2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 주택건설 및 분양공급업 등을 목적으로 설립된 회사이다.

나. 원고는 2005. 11. 10.경 AAA와, ○○시 ○○읍 ○○리(이하 '○○리'라 한다) XXX-4 답 950㎡, ○○리 YYY-4 전 79㎡(이하 통틀어 '이 사건 각 토지'라 한다)를 매수하는 내용의 매매계약을 체결하였다.

다. 서울지방국세청장은 2012. 8. 12.부터 2012. 9. 14.까지 원고에 대한 법인세 통합조사를 실시한 결과, 원고가 AAA로부터 이 사건 각 토지를 4억 4,000만 원에 매수하였음에도 16억 4,000만 원에 매수한 것처럼 장부에 계상하였다고 판단하고, 피고에게 과세자료를 통보하였다.

라. 이에 따라 피고는 원고가 과다계상한 이 사건 각 토지의 취득가액 12억 원을2005 사업연도 당시의 대표자에게 상여처분하고, 작업진행률에 따른 2007 사업연도부터 2010 사업연도까지의 분양원가를 손금불산입(유보)하여 2012. 10. 2. 원고에게 2009 사업연도 법인세 869,578,070원을 경정・고지하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

마. 원고는 이에 불복하여 2012. 11. 23. 국세청에 심사청구를 하였으나, 2013. 1. 25. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제1 내지 5호증의 각 기재, 변론전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 2005. 11.경 AAA로부터 이 사건 각 토지를 매수함과 동시에 AAA가 대표이사로 있던 주식회사 ○○개발(이하 '○○개발'이라 한다)로부터 ○○리 ZZZ-6 잡종지 510㎡ 및 그 지상 건물, ○○리 ZZZ-11 잡종지 510㎡ 및 그 지상 건물을 매수하기로 하면서 매매계약서상 매매대금은 이 사건 각 토지의 경우 4억 4,000만원, ○○개발 소유의 위 각 토지 및 지상 건물의 경우 5억 3,000만 원으로 하였다. 다만, 이 사건 각 토지 중 ○○리 XXX-4 답 950㎡와 ○○개발 소유의 위 각 토지는 원고의 아파트 신축분양사업에 매우 중요한 토지로서 이를 확보하지 못할 경우 사업 시행이 어려웠기 때문에, 원고는 AAA의 요구에 따라 어쩔 수 없이 매매계약서상 매매대금 이외에 현금 12억 원을 추가로 지급하기로 하였다. 즉, 원고가 매입한 다른 사업부지의 매수가액은 대체로 평당 150만 원 정도였으나, 원고가 AAA와 ○○개발에 지급한 실제 매매대금은 평당 300만 원이 넘게 되었다. 원고는 대주사인 ○○은행과 시공사인 주식회사 ○○건설(이하 '○○건설'이라 한다)의 승인을 받아 PF자금을 원고의 계좌로 입금받은 후, 2005. 11. 7.부터 2005. 11. 9.까지 3일 동안 매일 현금 2억 원씩 인출하여 2005. 11. 10. ○○리장례식장에서 BBB을 통해 2억 원씩 담긴 우체국 박스 3개를 AAA에게 전달하는 방법으로 현금 6억 원을 지급하는 한편, 같은 날 AAA의 □□ 계좌로 이 사건 각 토지의 매매계약상 매매대금인 4억 4,000만 원을 송금하였고, 2005. 11. 10. 1억 5,000만 원, 2005. 11. 11. 2억 원, 2005. 11. 14. 2억 5,000만 원을 각 인출하여 2005. 11. 17. 위와 같은 방법으로 AAA에게 현금 6억 원을 지급하였으며, 2005. 11. 16. ○○개발의 농협 계좌로 매매계약상 매매대금 5억 3,000만 원 중 5억 1,000만 원을 송금하였는데, 2,000만 원의 지급을 유보한 이유는 ○○개발이 지상 건물을 철거한 이후에 지급하기로 하였기 때문이다. 결국 원고가 AAA에게 지급한 현금 12억 원은 이 사건 각 토지와 ○○개발 소유의 위 각 토지 및 지상 건물에 대한 매매대금에 해당한다. 따라서 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

나. 인정사실

1) 원고와 AAA 사이에 2005. 11. 10. 이 사건 각 토지에 관하여 매매대금이 4억 4,000만 원으로 기재된 부동산매매계약서(갑 제5호증)가 작성되었고, 원고와 ○○개발 사이에 2005. 11. 16. ○○리 ZZZ-6 토지 및 그 지상 건물, ○○리 ZZZ-11 토지 및 그 지상 건물에 관하여 매매대금이 5억 3,000만 원으로 기재된 부동산매매계약서(갑 제12호증)가 작성되었다.

2) 한편, 원고는 2005. 10.경 ○○은행에 이 사건 각 토지와 ○○리 ZZZ-6, ZZZ-11 토지의 매입비로 합계 2,201,222,095원의 자금인출 요청을 하였는데, 그 구체적인 내역은 아래와 같다.

토지

금액

□□리 XXX-4 토지

1,293,181,681원

□□리 YYY-4 토지

28,676,871원

□□리 ZZZ-6 토지

185,129,167원

□□리 ZZZ-11 토지

694,234,376원

합계

2,201,222,095원

이에 따라 원고의 ◊◊은행 계좌(계좌번호 : XXXXXXXXXXX)로 ○○은행으로부터 2005. 10. 31. 2,201,222,095원이 입금되었다가 원고의 또 다른 ◊◊은행 계좌(계좌번호 : YYYYYYYYYY)로 2005. 11. 7. 6억 원, 6억 원, 2005. 11. 8. 10억원, 1,222,095원 합계 2,201,222,095원이 이체되었다.

원고의 위 ◊◊은행 계좌(계좌번호 : XXXXXXXXXXX)에서 2005. 11. 7.부터 2005. 11. 9.까지 3일 동안 현금 2억 원씩 합계 6억 원이 인출되었고, 2005. 11. 10. 4억 4,000만 원이 AAA에게 이체되었으며, 2005. 11. 10. 현금 1억 5,000만 원, 2005. 11. 11. 현금 2억 원, 2005. 11. 14. 현금 2억 5,000만 원 합계 6억 원이 인출되었고, 2005. 11. 16. 5억 1,000만 원이 ○○개발에 이체되었다.

3) 원고와 AAA 사이에 2005. 11. 10. 이 사건 각 토지 중 ○○리 XXX-4 답 950㎡의 매매대금이 4억 원, ○○리 YYY-4 전 79㎡의 매매대금이 4,000만 원으로 각 기재된 거래사실확인서(을 제7호증)가 작성되었다. 또한, AAA가 2005. 11.경 원고에게 교부한 영수증(을 제7호증)에 ○○리 XXX-4 답 950㎡에 대한 매매대금 4억 원, ○○리 YYY-4 전 79㎡에 대한 매매대금 4,000만 원을 각 영수한 것으로 기재되어 있다.

4) 원고의 토지조서에는 원고가 매입한 ○○리 소재 토지들의 지목, 면적, 매입가등이 기재되어 있는데, 그 중 이 사건 각 토지에 관한 부분은 아래와 같다.

지번

지목

면적

토지 매입가(원)

㎡

평

총액

계약금

중도금

잔금

ZZZ-11

잡종지

510

154.27

880,611,047

-

-

880,611,047

ZZZ-6

잡종지

510

154.27

880,611,047

-

-

880,611,047

XXX-4

답

950

287.37

220,000,000

-

-

222,000,000

YYY-4

전

79

23.90

220,000,000

합계

2,049

619.81

2,201,222,094

1,981,222,094

5) 원고는 2005 사업연도에 이 사건 토지의 매입가액을 4억 4,000만 원으로, ○○개발로부터 매수한 부동산의 매입가액을 5억 1,000만 원으로 각 회계처리하고, 12억 원은 선급금으로 회계처리 하였다가 2006 사업연도에 이르러 선급금 12억 원을 용지 12억 원으로 대체함으로써 추가로 부동산 매입가액 12억 원을 계상하였다.

6) AAA는 원고에게 이 사건 각 토지를 매도한 후 매매대금을 4억 4,000만 원으로 하여 양도소득세를 신고・납부하였다. ○○○세무서장은 2006. 10.경 AAA에 대한 2003. 3. 1.부터 2006. 6. 30.까지의 증여세 및 양도소득세 관련 세무조사를 실시하였고, 중부지방국세청장은 2007. 7.경 AAA에 대한 2006 과세연도 양도소득세 조사를 실시하였는데, 조사 결과 모두 혐의가 없어 당초 신고가 적정한 것으로 종결되었다.

7) AAA는 2012. 8. 1. 조사공무원에게 「이 사건 각 토지를 2005. 11. 10. 4억 4,000만 원에 매수하고, 매매계약 체결일에 4억 4,000만 원을 계좌로 수령하였다. 원고가 추가로 지급했다고 주장하는 현금 12억 원은 받기로 약정한 사실이 없고, 4억 4,000만 원 이외에 추가로 지급받은 금원이 없음을 확인한다」라는 내용의 확인서(을 제8호증)를 교부하였고, 이 사건 법정에 증인으로 출석하여서도 같은 취지로 진술하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제4, 5, 6, 12 내지 16호증(가지번호 포함), 을 제6, 7, 8호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

다. 판단

1) 법인세 부과처분 취소소송에 있어서 과세근거로 되는 과세표준의 입증책임은 과세관청에 있는 것이고 과세표준은 수입으로부터 필요경비를 공제한 것이므로 수입 및 필요경비의 입증책임은 과세관청에 있다 할 것이나 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것이고 그 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 그 입증이 손쉽다는 것을 감안해 보면 납세의무자가 그에 관한 입증활동을 하지 않고 있는 필요경비에 대해서는 부존재의 추정을 하는 것이 마땅하고 이와 같은 부존재의 추정을 용인하여 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것은 공평의 관념에도 부합된다(대법원 1988. 5. 24. 선고 86누121 판결 참조).

나아가 납세의무자가 신고한 어느 비용 중의 일부 금액이 실지비용이냐 아니냐가 다투어지고 과세관청에 의해 납세의무자측이 주장하는 비용의 액수가 허위임이 상당한 정도로 입증되었다면, 그 신고한 비용의 액수에 해당하는 만큼 비용의 지출이 있었다는 점에 관하여는 구체적 비용지출 사실에 관한 장부기장과 증빙 등 일체의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자측에서 이를 입증할 필요가 있다고 보아야 한다(대법원 2006. 2. 9. 선고 2005두8306 판결 참조).

2) 위와 같은 법리에 기초하여 살피건대, 앞서 본 사실관계 및 앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 원고가 AAA로부터 이 사건 각 토지를 4억 4,000만 원에 매수하였음에도 16억 4,000만 원에 매수한 것처럼 장부에 계상하였다고 봄이 상당하고, 원고가 제출한 증거나 주장하는 사정만으로는 위 인정을 뒤집기에 부족하다. 따라서 이 사건 처분은 적법하다.

① 원고와 AAA는 이 사건 각 토지의 매매대금을 4억 4,000만 원으로 기재하여 매매계약서를 작성하였고, 원고는 AAA의 계좌로 4억 4,000만 원을 이체한 후 이에 관한 거래사실확인서와 영수증을 작성하였다.

② 원고가 AAA의 계좌로 4억 4,000만 원을 이체한 날짜를 전후하여 원고의 계좌에서 현금 총 12억 원이 인출되었지만, 위 금원이 AAA에게 지급되었다는 사실을 인정할 객관적인 자료가 없다 원고는 그 주장에 대한 증거로 AAA에게 직접 2회에 걸쳐 현금 12억 원을 지급하였다는 내용의 BBB의 사실확인서(갑 제8호증), BBB이 AAA에게 현금을 지급하는 장면을 촬영하였다는 현장사진(갑 제10호증)과 위 사진상의 사람 중 1명이 AAA가 맞다는 내용의 이원복의 사실확인서(갑 제19호증), 원고의 계정별원장(갑 제15호증)과 토지조서(갑 제16호증) 등을 증거로 제출하고 있다. 그런데 만약 원고가 AAA에게 현금 12억 원을 지급하였다면 AAA에게 양도소득세가 추가로 부과되어야 할 것이므로, 원고가 AAA에게 현금 12억 원을 지급하였다는 사실을 인정하기 위해서는 엄격한 증명이 요구된다고 할 것이다. 그러나 원고가 제출한 위 각 증거는 원고와 관련있는 자의 사실확인서이거나 원고의 내부문서에 불과할 뿐 객관적인 자료가 아니므로 그대로 믿기 어렵거나 위 각 증거만으로는 원고가 AAA에게 현금 12억 원을 지급하였다는 사실을 인정하기 부족하다).

③ AAA는 원고에게 이 사건 각 토지를 매도한 후 매매대금을 4억 4,000만 원으로 하여 양도소득세를 신고・납부하였는데, 이후 과세관청이 AAA에 대하여 이 사건 각 토지에 관한 양도소득세 등에 관하여 세무조사를 실시하였으나, 당초 신고가 적정한 것으로 종결되었다. 또한, AAA는 조사공무원에게 이 사건 각 토지를 4억 4,000만 원에 매도하였고, 추가로 12억 원을 지급받은 사실이 없다는 내용의 확인서를 교부하였으며, 이 사건 법정에서도 같은 취지로 진술하였다.

④ 원고는 2005 사업연도에 이 사건 각 토지에 대한 매입가액을 4억 4,000만 원으로 회계처리하였고, 2006 사업연도에 이르러서야 추가로 12억 원을 계상하였다.

⑤ 원고는 서울지방국세청장으로부터 조사를 받을 때는 물론 심사청구 당시 및 이 사건 소송에서도 AAA에게 이 사건 각 토지의 매매대금으로 현금 12억 원을 지급하였다고 주장하다가 이 사건 2013. 11. 6.자 준비서면에서 갑자기 AAA에게 이 사건 각 토지와 ○○개발 소유 부동산의 매매대금으로 현금 12억 원을 지급하였다고 주장하는 등 AAA에게 지급하였다는 현금 12억 원이 어떤 부동산에 대한 매매대금인지에 관하여 주장내용을 바꾸었을 뿐만 아니라 원고의 주장에 의할 경우 이 사건 각 토지와 ○○개발 소유 부동산의 매매대금은 총 21억 7,000만 원(= 4억 4,000만 원 + 5억 3,000만 원 + 12억 원)임에도 원고의 토지조서에는 매매대금 합계가 2,201,222,094원으로 기재되어 있으므로, 원고의 위 주장은 그 자체로 신빙성이 없어 믿기 어렵다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.