과점주주는 해당 법인의 재산을 사실상 임의처분하거나 관리·운용할 수 있는 지위에 있게 되어 실질적으로 그 재산을 직접 소유하는 것과 다르지 않다고 보아 위와 같은 조항을 둔 것이다. 그러나 이미 해당 법인이 취득세를 부담하였는데 과점주주에 대하여 다시 동일한 과세물건을 대상으로 간주취득세를 부과하는 것은 이중과세에 해당할 수 있기 때문에, 모든 과점주주에게 간주취득세를 부과해서는 안 되고 의결권 등을 통하여 주주권을 실질적으로 행사하여 법인의 운영을 사실상 지배할 수 있는 과점주주에게만 간주취득세를 부과하는 것으로 위 조항을 제한적으로 해석하여야 한다. 따라서 주주명부에 과점주주에 해당하는 주식을 취득한 것으로 기재되었다고 하더라도 주식에 관한 권리를 실질적으로 행사하여 법인의 운영을 지배할 수 없었던 경우에는 간주취득세를 낼 의무를 지지 않는다고 보아야 한다.

1. 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제105조 제6항 전문은 과점주주의 간주취득세에 관하여 ‘법인의 주식을 취득함으로써 과점주주가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산 등을 취득한 것으로 본다.’고 정하고 있다. 여기에서 과점주주란 구 지방세법 제22조 제2호 에 정한 바와 같이 주주 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자의 소유주식의 합계가 해당 법인의 발행주식 총수의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자를 말한다.

과점주주는 해당 법인의 재산을 사실상 임의처분하거나 관리·운용할 수 있는 지위에 있게 되어 실질적으로 그 재산을 직접 소유하는 것과 다르지 않다고 보아 위와 같은 조항을 둔 것이다. 그러나 이미 해당 법인이 취득세를 부담하였는데 그 과점주주에 대하여 다시 동일한 과세물건을 대상으로 간주취득세를 부과하는 것은 이중과세에 해당할 수 있기 때문에, 모든 과점주주에게 간주취득세를 부과해서는 안 되고 의결권 등을 통하여 주주권을 실질적으로 행사하여 법인의 운영을 사실상 지배할 수 있는 과점주주에게만 간주취득세를 부과하는 것으로 위 조항을 제한적으로 해석하여야 한다. 따라서 주주명부에 과점주주에 해당하는 주식을 취득한 것으로 기재되었다고 하더라도 그 주식에 관한 권리를 실질적으로 행사하여 법인의 운영을 지배할 수 없었던 경우에는 간주취득세를 낼 의무를 지지 않는다고 보아야 한다.

2. 원심판결 이유와 원심이 채택한 증거에 따르면, 다음 사실을 알 수 있다.

가. 주식회사 캐비드(이하 ‘이 사건 회사’라 한다)는 용인시 기흥구 (주소 생략) 외 27필지에 아파트를 건축하는 사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)을 시행하려던 회사이고, 에스티엑스건설 주식회사(이하 ‘STX건설’이라 한다)는 위 사업을 시공하려던 회사이다.

나. 이 사건 회사는 2009. 1. 1.경 보통주식 30,000주를 발행하였는데, 주식보유현황은 원고가 15,000주(50%), 소외 1이 9,000주(30%), 소외 2가 6,000주(20%)였다(이하 위 주식 중 소외 1, 소외 2 소유의 주식 15,000주를 ‘이 사건 주식’이라 한다).

다. 이 사건 회사는 이 사건 사업 부지를 우리은행에 담보로 제공하고 대출을 받았는데, 아파트 건축사업 승인이 지연되어 대출금의 이자를 지급하지 못하는 등 경영난을 겪고 있었다. 이 사건 회사의 주주들은 회사의 부도를 막기 위하여 위 대출금 채무를 연대보증한 STX건설에 이 사건 사업 부지와 이 사건 회사의 경영권을 양도하기로 하였다.

라. 이에 따라 원고, 소외 1, 소외 2는 2009. 11.경 STX건설에 자신들이 소유하던 이 사건 회사의 주식을 양도하기로 하는 내용의 사업권 양도·양수에 관한 합의서와 주식양도·양수계약서 초안을 작성하였다.

마. 그런데 STX건설은 사업권 양도·양수 합의 과정에서 우발채무 발생 등의 문제가 생길 것을 우려하여 원고에게 소외 1, 소외 2 소유의 이 사건 주식을 일단 원고 명의로 양수한 다음 원고 단독 명의로 이 사건의 회사 주식을 STX건설에 다시 양도해 줄 것을 요구하였고, 그 주식 가액은 이 사건 회사의 경영 상태와 세금 문제 등을 고려하여 STX건설의 요구에 따라 1주당 1원으로 책정하였다.

바. 원고는 STX건설의 요구대로 2009. 12. 18. 소외 1과 소외 2로부터 이 사건 주식을 양수하여 이 사건 회사의 주주명부상 원고를 100% 주주로 등재한 다음 그로부터 6일이 지난 2009. 12. 24. 원고의 지분을 포함한 이 사건 회사 주식 전부를 STX건설에 양도하였다.

사. 피고는 2012. 9. 14. 원고에게 소외 1과 소외 2로부터 이 사건 주식을 추가로 취득함에 따라 과점주주가 되었다는 이유로 구 지방세법 제105조 제6항 에 따라 이 사건 회사의 건설용지 가액 16,248,648,830원을 과세표준으로 하여 취득세 484,534,690원, 농어촌특별세 48,453,450원 합계 532,988,140원을 부과하는 이 사건 처분을 하였다.

3. 이러한 사실관계에서 알 수 있는 다음과 같은 사정을 위에서 본 법리에 비추어 살펴보면, 원고가 이 사건 주식을 취득함으로써 간주취득세를 부담하는 과점주주가 되지는 않으므로, 이와 다른 전제에 있는 이 사건 처분은 위법하다.

원고가 이 사건 주식을 그 명의로 양수하여 명의개서를 한 것은 주식을 취득하여 주주권을 행사할 의사가 없었는데도 STX건설의 요청으로 일시적으로 주주명부상 주식을 취득한 것으로 해두었다가 STX건설에 곧바로 그 명의를 이전하기 위한 것으로 볼 수 있다. 실제로 원고는 자신의 이름으로 명의개서를 한 날부터 6일이 지나 곧바로 이 사건 주식 전부를 STX건설에 양도하였다. 이 사건 주식을 원고 명의로 양수한 날부터 STX건설에 양도하기까지의 기간 동안 원고가 STX건설의 의사에 반하여 이 사건 주식의 주주권을 실제로 행사할 수 있는 지위에 있지 않았다. 이와 같이 원고 명의로 이 사건 주식을 양수한 경위와 목적, 이후 이 사건 주식 양도 경과 등을 종합하면, 원고가 이 사건 주식을 취득하여 그 주식 비율의 증가분만큼 이 사건 회사의 운영에 대한 지배권이 실질적으로 증가함으로써 간주취득세를 부담하는 과점주주가 되었다고 보기 어렵다.

원심이 같은 취지에서 원고가 이 사건 주식의 명의를 이전받은 것만으로 간주취득세를 부담하는 과점주주라고 할 수 없으므로, 원고가 이러한 과점주주임을 전제로 한 이 사건 처분이 위법하다고 판단한 것은 옳다. 원심의 판단에 상고이유 주장과 같이 간주취득세를 부담하는 과점주주에 관한 법리 등을 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 없다.

4. 피고의 상고는 이유 없으므로 이를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여, 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.