청구법인의 경정청구를 거부하는 처분을 하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.9.24. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 이 건 토지에 대한 취득세 등을 신고하면서 법인장부가를 취득세 등의 과세표준으로 하여 취득세 등을 신고납부하고자 하였으나, 처분청이 시가표준액을 과세표준으로 하지 아니하면 취득세 납부서를 발급해 줄 수 없다고 함에 따라 시가표준액을 과세표준으로 하여 취득세 등을 신고납부한 것이고, 청구법인은 OOO(주)와의 신탁담보부 대출약정에 의한 차입금으로 잔금을 지급해야 했으며, 잔금지급과 동시에 소유권이전등기 및 신탁등기를 완료해야 하는 상황이었고, 취득세 납부 영수증이 있어야 소유권이전등기가 가능한 현 등기절차상 더 이상 처분청과 다툴 수가 없어서 처분청이 주장하는 시가표준액을 과세표준으로 하여 취득세 등을 신고납부할 수 밖에 없었다.

(2) 이 건 토지의 거래는 매매계약서, 계약양수도계약서, 법인장부(토지계정원장, 회계전표, 계좌이체내역) 등에 의하여 취득가격이 입증되는 경우이므로 공시지가와 관련 없이 실제 취득가액을 취득세의 과세표준으로 하여야 하고, 청구법인은 매도자인 OOO유한회사와 특수관계가 없는 타인으로 매도자가 특별히 낮은 가액으로 매각할 이유가 없으며, 이 건 토지의 거래가격은 부동산 시장에서 정상적으로 거래한 시가임이 분명하고, 관련예규 및 판례에서도 특별히 그 취득가액을 조작하였다고 인정되지 않는 한 법인장부가액이 취득세 과세표준이 되어야 하므로 이 건 토지의 취득세 등의 과세표준은 공시지가가 아닌 법인장부상 취득가액인 OOO이 과세표준이 되어야 한다

(3) 이 건 토지의 취득세 등의 과세표준을 결정함에 있어 토지거래 계약상 미화유치 의무 미이행에 따른 위약금 조건(건설완료시까지 미화 OOO를 조달하지 못할 경우 미조달된 금액의 10%를 매도자에게 지급하여야 하는 조건)이 있다고 하여 시가표준액이 과세표준이 되어야 한다는 것은 부당하고, 위약금은 지방세법 규정 및 판례에 의해 취득세 과세표준에 포함될 수 없으며, 이로 인해 법인장부가액이 정당하지 않다고 하는 처분청의 견해는 부당하며, 만약 위약금이 취득세 과세표준에 포함된다 하더라도 신고납부 당시에는 부득이하게 과세표준 및 세액을 정확하게 계산할 수 없었고, 향후 건설완료시 미화OOO가 조달되지 못하는 경우에는 지방세기본법 제50조에서 규정하고 있는 수정신고 대상이 되므로 수정신고대상인 위약금으로 인하여 취득세 신고 당시의 법인장부가액이 정당하지 않다고 하는 것은 부당하다.

(4) 「공인중개사의 업무 및 부동산거래신고에 관한 법률」에 따른 검증은 조작되지 않은 법인장부에 의해 사실상 취득가액이 입증되는 청구법인에게는 적용될 여지가 없고, 이 건 토지의 취득과 관련하여 동법의 규정에 의해 하한 미달의 부적정 판결이 있다고 하여 이 건 토지의 취득가액이 정당하지 않다고 하는 처분청의 견해는 부당하다

나. 처분청 의견

(1)법인의 장부가액을 사실상의 취득가액으로 보고 이를 과세표준으로 한 취지는 객관화된 조직체로서 거래가액을 조작할 염려가 적은 법인의 장부가액은 특별히 취득가액을 조작하였다고 인정되지 않는 한 원칙적으로 실제의 취득가격에 부합하는 것으로 볼 수 있는 신빙성이 있음을 전제로 하는 것이므로법인의 장부가액이 사실상의 취득가격에 부합되는지 여부에 관계없이 무조건 법인의 장부가액을 취득세와 등록세의 과세표준으로하여야 하는 것은 아니다OOO.

(2) 이 건의 경우 매매계약서 6.2(a)는 청구법인의 의무이행사항으로써 최소 미화 OOO를 조달할 것을 규정하고 있고, 9.2(e)(ⅱ)에 따르면 위의 의무사항을 이행하지 않을 경우 미조달된 외국인투자금액의 십퍼센트(10%)를 OOO유한회사에게 지급해야 한다고 규정하고 있는 바, 이 지급의무 자체는 과세대상 물건인 이 건 토지의 취득시기 이전에 그 지급원인이 발생하였다고 볼 수 있고, 위 지급의무가 이 건 부동산이 아닌 다른 물건이나 권리에 관하여 지급된 것이라고 볼 수도 없으며, 이러한 형태의 계약 조건은 이 건 부동산 취득과 관련하여 토지 취득시기 이후에 반드시 이행해야만 하는 조건부매매계약의 일종으로, 이러한 의무조항으로 인하여 공시지가 보다 훨씬 낮은 가격으로 매매가 이루어진 사실로 미루어 볼 때 이러한 매매형태는 지방세법 제10조 제5항 제3호에 열거된 사실상 취득가액에 의할 수 있는 제한적·한정적 요건을 갖추지 못하고 있다OOO.

(3) 이 건 토지의 매매가액은 시가표준액 OOO의 26.3%에 불과하고, 처분청에서 그 거래가액을 검증한 결과 비교가 OOO에 비하여 80.17%가 낮아 하한미달 부적정으로 판정되었으므로, 청구법인의 매매가액을 근거로 작성된 장부가액은 지방세법에서 규정한 사실상의 취득가격에 부합한다고 할 수 없다.

(4) 청구법인은 매매계약서 6.2(a)와 매매계약서 9.2(e)(ii) 관련 의무불이행에 따른 ‘위약금’ 부분이 지방세기본법 제50조의 규정에 의한 수정신고대상에 해당된다고 주장하고 있지만 이 조항은 법인장부가액을 사실상 취득가액으로 인정하지 않고 지방세법 제10조 제2항의 단서에 따라 시가표준액을 과세표준으로 하는 경우에는 적용될 수 없으므로 청구법인의 의무불이행에 따른 ‘위약금’ 부분이 수정신고사유에 해당함을 전제로 하는 청구인의 주장도 타당하지 아니한다OOO.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구법인이 취득한 이 건 토지의 취득세 등의 과세표준이 시가표준액인지 법인장부상 나타나는 사실상의 취득가격인지 여부

나. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 아래의 사실이 확인된다.

(가) OOO유한회사와 OOO(주)간 2010.11.12. 체결된 매매계약서에 의하면 청구법인은 이 건 토지를 OOO에 취득하기로 하는 계약을 체결했고, 계약서 6.2 롯데의 확약 규정에 의하면 롯데는 본 계약에 의하여 OOO유한회사에 다음과 같이 합의하고 확약한다고 규정하면서 (a)에서 OOO가 매매목적물을 시행법인을 통해 매수하기로 결정한 경우 본 계약 체결 후 가능한 빠른 시일 내, 그러나 매매완결일로부터 늦어도 10영업일 이전에, 롯데는 시행법인의 설립을 완료한다. 본 사업의 건설이 완료되기 전까지, OOO는 최소 미화 OOO를 시행법인 또는 본 사업에 투자될 외자로 조달하거나, 시행법인으로 하여금 조달하도록 해야한다고 규정하고 있고, 계약서 9.2. (e)책임 (ⅱ) 규정에 의하면 본 계약상 다른 어떠한 조항에도 불구하고, OOO가 제6.2(a)조에 따라 외국인투자를 조달하지 못하는 것은 어떠한 경우에도 본 계약상 확약위반으로 간주되지 않으며, 다만 본 조항에 따른 OOO의 의무불이행에 대한 OOO유한회사의 배타적이고 유일한 구제방안으로서 OOO는 미조달된 외국인투자금액의 십퍼센트(10%)에 해당하는 금액OOO을 지급해야 한다고 규정하고 있다.

(나) 양도인 OOO(주)와 양수인 청구법인간 2011.6.29. 체결된 계약양수도계약서에 의하면 양도인은 2010.11.12. OOO유한회사와 매매계약서를 체결하였고, 양도인과 양수인은 매매계약서상 양도인의 계약상 지위를 양수인에게 이전시키기로 합의하였으며, 이에 당사자들은 아래와 같이 약정한다고 기재되어 있고, 양수도계약서 제3조의 규정에 의하면 양수인은 이 계약서에 따른 대상매매계약서, FI매매계약서 및 BOAT계약서상 각 양도인의 모든 권리, 의무 및 지위이전에 대한 대가를 양도인에게 지급한다. 양도인은 대상매매계약서 및 FI매매계약서에 따른 거래종결일에 금OOO을 지급하기로 하며, 양도인과 양수인이 합의하는 바에 따라 나머지 금원은 2011.8.31.까지 지급, 정산하는 것으로 한다고 규정하고 있다.

(다) OOO유한회사 등 3개회사가 2011.6.30. 청구법인 및 OOO(주) 앞으로 보낸 동의서에 의하면 당사는 이 동의서의 작성 및 제출로서 계약양수도계약서에 따라 대상매매계약서 등의 각 양도인의 제반 권리의무 및 계약상의 지위가 양수인에게 이전되는 것에 이의 없이 동의합니다라고 기재되어 있다.

(라) 청구법인은 2011.7.1. OOO유한회사로부터 이 건 토지를 취득하고, 이 건 토지의 시가표준액 OOO을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 등 OOO을 신고납부하였다.

(마) OOO 등기과에서 2012.1.31. 열람한 이 건 토지의 등기사항전부증명서에 의하면 이 건 토지는 2011.11.12. 매매을 원인으로 2011.7.1. 청구법인 명의로 이전등기 되었고, 2011.7.1. 신탁을 원인으로 2011.7.1. OOO(주) 명의로 이전등기된 것으로 기록되어 있다.

(바) 위탁자 청구법인과 수탁자 OOO(주)은 2011.7.1. 이 건 토지에 대한 부동산담보신탁계약을 체결하였다.

(사) 청구법인이 OOO은행에 보낸 인출요청서에 의하면 이 인출요청서는 2011.7.1. 금 OOO을 대출한도로 하여 청구법인과 OOO은행사이에 체결된 대출협약서 제6조에 관한 것이고, 차주는 이 인출요청서에 의하여 귀행이 2011.7.1. OOO의 대출을 실행해 줄 것을 요청하며, 대출이 실행되는 모든 금액은 주식회사 OOO에 차주 명의로 개설되어 있는 대출금입금계좌로 이체하여 주시기 바랍니다라고 기재되어 있다.

(아) 청구법인과 OOO(주)간 2011.12.8. 체결된 양수도대금합의서에 의하면 청구법인과 OOO(주)간 2011.6.29. 체결된 계약양수도계약에 따라 청구법인이 OOO(주)에 지급하여야 하는 양수도 대가는 합계금 OOO으로 확정하기로 합의하고, 제1항의 양수도 대가 합계금은 OOO(주)가 청구법인에게 제출한 계산내역에 의하여 합의된 다음과 같은 항목의 금액으로 구성되며, 그 세부내용은 OOO(주)의 기납부 계약금 및 중도금 합계액 및 가등기 관련 제세공과금 OOO, 회사설립비용 대납액 OOO, 기 납부 계약금 및 중도금 등의 금융비용 OOO, 주간사 수수료 OOO으로 기재되어 있고, 청구법인은 이 합의서 체결일로부터 1개월 이내에 양수도 대가 합계액에서 청구법인이 2011.7.1. 지급한 OOO을 차감한 잔액을 OOO(주)에 지급한다고 기재되어 있다.

(자) 청구법인의 정산표에 의하면 청구법인은 2011.3.23. 설립되었고, 2011.12.31. 현재 청구법인의 유형자산 중 토지는 OOO으로 기재되어 있다.

(차) 청구법인의 토지계정원장은 다음의 <표 1>과 기재되어 있다.

OOO

(카) 청구법인과 OOO유한회사 및 OOO(주)간 2011.7.1. 체결된 매매종결합의서에 의하면 청구법인이 매매계약 제3.2조 (c)항에 따라 매매완결일에 OOO유한회사에 지급하여야 할 금액은 OOO 및 부가가치세 OOO 합계 OOO임을 확인한다고 기재되어 있다.

(타) OOO가 2011.7.1. 발행한 영수증에 의하면 청구법인은 2011.7.1. OOO유한회사에게 OOO부지 매입대금 등으로 OOO을 이체한 것으로 기재되어 있다.

(파) 처분청이 제출한 부동산거래진단 자료에 의하면 청구법인이 OOO를 취득하고 취득가격으로 신고한 가격 OOO은 비교가 OOO에 비해 격차율 -91.72%로 하한미달로 부적정하고, OOO 신고가격 OOO은 비교가 OOO에 비해 격차율 -76.44%로 하한미달로 부적정이라고 기재되어 있다.

(하) 처분청이 제출한 OOO유한회사의 이 건 토지 등의 취득세 신고납부 내용은 다음 <표 2>와 같다

OOO

(거) 처분청이 제출한 OOO유한회사로부터 토지를 취득한 법인의 취득세 등의 과세표준 적용 현황은 다음의 <표 3>과 같다

OOO

(2) 「지방세법」 제10조 제1항의 규정에 의하면 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 하되 다만, 연부(연부)로 취득하는 경우에는 연부금액(매회 사실상 지급되는 금액을 말하며, 취득금액에 포함되는 계약보증금을 포함한다. 이하 이 절에서 같다)으로 하도록 규정하고 있고, 같은 조 제2항의 규정에 의하면 제1항에 따른 취득 당시의 가액은 취득자가 신고한 가액으로 하되 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 제4조에서 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 하도록 규정하고 있으며, 같은 조 제5항의 규정에 의하면 다음 각 호의 취득(증여 · 기부, 그 밖의 무상취득 및 「소득세법」 제101조 제1항 또는 「법인세법」 제52조 제1항에 따른 거래로 인한 취득은 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 한다고 규정하면서 그 제3호에서 판결문·법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득을, 그 제5호에서 「공인중개사의 업무 및 부동산 거래신고에 관한 법률」 제27조에 따른 신고서를 제출하여 같은 법 제28조에 따라 검증이 이루어진 취득을 규정하고 있다.

또한, 「지방세법 시행령」 제18조 제1항의 규정에 의하면 법 제10조 제5항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 취득가격 또는 연부금액은 취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 간접비용의 합계액으로 하도록 규정하면서 그 제1호에서 건설자금에 충당한 차입금의 이자 또는 이와 유사한 금융비용을, 그 제5호에서 취득대금 외에 당사자의 약정에 따른 취득자 조건 부담액과 채무인수액을 규정하고 있다.

아울러, 「지방세법 시행령」 제18조 제3항의 규정에 의하면 법 제10조제5항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호에서 정하는 것을 말한다고 규정하면서 그 제1호에서 판결문은 민사소송 및 행정소송에 의하여 확정된 판결문(화해ㆍ포기ㆍ인낙 또는 의제자백에 의한 것은 제외한다)을 의미하는 것으로, 그 제2호에서 법인장부는 법인이 작성한 원장ㆍ보조장ㆍ출납전표ㆍ결산서를 말하는 것으로 규정하고 있다.

(3) 위 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 쟁점사항에 대하여 살펴보면, 처분청은 청구법인이 취득한 이 건 토지의 취득세 과세표준으로 이 건 토지의 시가표준액이 적용되어야 한다고 주장하고 있으나, ① 「지방세법」 제10조 제5항 제3호의 규정에 의하면 판결문·법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득(증여·기부, 그 밖의 무상취득 및 「소득세법」 제101조 제1항 또는 「법인세법」 제52조 제1항에 따른 거래로 인한 취득은 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 사실상의 취득가격을 취득세 과세표준으로 하도록 규정하고 있는 점, ② 청구법인은 이 건 토지를 특수관계가 전혀 없는 OOO유한회사로부터 취득한 점, ③ 청구법인의 이 건 토지의 취득가격은 청구법인의 장부에 의하여 입증되고 있고, 청구법인의 장부가 조작되었다거나 사실이 아니라는 증거가 없으며, 처분청 공무원도 청구법인의 이 건 토지의 장부가액이 조작되지 않았다는 사실을 인정하고 있는 점 등을 종합하여 볼 때 청구법인은 이 건 토지를 법인인 OOO유한회사로부터 취득하여 이 건 토지의 취득은 법인장부 등에 의거 사실상의 취득가액이 입증되는 취득에 해당되므로 이 건 토지의 취득세 등의 과세표준은 청구법인의 장부에 의하여 입증되는 사실상의 취득가액이 되는 것이 타당한 것으로 판단된다.

또한, 처분청은 청구법인이 이 건 토지를 취득하면서 이 건 토지의 매매계약에 따라 이 건 토지상에 건축물을 완공할 때까지 미화 OOO의 외자를 조달하여야 하고, 외자를 조달하지 못할 경우 미조달된 외국인투자금액의 10%를 OOO유한회사에게 지급해야 하며, 이 건 토지의 취득가격이 개별공시지가에 비해 너무 낮으므로 청구법인의 매매가액을 근거로 작성된 장부가액은 지방세법에서 규정한 사실상의 취득가격에 부합하지 아니한다고 주장하고 있으나, ① 청구법인이 이 건 토지를 취득하면서 이 건 토지상에 건축물의 건설이 완공될 때까지 미화 OOO의 외자를 조달하여야 하고, 조달하지 못한 경우 향후 미조달된 금액의 10%를 매도법인에게 지급하여야 하더라도, 청구법인이 이 건 토지를 취득한 시점에는 미화 OOO의 외자 조달시기가 도래되지 아니하여 위약금을 납부할 의무가 발생하지 아니하였고, 실제로도 지급되지 아니하였으므로 청구법인이 이 위약금을 청구법인의 장부에 이 건 토지의 취득가격으로 기장할 수 없고, 이 위약금을 청구법인의 장부에 기장하지 아니하였다 하여 청구법인의 장부가액이 잘못되었다고 보기는 어려운 점, ② 청구법인의 장부에 기재되어 있는 이 건 토지의 장부가액이 조작되었거나 사실이 아니라는 증거가 없는 한 청구법인의 장부에 기장되어 있는 이 건 토지의 취득가액이 개별공시지가에 비해 낮더라도 청구법인의 법인장부에 기재되어 있는 이 건 토지의 취득가액을 부인할 근거는 없는 점,③ OOO유한회사는 2003.10.30. 이 건 토지가 포함된 326,584.6㎡의 토지를 OOO으로부터 ㎡당 OOO에 취득하였고, 청구법인은 2011.7.1. 이 건 토지를 ㎡당 OOO에 취득한 점 등에 비추어 청구법인이 특수관계가 전혀 없는 OOO유한회사로부터 취득한 이 건 토지의 취득가격이 개별공시지가에 비해 낮다는 이유만으로 정상적인 거래가격이 아니라고 설명될 수 있는 합리적인 이유를 찾아볼 수 없는 점 등을 종합하여 볼 때 청구법인의 장부에 기재되어 있는 이 건 토지의 취득가격이 사실상의 취득가격에 부합되지 않는다는 처분청의 의견은 근거가 없는 것으로 타당하지 아니한 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제123조 제4항과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.