가. 원고는 2009. 6. 17. 피고의 공사입찰에 참가하여 낙찰을 받았고, 2009. 6. 22. 피고와 다대공공하수처리시설 설치공사(이하 이 사건 공사라고 한다) 도급계약을 체결하였는데 구체적인 계약 내용은 다음과 같다.

공사명: 다대공공하수처리시설 설치공사 계약금액: 1,916,170,980 공공기관: 경기도 여주군 상하수도사업소 착공연월일: 2009. 7. 1. 준공연월일: 2010. 9. 24. 공사기간: 착공 후 금차450일, 총 450일 계약자는 입찰시 공시한 공사입찰유의서, 공사입찰특별유의서, 청렴계약입찰특별유의서, 설계서 및 현장설명 사항과 공사계약일반조건, 공사계약특수조건, 청렴계약특수조건, 공동수급협정서, 산출내역서(하도급 사항 포함) 및 붙임 전자계약 확약사항이 이 계약의 일부분임을 확인하며 신의에 따라 성실하게 계약상의 의무를 이행한다.

나. 피고는 다음과 같은 사유로 수차례에 걸쳐 원고에게 이 사건 공사 중지를 요청하였다.

중단 기간 사유 2009. 7. 17. ~ 2009. 8. 31. 사업인가 승인지연에 따른 행정절차 미이행 2009. 12. 22. ~ 2010. 3. 2. 동절기에 따른 중지 2010. 11. 8. ~ 2010. 12. 9. 처리장 구조물기초 연약지반 구조검토 2010. 12. 22. ~ 2011. 3. 2. 동절기에 따른 중지 2011. 3. 16. ~ 2011. 7. 22. 오수관거 시공방법 결정 및 관급자재 납품완료

다. 피고와 원고는 이 사건 공사와 관련하여 2회에 걸쳐 설계변경 동의서를 작성하였다.

2011. 6. 설계변경에는 하수처리시설(하수처리시설 처리장 지반조사 결과, 하수처리장 연약지반치환공사)과 오수관로의 변경내용이 포함되어 있고, 2011. 9. 설계변경에는 오수관로와 부대공[관로 표시 못 누락분, 차선도색 공법변경, 제2호 맨홀펌프장 하천구간 옹벽복구공, 선택층재 운반비 누락분, 상수도 이설공사(A, I...