가. 원고는 2010. 6. 7. 설립되어 서울 종로구에서 지은 도ㆍ소매업을 영위하고 있다.

나. 중부지방국세청장은 2012. 9. 11.부터 2013. 5. 31.까지 주식회사 C(원고의 매출처, 이하 ‘C’라 한다)와 주식회사 D(원고의 매입처, 이하 ‘D’라 한다)에 대한 세무조사를 실시하여, ① 원고가 2011년 1기에 C에 교부한 공급가액 합계 397,800,000원의 매출세금계산서(이하 ‘이 사건 매출세금계산서’라 한다)를 실물거래 없이 교부한 세금계산서로 보고, ② 원고가 2011년 1기부터 2011년 2기까지 D로부터 3,667,537,190원(이하 ‘이 사건 매입금액’이라 한다) 상당의 지은을 무자료로 공급받았음에도 세금계산서를 수수하지 않은 것으로 보아, 피고에게 과세자료를 통보하였다.

다. 피고는 그 과세자료를 토대로 2016. 3. 21.부터 2016. 6. 20.까지 원고에 대한 세무조사를 하였다.

피고는 ① 원고가 지은을 타 업체에 매출하고도 C에 판매한 것으로 위장하여 세금계산서를 교부하였다고 보아 세금계산서불성실가산세를 부과하기로 하고, ② D로부터 은 그래뉼(지은을 가공하기 좋게 만든 은 알갱이)을 공급받고도 세금계산서를 수취하지 않은 것으로 보아 매입금액에 동종업종의 매출총이익률(2.11%)을 적용하여, 2016. 6. 15. 원고에게 2011년 1기 부가가치세 81,424,763원, 가산세 59,750,277원을, 2016. 8. 1. 원고에게 2011년 2기 부가가치세 259,022,725원, 가산세 154,118,525원을 부과하였다.

또한 피고는 2016. 7. 29. 원고에게 이 사건 매입금액의 매출누락과 관련하여 소득자를 B(원고의 대표자), 소득종류를 상여, 귀속연도 2011년, 소득금액을 3,744,922,210원으로 하는 소득금액변동통지를 하였다

이하 위 2011년 1기 부가가치세, 가산세 부과처분, 2011년 2기 부가가치세, 가산세...