2. 원고의 나머지 청구를 각 기각한다.

3. 소송비용 중 70%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

가. 2002사업연도 법인세 및 2002년 1기분 부가가치세 부과처분의 경위

(1) 원고(토목공사업 등을 영위할 목적으로 설립된 법인으로 변경전 상호는 '○○종합건설 주식회사'이다)는 2001. 9. 25. ○○시로부터 '○○사지 주변 정비공사' 중 철근콘크리트공사{계약기간 2001. 10. 5.~2002. 3. 3., 공사대금 177,930,900원(이후 금205,302,000원으로 증액되었다), 이하, '○○사지 공사'라 한다}를 수급하였고, 2001. 9. 28. ○○군으로부터 '2002년 오염하천정화사업' 공사{○○군 ○○읍 ○○지내, 도급금액 금 1,005,240,000원(이후 금 1,209,542,000원으로 증액됨), 공사기간 2001. 10. 8. ~ 2002. 5. 31., 이하 '하천정화사업'이라 한다}를 수급하였다.

(2) 원고는 2001. 10. 22. ○○건설 주식회사(대표이사 이○길, 이하 '○○건설'이라 한다)에 ○○사지 공사를 하도급{계약기간 2001. 10. 20.~2002. 2. 20., 공사대금 124,550,000원(이후 금 180,400,000원으로 증액되었다)}하였고, 2001. 11. 20.경 ○○군에 '원고가 2001. 10. 23. ○○건설과의 사이에 2001. 10. 23. 위 공사 중 토공사 부분(도급금액 금 221,635,000원, 공사기간 2001. 10. 31 ~ 2002. 5. 20.)과 철근콘크리트공사 부분(도급금액 금 28,351,000원, 공사기간 2001. 11. 8 ~ 2001. 5. 20.)에 관한 하도급계약(이하, '이 사건 하도급계약'이라 한다)을 체결하였다'는 내용이 담긴 보고서를 제출하였다(원고는 실질적으로 ○○건설과의 사이에 하천정화사업공사 전체에 대하여 공사대금을 원공사대금의 69%인 금 693,615,600원으로 정한 하도급계약을 체결하고, ○○건설은 다시 위 공사현장의 책임자인 윤○○과의 사이에 공사대금을 원공사대금의 55%인 금 552,882,000원으로 정하여 재하도급계약을 체결하였다고 주장한다).

(3) 그후 원고는 2001. 12. 24.경 ○○군으로부터 하천정화사업공사에 관한 선급금으로 금 201,000,000원을 지급받아 위 금원의 69%에 해당하는 금 138,690,000원을 ○○건설에게 이 사건 하도급공사의 선급금(이하, '이 사건 선급금'이라 한다)으로 지급하였고, ○○건설로부터 2001. 12. 24.자 금 111,700,000원(공급대가) 상당, 2002. 3. 28.자 금 10,635,000원(공급대가) 상당의 각 매입세금계산서를 수취하였다.

(4) 원고는 2002. 3. 25.경 이 사건 하도급공사의 기성고가 66%라고 주장하면서 ○○군 측에 기성검사신청을 하였고, ○○군 소속 준공검사관은 2002. 3. 30. 위 공사가 60%의 기성고에 이르렀음을 확인하였으며, 이에 따라 ○○군은 원고에게 위 공정율에 따라 1차 기성금 732,226,000원에서 이미 선급금으로 지급된 금원을 공제한 나머지 금 611,626,000원을 지급하였다.

(5) 하천정화사업공사 진행도중 공사내용이 변경되어 공사대금이 대폭 증액되어야 하는 상황이 발생하였는데, 계약명의자인 ○○건설의 대표이사 이○길은 원고가 위 공사와 관련하여 무리한 요구를 한다는 이유로 변경계약의 체결을 거절하였고, 위 공사의 실질적인 시공자였던 ○○건설의 기술이사 이○일(○○건설 대표이사 이○길의 동생이다)은 건설면허를 양수하여 2002. 1. 14.경 설립된 ○○산업개발 주식회사(이하, '○○산업개발'이라 한다)의 대표이사에 취임한 후 원고의 동의를 얻어 위 공사를 계속 진행하였다(이○일은 당시 투입된 공사대금이 원계약금액을 훨씬 초과하였다고 보아 증가된 공사대금을 지급받기 위하여 위 ○○산업개발을 설립하였고, 2002. 4. 16.경 뒤늦게 공사대금을 금 516,560,000원으로 정하여 이 사건 하도급공사에 대한 ○○산업개발과 원고 명의의 계약서를 작성하였다).

(6) 2002. 4. 12.경 ○○군에 ○○건설의 하수급인들로부터 위 ○○사지 및 하천정화사업 공사에 관한 노무비 및 장비대금 등의 미지급에 관한 민원이 제기되었고, 원고는 ○○산업개발 명의의 은행계좌에 위 노무비 등을 입금한 후 다시 전액출금하여 이○일, 윤○○의 현장입회하에 원고 회사 소속 경리부장이 주도하여 직불하고 그에 따라 관련서류(영수증 등)을 회수하여 갔다. 그 때 이○일은 원고에게 ○○산업개발 명의의 공급대가 금 250,000,000원(공급가액은 금 227,272,728원) 상당의 세금계산서를 작성해 주었으나, 그 후 다시 공급대가 금 231,970,380원(공급가액은 210,882,000원) 상당의 세금계산서(이하, '이 사건 세금계산서'라 한다)를 작성해 주었고, 원고는 2002년 1기분 부가가치세 신고 당시 위 금 231,9701,380원 상당의 세금계산서를 제출하였다.

(7) 그후 원고는 ○○산업개발이 위 하천정화사업공사를 포기하자 ○○산업개발과의 공사계약을 해지하고, 2002. 4. 17.경 윤○○과의 사이에 미시공부분에 관한 공사를 진행하기로 하는 내용의 계약을 체결하였으나, 2002. 4. 말경 공사지체를 이유로 윤○○과의 위 약정 또한 해지한 후 이 사건 공사를 직접 시공하여 2002. 6. 14. 준공하였다.

(8) 2002. 6. 하순경 이○일은 원고 회사 사무실을 방문하여 기성고에 따라 위 각 공사의 공사비를 정산할 것과 ○○산업개발 명의로 작성된 위 세금계산서를 반납할 것을 요구하였고, 2002. 7. 6., 같은 달 10., 같은 달11., 같은 달16. 등 4차례에 걸쳐 공사비 정산을 요구하는 내용증명우편을 보냈으나, 원고의 수취거부로 모두 반송되었다.

(9) ○○산업개발은 2002. 1. 14. 개업하여 2002. 12. 31. 직권폐업조치되었는데, 위 기간 중 ○○산업개발은 이 사건 세금계산서 외에 다른 세금계산서를 발행하지 않았고, ○○산업개발이 2002. 4. 16. 원고와 새로 하도급계약을 체결하면서 작성한 하도급공사내역서에는 도급예정액 금 516,560,000원 중에서 재료비로 금 254,510,491원(순공사 재료비 금 94,689,731원, 사급자재대금 159,820,760원)이 책정되어 있었으나, ○○산업개발의 2002사업연도 법인세신고내용에는 공사수입금 227,272,728원 중 재료비는 전혀 포함되어 있지 않고 노무비(일용급여)로 신고되었다.

(10) 피고는 다음과 같은 과정을 거쳐 2005. 7. 1. 원고에 대하여 2002사업연도 법인세 금 112,783,350원(가산세 포함)과 2002년 1기분 부가가치세 금 38,401,640원을 각 부과하였다(이하, 각 '2002사업연도 법인세 부과처분', '2002년 1기분 부가가치세 부과처분'이라 한다).

① 피고는, 원고가 2001. 10. 23. ○○건설과의 사이에 이 사건 공사와 관련하여 하도급계약을 체결하고, ○○건설에 선급금으로 2001. 12. 24. 금 111,700,000원, 2002. 3. 28. 금 10,635,000원 합계 금 122,335,000원(공급대가)을 지급하였으나, ○○건설이 공사를 이행하지 아니하여 2002. 4.경 위 계약이 해지되었으므로, 원고가 ○○건설에 대하여 위 선급금에 대한 반환채권을 가지고 있다고 보아 위 선급금의 공급가액 금 111,213,636원을 2002사업연도에 익금산압하여 유보처분하였다.

② 피고는, 원고가 ○○산업개발의 공사비 명목으로 외주비에 계상한 금 210,882,164원을 허위의 가공거래에 의한 것으로 보아 이를 손금불산입하고, 위 공사용역공급을 그 내용으로 하는 이 사건 세금계산서에 따른 매입세액을 공제하지 아니하였으며, 원고가 2002. 4. 12. ○○건설의 하수급인들에게 직접 지급한 공사대금 207,663,380원중 원고가 ○○건설의 하수급인들로부터 매입세금계산서를 직접 수취하여 공사원가로 손금산입한 금 35,466,000원을 차감한 금 172,197,380원(2001사업연도귀속 금 83,851,000원, 2002사업연도 귀속 금 88,366,380원)을 손금추인하고 유보처분 하였다.

나. 2004년 제2기분 부가가치세 부과처분의 경위

(1) 원고는 ○○군으로부터 수급한 '○○군 ○○지구 지표수보강개발사업'공사 중 철근콘크리트공사(이하, '○○지구 철근콘크리트공사'라 하다)와 관련하여 주식회사○○기초건설(이하, '○○기초건설'이라 한다)과의 사이에 계약금액 금 254,430,000원, 계약기간을 2003. 9. 8.부터 2004. 12. 27.까지로 정하여 하도급계약을 체결하였다(이후, 계약금액은 금 276,725,000원, 계약기간은 2004. 10. 27.으로 변경되었다).

(2) 원고는 ○○군청에 2004. 4. 23.을 실지준공일로 하여 준공검사원을 제출하였고, 2004. 5. 6. ○○군청측의 준공검사결과 준공확인을 받은 후 ○○기초건설에 위 공사계약에 따른 공사대금을 지급하고 ○○기초건설로부터 이 사건 공사와 관련하여 매입세금계산서 3장(2004. 9. 2.자 공급가액 58,390,000원 상당, 같은 일자 공급가액 10,266,364원 상당, 2004. 11. 5.자 공급가액 103,571,845원 상당, 이하, '○○기초건설 세금계산서'라 한다)을 교부받아 그 매입세액을 공제하여 2004년 2기 부가가치세 신고를 하였다.

(3) 그런데 피고는, 위 각 세금계산서에 기재된 용역공급시기(각 2004. 9. 2.과 2004. 11. 5.이다)가 아닌 위 공사의 준공검사일인 2004. 4. 23.을 이 사건 공사용역의 공급시기로 보아 위 각 세금계산서에 기재된 용역공급시기가 사실과 다르다고 판단하여 위 각 해당 매입세액을 공제하지 아니하고, 2005. 7. 1. 원고에 대하여 2004년 2기분 부가가치세(가산금 포함) 금 21,667,900원을 부과·고지하였다(이하, '2004년 2기분 부가가치세 부과처분'이라 한다).

다. 전치절차

(1) 원고는 2005. 7. 12. 이 사건 각 처분에 불복하여 ○○지방국세청장에게 이의신청을 하였고, 이에 대하여 ○○지방국세청장은 금 30,326,000원을 추가로 손금산입하여 2002사업연도 법인세 금 10,310,030원을 감액하는 내용의 결정을 하였다(따라서, 2005. 7. 1.자 2002사업연도 법인세 부과처분 중 금 102,473,320원에 해당하는 부분이 잔존하고 있다).

(2) 원고는 2006. 7. 22 이 사건 각 처분에 불복하여 국세심판원에 심판청구를 하였으나, 2006. 11. 9. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는사실, 갑 제4호증의 10, 11, 12, 을 제1호증의 1, 2, 3, 을 제2, 3호증, 을 제4호증의 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 2002사업연도 법인세 부과처분 및 2002년 제1기분 부가가치세 부과처분 취소청구에 대한 판단

가. 원고의 주장

(1) ○○건설은 원고로부터 지급받은 선급금을 모두 하천정화사업공사에 투입하여, 원고가 ○○건설에 대한 선급금반환채권을 가지고 있지 아니하므로, 피고의 2002사업연도 법인세 부과처분 중 원고가 ○○건설에 대한 선급금반환채권을 가지고 있음을 전제로 한 부분은 위법하다.

(2) ○○산업개발은 이 사건 세금계산서 상당의 공사를 실제로 하였고, 원고가 이에 대한 공사대금을 지급한 것 또한 사실이므로, 원고가 위 공사대금 상당액을 손금산입하고, 이 사건 세금계산서에 따른 매입세액을 공제한 것은 정당한데도, 이와 달리 이 사건 세금계산서를 허위의 가공거래에 의한 것으로 보고 위 공사대금을 손금으로 산입하지 아니하고, 매입세액을 불공제한 결과 산정된 2002사업연도 법인세 부과처분과 2002년 1기분 부가가치세 부과처분은 위법하다.

나. 인정사실

(1) 이 사건 하도급공사와 관련된 고소사건의 진행경과

(가) 원고는 2002. 6. 7. 광주지방검찰청에 '원고가 ○○건설의 대표이사인 이○길에게 지급한 이 사건 선급금을 공사비로 사용하지 않고 이를 횡령하였다'는 등의 범죄사실로 이○길, 이○일, 윤○○(이하, '이○길'등이라 한다)을 고소하였다.(나) 이○길은 2002. 8. 3. ○○동부경찰서에서 피의자신문당시 '○○건설이 원고로부터 비슷한 시기에 ○○사지공사와 하천정화사업공사를 하도급받았는데, 원고로부터 하천정화사업공사에 대한 선급금만을 지급받아 위 선급금으로 위 2곳의 공사를 함께 진행하였고, ○○사지 공사에 대하여는 ○○건설이 원고에게 미지불 인건비, 장비대금, 추가공사비 등을 손해배상 하여야 하나, 하천정화사업공사에 대하여는 오히려 ○○건설이 원고로부터 2002. 4. 15.까지의 공사비중 미지급액을 더 받아야 할 입장에 놓이게 되어 이를 상호 정산하여야 한다. 하천정화사업공사와 관련하여서는 최초 입금된 선급금과 ○○건설, ○○산업개발 명의로 입금된 기성금을 합산하여 약 금 450,000,000원 가량을 지급받았다'고 진술하였다.

(다) 이○일은 2002. 8. 3. ○○동부경찰서에서 피의자신문당시 '이○일은 2001. 12. 6.부터 2002. 4. 12.까지 25회에 걸쳐 ○○사지 및 하천정화사업공사의 현장책임자였던 윤○○에게 금 214,320,000원을 지급하였고, 자재 및 장비대금, 인건비 등 현장경비의 집행내역은 윤○○만이 알고 있다.'고 진술하였고, 위 피의자신문당시 제출한 진술서에 '원고가 2002. 4. 12. 이 사건 하도급 공사현장의 미지급 노무비, 장비대금 등에 관한 민원을 해결하기 위하여 ○○산업개발 명의의 은행계좌에 위 미지급 노무비 등의 상당액을 입금한 후 ○○산업개발로부터 위 금원에 대한 은행출금전표를 교부받아 이를 이용하여 위 금원을 전액 출금한 다음 이○일, 윤○○ 등이 입회한 가운데 원고 회사 소속 경리부장 등이 주도하여 위 공사현장(○○사지공사 포함)의 하수급인 등에게 직접 노무비 등을 지급하고 영수증 등을 회수하여 갔으며, ○○산업개발 발행의 금 250,000,000원(부가가치세 포함) 상당의 세금계산서를 수취했다'고 기재되어 있다.

(라) 이○일은 2002. 8. 9. 윤○○을 '이○일이 윤○○에게 위 2곳의 공사비 금 214,320,000원을 전달하였으나 윤○○이 위 금원을 공사비로 사용하지 않고 착복하였다'는 취지로 고소하였다.

(마) 윤○○은 2002. 8. 19. ○○동부경찰서에서 피의자신문당시 '○○건설이 원고로부터 위 ○○사지 및 하천정화사업공사를 합계 금 1,400,000,000원에 도급받았고, 이○일은 원고로부터 위 금원의 70%(하도급률) 정도에 해당하는 금 980,000,000원 가량을 지급받아야 하고, 윤○○은 이 사건 하도급 공사를 진행하기 위해서는 공사비용으로 금 660,000,000원 정도가 필요했는데, 윤○○이 지급받은 공사비는 이○일로부터 23차례에 걸쳐 받은 합계 금 194,320,000원과 원고가 노무비로 직불한 금 250,000,000원 총합계 금 450,000,000원 정도에 불과하므로, 윤○○이 금 210,000,000원 가량을 더 받아야 하는 입장이다. 윤○○은 하천정화사업공사를 공정율 76%까지 진행하였고, 공사비를 지급받지 못하여 임금 및 장비대금을 완불하지 못하였으며, 이 사건 하도급공사를 마무리 하지 못했다'고 진술하였다.

(바) 2002. 9. 18. ○○동부경찰서에서 피의자신문당시 원고 회사의 대표이사였던 이○칠, 윤○○은 다음과 같이 진술하였다.

① 이○칠

원고는 ○○건설에게, 2001. 12. 24. 하천정화사업공사 선급금명목으로 금 114,700,000원 가량을 지급하였고, 2002. 2. 9. ○○사지공사 기성금으로 금 93,120,000원을 지급하였으며, 2002. 3. 19. 준공금 명목으로 금 26,000,000원을 지급하였고, 2002. 3. 28. 하천정화사업공사에 관하여 금 18,750,000원을 내려주었으며, 2002. 4. 12. ○○사지와 하천정화사 직접 금 207,663,380원을 지급하여 ○○건설과 ○○산업개발에 합계 약 금 460,233,380원을 지급하였다.

② 윤○○

윤○○은 이○일로부터 금 219,000,000원을 지급받았다고 주장하며 182쪽에 달하는 영수증 및 공사비 내역서를 제출하였다

(사) 광주지방검찰청은 2003. 5. 9. '이○길이 원고로부터 지급받은 이 사건 선급금은 이○길의 소유에 속하고 원고를 위하여 보관하는 지위에 있지 아니하므로 이를 다른 용도에 사용하였다 하더라도 횡령죄는 성립하지 아니하고, 채무불이행에 불과하다'라는 이유로 이○길 등에 대하여 불기소(무혐의)처분을 하였고, 원고가 이에 대하여 불복하여 항고를 하였으나 ○○고등검찰청은 2002. 12. 2. 항고를, 대검찰청은 2003. 5. 9. 재항고를 각 기각하였다.

(2) 이 사건 하도급공사와 관련된 민사소송사건의 진행경과

(가) 원고는 2004. 11. 26. 김○○(○○건설의 현장소장)를 상대로 '○○건설이 이 사건 공사를 진행하던 중 자금난에 봉착하자 원고로부터 금 138,690,000원을 차용하였고, 원고는 위 금원을 대여할 당시 지급을 담보하기 위하여 ○○건설로부터 위 금원 상당액의 약속어음을 교부받았는데 위 김○○가 위 금원의 채무를 보증하겠다는 의미로 위 약속어음에 기명날인하였다'고 주장하면서 대여금반환청구의 소(○○지방법원 2004가합11935호, 이하, '이 사건 민사소송'이라 한다)를 제기하였다.

(나) 이에 대하여 김○○는, '원고가 ○○건설에 선급금 138,690,000원을 지급하면서 이 사건 공사의 시공을 중단하는 등의 사유로 인하여 ○○건설이 원고에게 선급금을 반환하여야 할 상황이 발생할 경우의 선급금 반환채권을 담보하기 위하여 ○○건설로부터 액면금 138,690,000원 상당의 약속어음을 교부받았고, 원고의 요구에 따라 이 사건 공사의 책임자인 김○○가 위 약속어음금의 지급을 연대보증하는 의미로 위 약속어음에 배서를 한 것이고, 이 사건 공사의 발주처인 ○○군이 2002. 4.경 기성검사를 실시한 결과 그때까지의 이 사건 공사의 공정율은 60%임을 확인하였으며, 원고에게 위 공정율에 따라 1차 기성금 812,620,000원 중 선급금으로 이미 지급한 금 201,000,000원을 공제한 나머지 금 611,620,000원을 지급하였다. 원고는 위와 같이 ○○군으로부터 공사대금 611,620,000원을 지급받았으므로 ○○건설에게 하도급계약에 따라 위 금액의 69%에 상당한 금액을 지급하여야 함에도 불구하고 정당한 이유 없이 이를 지급하지 아니하였고, 그로 인하여 이 사건 공사현장의 노임 및 자재대금체불 등의 문제가 발생하여 더 이상 이 사건 공사를 계속할 수 없게 되자, ○○건설이 2002. 4.경 이 사건 공사의 시공을 중단하였다. 따라서, 위와 같이 ○○건설, 이○일, 윤○○이 위 선급금을 이 사건 공사비로 사용하였으므로 ○○건설의 원고에 대한 선급금반환채무 및 김○○의 보증채무가 소멸하였다.'라고 항변하였다.

(다) 이 사건 민사소송계속중 ○○군수는 '2002. 3. 30. 기성검사 당시 하천정화사업 공사현장의 기성율이 60%에 이르러 2002. 4. 12. 원고에게 1차 기성금 611,626,000원을 지급하였다'는 취지의 사실조회에 대한 회신을 하였다.

(라) 원고는 2005. 10. 14. 원고와 피고 사이에 합의가 이루어졌다면서 위 소를 취하하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1 내지 11, 16호증, 갑 제2호증의 1 내지 24, 갑 제3호증의 1내지 5의 각 기재, 변론 전체의 취지

다. 판단

(1) 이 사건 선급금 반환채권의 존재여부에 대한 판단

살피건대, 앞서 인정한 바와 같이, ○○건설이 원고로부터 수급한 하천정화사업공사를 2001. 10. 31.부터 2002. 4.경까지 진행하였는데, ○○건설은 하천정화사업공사현장의 책임자인 윤○○에게 2001. 12. 6.부터 2002. 4. 12.까지 합계 금 214,320,000원을 지급하였고, 장성군이 2002. 3. 30.자 기성고검사에서 위 공사의 기성고가 60%임을 확인한 후 그에 따른 기성금을 지급한 점(○○건설이 하천정화사업공사 전체를 시공하였는지 그 중 토공사 및 철근콘크리트공사만을 시공하였는지 여부는 불분명하나, ○○건설이 위 공사 중 일부분만을 시공하였다 하더라도 철근콘크리트공사, 토공사는 토목공사의 기초가 되는 점에서 철근콘크리트공사, 토공사 또한 최소한 60% 정도의 기성고를 보였으리라 추정된다), 위 공사현장의 책임자였던 윤○○이 경찰피의자신문당시 위 공사를 이어받아 2002. 4. 17.부터 같은 달 하순경까지 공사를 진행하였는데, 공정율이 76%에 이르렀다고 진술한 점, ○○건설의 대표이사 이○길이 원고가 위 공사와 관련하여 무리한 요구를 한다는 이유로 공사대금의 증액을 내용으로 하는 변경계약의 체결을 거절하였으나, 그의 동생인 이○일이 당시 투입된 공사비가 원래 계약금액을 초과하였다고 판단하고 위 증가된 공사비를 지급받기 위하여 ○○산업개발을 설립하여 다시 계약을 체결하기까지 한 점, 이○일이 원고 사무실을 방문하거나, 4차례에 걸쳐 내용증명우편을 발송하여 기성고에 따라 ○○사지 및 하천정화사업공사의 공사비를 정산할 것을 요구한 점, 이○길이 경찰피의자신문당시 '○○사지 공사에 대하여는 ○○건설이 원고에게 미지불 노무비 등을 지급하여야 하나, 하천정화사업공사에 대하여는 오히려 ○○건설이 원고로부터 미지급액을 지급받아야 한다고 주장한 점', 이○일이 윤○○현을 이 사건 선급금과 관련된 하도급공사비용 중 일부를 횡령하였다고 고소한 사건의 수사과정에서 윤○○이 이○일로부터 지급받은 금원을 공사비용으로 사용하였다는 사실을 입증하기 위하여 영수증 등의 관련자료를 제출하였는데, 담당 경찰관이 수사결과를 보고할 당시 옥천사지 및 하천정화사업공사의 자료들이 혼재해 있고, 건설공사의 특성상 위 자료들을 명백히 구분하기 어려워 보인다는 의견을 제시한 점, 원고가 ○○건설의 현장소장이었던 김○○를 상대로 제기한 민사소송에서 처음에는 어음금의 보증채무를 이행할 것을 청구원인으로 하였다가, 소송진행 과정에서 김○○가 관련증거들을 제시하며 김○○가 어음에 배서한 것은 선급금을 하천정화사업공사에 투입하지 않는 경우를 담보하기 위한 것이었다고 항변하자, 그때서야 청구원인의 내용을 선급금 반환 채무의 이행으로 변경하였으나, 설득력 있는 증거들을 제시하지 못한 점, 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에서 과세요건의 존재에 대한 입증책임이 처분청에 있는 점 등을 종합하면, ○○건설이 이 사건 선급금을 공사현장에 투입하여 공사비로 사용하였다고 봄이 상당하다. 따라서, 원고는 이 사건 선급금과 관련하여 어떠한 채권도 가지고 있지 아니하므로, 2002사업연도 법인세 부과처분 중 원고에게 ○○건설에 대한 선급금반환채권이 있음을 전제로 익금산입하여 이루어진 부분은 위법하다.

(2) ○○산업개발이 이 사건 세금계산서 공급가액 상당의 공사를 실제로 진행하였는지 여부에 대한 판단

살피건대, 앞서 인정한 바와 같이, 이○일이 2002. 3. 23. 관련면허를 양수하고 ○○산업개발의 대표이사에 취임한 후 2002. 4.경 ○○건설이 이 사건 하도급 공사를 포기한 이후부터 위 공사를 이어받아 진행하였으나, 2002. 4. 17.경 위 공사계약을 해지하여 이 사건 세금계산서의 공급가액인 금 231,97,380원 상당의 공사를 진행하기에는 그 기간이 너무 짧은 점(원고는 ○○산업개발의 대표이사인 이○일이 ○○건설의 직원으로 재직하던 2002. 1.경부터 실질적으로 이 사건 하도급공사를 진행하여 왔으므로, 사실상 ○○산업개발이 위 공사를 2002. 1.경부터 시공한 것으로 보아야 한다고 주장하나, 이○일이 ○○건설의 직원으로 재직하였던 기간에 진행한 공사는 그 시공자를 ○○건설이라고 보아야 할 것이지 아직 설립되지도 아니하였던 ○○산업개발이 위 공사를 시공하였다고 볼 수는 없다 할 것이다), ○○산업개발의 존속기간(2002. 1. 14.부터 같은 해 12. 31.까지) ○○산업개발이 발행한 세금계산서로는 이 사건 세금계산서가 유일하고, ○○산업개발이 2002. 4. 16. 원고와 하도급계약을 체결할 무렵 작성한 하도급공사내역서에는 도급금액 금 516,560,000원 중 재료비로 금 254,510,491원이 책정되어 있었으나, ○○산업개발의 2002 사업연도 법인세신고내역에는 공사수입금 227,272,728원 증 재료비가 전혀 포함되어 있지 않고, 전액 노무비에 해당하는 것으로 나와 있는 점, 이○길이 고소사건의 경찰피의자신문당시 '○○건설은 하천정화사업공사와 관련하여 선급금 201,000,000원과 ○○건설, ○○산업개발 명의로 입금된 기성금을 합산하여 약 금 450,000,000원 가량을 지급받았다고 진술한 점 등에 비추어 공급가액 금 210,882,163원 상당의 이 사건 세금계산서는 원고가 2002. 4. 15. 이 사건 하도급공사 현장의 노무비, 자재대금으로 직접 금 207,663,380원에 대한 것으로 보이는 점(원고는 원래 공급대가 금 250,000,000원 상당의 세금계산서를 ○○산업개발로부터 교부받았었으나, 2002년 제1기분 부가가치세 신고 당시 이를 제출하지 않고, 대신 이 사건 세금계산서를 제출하였다)등을 종합하면, ○○산업개발이 이 사건 세금계산서 공급가액 상당의 공사를 시행하지 아니하였고, 이 사건 세금계산서는 허위의 가공거래에 의한 것이라고 봄이 상당하므로, 2002년 1기분 부가가치세 및 2002사업연도 법인세 부과처분 중 위 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세 매입세액을 공제하지 아니하고, 손금에 산입하지 아니한 부분은 적법하다 할 것이다.

3. 2004년 2기분 부가가치세 부가처분 취소청구에 대한 판단

가. 원고의 주장

'○○군 ○○지구 지표수보강개발사업공사'는 1999. 7. 21.부터 2005. 12. 30.까지 진행된 장기간의 연차공사로, 원고는 ○○군으로부터 그 완성도에 따라 공사대금을 연차로 지급받았고, 원고 역시 그 하수급인인 ○○기초건설에게 그 공사대금을 기성고에 따라 확정한 후 이를 지급하였는바, 이는 부가가치세법 제9조 제2항, 같은 법 시행령 제22조 제2호에서 규정하고 있는 '완성도기준지급, 중간지급, 장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 용역의 공급시기로 보은 경우'에 해당하므로 원고와 ○○기초건설이 공사대금액을 구체적으로 확정한 2004. 11. 5.을 그 공급시기로 보아야 한다. 그럼에도 불구하고 피고가 이와 달이 ○○지구 철근콘크리트공사의 준공일인 2004. 4. 23.을 용역공급시기로 보아 ○○기초건설 세금계산서를 사실과 다른 것으로 보고 원고에 대하여 한 2004년 2기분 부가가치세 부과처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다

다. 판단

부가가치세법 제9조 제2항, 제4항은 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화·시설물 또는 권리가 사용되는 때로 하되, 그 공급시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제22조 제1호에는 용역의 공급시기에 관하여 통상적인 공급의 경우 역무의 제공이 완료되는 때라고 규정하고 있는바(부가가치세법 기본통칙 9-22-3에는 지급시기를 정하지 아니한 통상적인 건설용역의 공급시기는 당해 건설공사에 대한 건설용역의 제공이 완료되는 때이나, 다만 당해 건설용역 제공의 완료여부가 불분명한 경우에는 준공검사일이라고 되어 있다), 앞서 인정한 사실에 의하면, 이 사건 ○○지구 철근콘크리트공사는 위 시행령 제22조 제1호 소정의 통상적인 용역의 공급에 해당하여, 그 용역의 공급시기는 역무의 제공이 완료되는 때라 할 것이고, 건설용역의 제공이 완료되는 때는 원칙적으로 건축공사완료일이라 할 것이지만, 시기가 불분명할 경우에는 이 사건 ○○지구 철근콘크리트공사의 준공검사일인 2004. 4. 23.로 봄이 상당하다 할 것이다(원고는 갑 제4호증의 1내지 48에 의하면 위 공사가 완성도 기준지급 조건부로 용역을 계속적으로 공급한 경우에 해당한다고 주장하나, 위 각 자료에 의하더라도 ○○기초건설이 원고로부터 하도급받은 공사는 그라우팅공사, 상하수도공사, 철근콘크리트공사 등으로 구분되어지며, 공사계약내용 또한 일정시기에 위 각 공사를 완공하기로 하는 것임을 알 수 있다). 따라서, 피고가 이 사건 ○○지구 철근콘크리트공사의 준공검사일인 2004. 4. 23.을 위 공사용역의 공급시기로 보아 ○○기초건설 세금계산서에 기재된 용역공급시기가 사실과 다르다는 전제\uf85e하에서 한 2004년 2기분 부가가치세 부과처분은 적법하다 할 것이다.

4. 정당한 세액의 계산

이 사건 2002사업연도의 법인세 부과처분 중 원고가 ○○건설에 대하여 선급금반환채권을 가지고 있다고 보아 금 111,213,636원을 익금산입하여 산정된 부분은 위법하여 이를 취소하여야 할 것인바, 그에 따라 정당한 법인세액을 계산해 보면, 2002사업연도 법인세는 별지 2002사업연도 법인세 산출내역 기재와 같이 금 61,961,508원이 된다.

5. 결론

그렇다면, 이 사건 원고의 청구는 2002사업연도 법인세 금 102,473,323원의 부과처분 중 금 61,961,508원을 초과하는 범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 원고의 나머지 청구는 이유 없어 이를 각 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.