2. 항소비용은 피고가 부담한다.

피고가 2010. 1. 12. 원고에게 한 2005 사업연도 법인세 749,354,950원 및 2007 사업연도 법인세 606,638,850원 부과처분을 모두 취소한다.

2. 항소취지

제1심 판결을 취소한다. 원고가 한 청구를 모두 기각한다.

피고는 이 법원에서도 구 조세특례제한법 제55조 제1항 (이하 ‘이 사건 조항’이라고 한다)은 취득 당시는 물론 양도 당시에도 기업구조조정전문회사의 지위에 있어야 적용되는 것이고, 그렇지 않다면 기업구조조정전문회사에 대한 각종 규제를 피하기 위하여 기업구조조정전문회사 지위를 벗어난 경우에도 이 사건 조항이 적용되는 불합리가 발생한다고 주장하나, 피고 주장은 이유 없다. 그 이유는 다음과 같다.

① 이 사건 조항의 입법 취지는 구조조정대상기업에 대한 주식 취득 등 투자를 통한 적극적인 사업구조조정을 촉진하는 것에 있지 기업구조조정전문회사에 대한 규제에 있지 않다.

② 2007. 12. 31. 법률 제8827호로 개정되기 전의 구 조세특례제한법 제55조 의 제목은 ‘기업구조조정전문회사 등에 대한 과세특례’이고, 제2 , 3 , 5항 은 기업구조조정전문회사의 손금산입 방법 등에 관한 규정이고, 제6항 은 제1항 에서 제5항 을 적용할 때 필요한 사항을 대통령령에 위임하기 위한 규정이다. 이 사건 조항이 기업구조조정전문회사에만 적용되는 규정이라면, 2007. 12. 31. 법률 제8827호로 개정되기 전의 구 조세특례제한법 제55조 의 제목에 ‘기업구조조정전문회사 등’이라는 문구를 쓸 것이 아니라 ‘기업구조조정전문회사’라는 문구를 쓰는 것이 옳다.

③ 구 조세특례제한법 시행규칙(2008. 4. 29. 기획재정부령 제16호로 개정되기 전의 것) 제61조(서식등) 제1항 제45호 관련 별지 제44호 서식에서는 구 조세특례제한법 제55조 제2항 과 관련하여 기업구조조정전문회사가 제출하여야 할 서식을 두고 있으나 이 사건 조항과 관련한 서식은 마련되어 있지 않다. 또, 2007. 12. 31. 법률 제8827호로 개정된 조세특례제한법 제55조 제2항 에서는 ‘ 제1항 을 적용받으려는 기업구조조정전문회사는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 감면신청을 하여야 한다’는 규정이 신설되어 2007. 12. 31. 법률 제8827호로 개정된 조세특례제한법 제55조 제1항 은 기업구조조정전문회사에만 적용되게 되었다. 그러나 이 사건 주식 등을 양도할 때에는 위와 같이 개정되기 전이고, 구 조세특례제한법 시행규칙(2008. 4. 29. 기획재정부령 제16호로 개정되기 전의 것) 제61조 에서도 기업구조조정전문회사인 것을 전제로 한 서식이 없었으므로 이 사건 조항 문언 대로 취득 당시에만 기업구조조정전문회사이면 된다고 보는 것이 옳다.

④ 위와 같은 해석이 양도소득의 경우 양도 당시의 법령을 적용한다는 원칙에 위배되는 것도 아니다. 이 사건 조항이 적용되기 위해서는 ‘기업구조조정전문회사가 취득한 주식’인 당해 주식이면 되는데, 이 사건 주식 등의 양도 당시 이 사건 주식 등이 ‘기업구조조정전문회사가 취득한 주식’인 사실은 변함이 없다. 따라서 이 사건 주식 등의 양도는 이 사건 주식 등의 양도 당시에 적용되는 이 사건 조항의 적용 요건에 해당한다.

⑤ 2001. 12. 29. 법률 제6538호로 개정되기 전의 조세특례제한법 제55조 제1항 은 “산업발전법에 의한 기업구조조정전문회사가 기업구조조정대상기업에게 출자한 주식 또는 지분을 양도함으로써 발생하는 양도차익 및 2003년 12월 31일 이전에 구조조정대상기업으로부터 받은 배당소득세에 대하여는 법인세를 과세하지 아니한다”고 규정하여 취득 및 양도 당시에 기업구조조정전문회사일 것을 요하도록 명확히 규정하고 있었다. 그러다가 2001. 12. 29. 법률 제6538호로 개정된 조세특례제한법 제55조 제1항 에서 “산업발전법에 의한 기업구조조정전문회사가 직접 또는 기업구조조정조합을 통하여 구조조정대상기업에게 출자함으로써 주식 또는 출자지분을 취득하는 경우에는 당해 주식 또는 출자지분의 양도로 인하여 발생하는 양도차익과 2003년 12월 31일 이전에 구조조정대상기업으로부터 받는 배당소득에 대하여는 법인세를 과세하지 아니한다”는 것으로 개정되어 이 사건 조항과 같이 ‘주식 또는 출자지분을 취득하는 경우에는 당해 주식 또는 출자지분의 양도로 인하여’라는 형식의 문언을 사용하게 되었다.

피고 주장과 같이 해석해야 한다면 굳이 규정 형식을 바꿀 필요가 없었다는 점과 이 사건 조항 자체의 언어적 의미에 의하면, 이 사건 조항은 주식 또는 출자지분의 취득 당시에 기업구조조정전문회사의 지위에 있을 것을 요하는 것이 명확하다(피고 주장과 같이 해석할 의도로 개정하였으나 입법을 잘못한 것이라고 하더라도, 그로 말미암은 불이익을 원고에게 부담시키는 것은 아래에서 보는 바와 같이 조세법률주의에 위배된다).

⑥ 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적인 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 허용된다( 대법원 2009. 7. 9. 선고 2007두1781 판결 등 참조). 피고 주장과 같이 해석하면, 원고가 구조조정대상기업에 출자하는 등의 방법으로 자금을 투입하여 이 사건 조항의 입법목적이 달성되었다는 점과 이 사건 조항의 법문을 믿고 경제행위를 한 원고에게 예상하지 못한 불이익을 부담하게 한다는 점에서 조세법률주의에 위배된다.

제1심 판결은 정당하다. 피고가 한 항소를 모두 기각한다.