가.청구인은 서울특별시 OOO(이하 “쟁점상가”라 한다)에서 “OOO”이란 상호로 부동산 임대업을 영위하는 개인사업자로서, 2014.12.10. 청구인이 대표이사로 재직하고 있는 주식회사 OOO사무소(이하 “OOO사무소”이라 한다)와 쟁점상가에 대한 창고, 주방배관, 수도배관 설치공사(이하 “쟁점공사”라 한다)의 도급계약을 체결하고, 2015.6.30. 공사대금 OOO원에 대한 세금계산서 2매를 수취하여 OOO원의 환급을 구하는 부가가치세 확정신고서를 2015.7.22. 처분청에 제출하였다.

나. 처분청은 청구인에 대하여 2015.8.11.부터 2015.8.13.까지 부가가치세 환급 현지확인을 실시하여, 공사대금 중 폴딩도어 부분 OOO원을 제외한 OOO원(이하 “쟁점공급가액”이라 한다)을 용역의 공급 없이 수취한 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하고,주식회사 OOO(이하 “임차법인”이라 한다)와의 임대차계약서를 근거로 2015년 1월부터 2015년 5월까지의 임대료 OOO원(이하 “쟁점임대료”이라 한다)을 부가가치세 신고누락한 것으로 보아 2016.1.13.청구인에게 2015년 제1기 부가가치세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2016.2.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) OOO사무소가 중소기업에 해당하여 공사가 완료된 시점인 2015년 6월에 세금계산서를 발행하였고, 수급법인인 OOO사무소의 재고자재로 쟁점공사를 한 정당한 거래이다.

(가) 쟁점공사는 OOO사무소가 2011년 OOO등으로부터 매입하여 재고로 보유하고 있던 OOO원의 자재와 폴딩도어OOO원, 수급법인의 직원 및 OOO 등에게 OOO원을 지급하면서 제공한 건설용역이다.

(나) 쟁점공사는 2011년 11월부터 2015년 6월까지 조금씩 공사가 진행되었으나, 담당직원이 착오로 공사기간을 2014.12.10.～2015.3.2.로 잘못 표시한 것이며, 견적서에 적혀있는 냉장고 또한 닥트공사를 잘못 기재한 것이다.

(다) 처분청이 총 OOO원의 세금계산서 금액 중 수급법인이 2015년에 세금계산서를 수취한 폴딩도어 부분 OOO원만을 매입거래로 인정하고, 재고자재나 인건비 투입 부분인 쟁점공급가액에 대하여는 매입세액을 불공제하였는바, 이는 실질과세원칙을 위반한 것이므로 취소되어야 한다.

(2) 쟁점임대료는 공사가 완료된 시점 이후 지불하기로 하여 2015년 6월부터 임대료를 계산하는 것이 타당하다.

(가) 처분청은 임차법인의 사업자등록 신청서류에 첨부된 임대차계약서에 기재된 월세 OOO원을 근거로 하여 매출누락 OOO원을 과세하고 있으나, 해당 임대차계약서는 사업자등록증을 받기 위하여 임의로 작성하여 제출된 것이다.

(나) 사실상의 임대차계약은 불복청구서에 첨부된 바와 같이 쟁점공사가 완료된 이후인 2015년 6월분부터 임대료를 수령하기로 한 것이므로, 임의로 작성된 계약서를 근거로 부가가치세 임대료 매출 과세표준을 산정한 당초 처분은 실질과세원칙을 위반한 것이므로 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점매입에 대한 세금계산서는 재고자재로 실공사하고 발행된 것이라는 주장에 대하여

(가) 청구인은 OOO사무소의 대표이사로서 특수관계인에 해당하고, 거래내용을 살펴본바, 계약서에 대금지급 시기가 없고, 대금지급내역을 당초 환급검토 단계에서는 2014.12.10.부터 2015.7.30.까지 27차례 OOO원 지급하였다고 소명하였다가 현지확인시에는 2014.8.27.부터 2015.8.11.까지 7차례 OOO원 지급하였다고 번복하였다.

또한, OOO사무소의 계좌를 보면 입금 즉시 급여 등으로 지출되고, 일정금액을 쌓이면 청구인에게 다시 이체되어 반환하는 등 그 성격이 공사대금으로 지급되었다기 보다는 가수금과 그 반제의 성격이 강하여 송금액이 공사비로 지출되었는지 여부가 불분명하다.

(나) 청구인은 수급법인인 OOO사무소의 공사관련 매입내역이 없는 것과 관련하여 2011년 이후 재고자재와 무자료 매입자재로 공사하였다고 주장하며 2011년 세금계산서와 청구인의 통장거래내역을 제출하였으나, OOO사무소의 2011년 이후 재무제표상 재고자산은 없으며, 제출한 통장거래내역은 청구인의 개인통장이므로 OOO사무소의 매입으로 볼 수 없다.

(다) 공사내역서에 의하면 재료비 및 경비가 OOO원 소요되었다고 기재되어 있으나, OOO사무소의 매입내역은 폴딩도어 OOO원 외에는 없으므로 매입자료가 확인되지 않은 부분을 OOO사무소에서 공사하였다고 보기 어렵다(수급법인인 OOO사무소의 공사매입자료가 공사내역서와 일치하여야 공사내용이 사실임을 확인할 수 있음).

또한, 공사내역서에 기재된 카운터, 간판, 가구·집기 등은 임차인이 부담할 성격의 자산으로 청구인의 부동산 임대업과 관련성이 없다.

(라) 쟁점상가는 112호, 113호 두개의 상가를 합하여 49㎡ 규모로 중식당 홀로 사용되고 있으며, 설거지를 위한 가로 1미터의 싱크대 외에는 다른 주방시설이 없다.

쟁점상가에서 제공되는 음식은 청구인이 동일 상가 162호에서 청구인 개인명의로 운영하고 있는 OOO의 주방시설에서 음식을 조리하여 고객에게 제공된 것으로 확인되었다.

(마) 주방공사와 관련하여 1미터의 싱크대 1대가 전부이나 공사비용이 OOO원에 이르러 비용과다지출 여부에 대하여 문답한바, 수도설비 미비로 비용이 많이 소요되었다고 주장하나 수도공사는 주방공사와 별도의 공사비용으로 OOO원이 계상되어 있어 주방공사가 있었다고 인정하기 어렵다.

(바) 청구인이 쟁점공사의 동일한 수급법인인 OOO사무소와 쟁점상가와 동일한 건물에 위치한 OOO(24.24㎡) 내부공사에 대하여 계약한 공사대금이 OOO원임에도 비슷한 규모의 공사인 쟁점상가[112호(24.67㎡), 113호(24.33㎡)]에 대하여 OOO원에 이르는 과다한 공사비를 계상하였다.

(사) 공사내역서의 냉장고 자재비 OOO원과 관련하여 닥트공사를 오기하였다고 주장하나, 2015.8.26. 작성한 문답서에 의하면 2011년 (주)OOO로부터 OOO원에 매입하여 창고에 보관하였다가 2015년 쟁점공사에 사용하였다고 답변한 점으로 보아 신빙성이 없다.

(아) 위와 같은 제반 사실관계로 볼 때 쟁점공급가액은 용역의 공급 없이 교부된 세금계산서 금액으로 관련 매입세액을 불공한 당초 처분은 정당하다.

(2)부동산 임대료를 2015년 6월부터 계산해야 한다는 주장에 대하여

(가) 청구인은 임차법인의 대표로 사업자등록 신청시 2014.9.20. 작성한 보증금 OOO원 월세 OOO원의 계약서를 제출하였고, 2015.8.26. 작성한 문답서에 의하면 임차법인와의 임대차 계약내용은 사업자등록 신청시 제출된 임대차계약서대로라고 답변하였다.

(나) 이후 변경되었다고 주장하면서 제출한 임대차 계약서를 살펴보면, 2015.1.4.에 작성되었다고 기재되어 있고 임차인인 임차법인의 사업자등록번호(746-87-****)가 기재되어 있다.

(다) 그러나, 임차법인은 2015.3.3.에 사업자등록을 하여 상기 계약서 작성시기인 2015.1.4.에는 사업자등록번호가 발급된 사실이 없어 계약서에 기재될 수 없고, 또한, 임차법인의 신용카드 매출이 2015년 3월부터 발생되어 정상적으로 음식점 영업을 한 것으로 확인됨에도 2015년 5월까지는 임대료를 지불하지 않는다는특약사항을 계약서에 기재한 것은 환급 현장확인에 의해 부동산 임대료과표누락이 발견되자 과세를 피하고자 사후에 작성된 것으로 보인다.

(라) 따라서, 당초 제출된 부동산 임대차계약서를 근거로 임대료 매출누락을 결정한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1)쟁점공급가액에 대하여 가공거래로 보아 매입세액을 불공제한 처분의 당부

(2)부동산 임대료 매출누락 여부

나.관련 법령

(1) 부가가치세법

제4조【과세대상】부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 과세한다.

1. 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급

2. 재화의 수입

제11조【용역의 공급】① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

1. 역무를 제공하는 것

2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것

② 제1항에 따른 용역의 공급의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제12조【용역 공급의 특례】② 사업자가 대가를 받지 아니하고 타인에게 용역을 공급하는 것은 용역의 공급으로 보지 아니한다. 다만, 사업자가 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 "특수관계인"이라 한다)에게 사업용 부동산의 임대용역 등 대통령령으로 정하는 용역을 공급하는 것은 용역의 공급으로 본다.

제39조【공제하지 아니하는 매입세액】① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1.제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

제59조【환급】① 납세지 관할 세무서장은 각 과세기간별로 그 과세기간에 대한 환급세액을 확정신고한 사업자에게 그 확정신고기한이 지난 후 30일 이내(제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 15일 이내)에 대통령령으로 정하는 바에 따라 환급하여야 한다.

②제1항에도 불구하고 납세지 관할 세무서장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하여 환급을 신고한 사업자에게 대통령령으로 정하는 바에 따라 환급세액을 조기에 환급할 수 있다.

1.사업자가 제21조부터 제24조까지의 규정에 따른 영세율을 적용받는 경우

2.사업자가 대통령령으로 정하는 사업 설비를 신설·취득·확장 또는 증축하는 경우

제57조【결정과 경정】① 납세지 관할 세무서장, 납세지 관할 지방국세청장 또는 국세청장(이하 이 조에서 "납세지 관할 세무서장등"이라 한다)은 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에만 해당 예정신고기간 및 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정한다.

1.예정신고 또는 확정신고를 하지 아니한 경우

2.예정신고 또는 확정신고를 한 내용에 오류가 있거나 내용이 누락된 경우

3.확정신고를 할 때 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표에 기재사항의 전부 또는 일부가 적혀 있지 아니하거나 사실과 다르게 적혀 있는 경우

4.그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 부가가치세를 포탈(逋脫)할 우려가 있는 경우

(2) 부가가치세법 시행령

제103조【결정·경정 사유의 범위】① 법 제57조 제1항 제4호에서 “대통령령으로 정하는 사유로 부가가치세를 포탈(逋脫)할 우려가 있는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1.～4. (생 략)

5.법 제59조 제2항에 따른 조기환급 신고의 내용에 오류가 있거나 내용이 누락된 경우

다. 사실관계 및 판단

(1)청구인은 2011.7.29. OOO 주식회사로부터 쟁점상가(112호 24.67㎡, 113호 22.14㎡)를 배우자인 최OOO와 공동명의로 취득하였고 2015.5.13. 청구외 손OOO에게 양도한 것이 등기사항전부증명서상에 나타난다.

(2) 국세통합시스템 상으로 확인되는 쟁점상가의 사업자등록 내역은 2011.4.1. 청구인이 OOO이란 상호로 임대업 사업자등록을 하였고, 현재 청구인이 대표이사인 임차법인이 2015.3.3. 중식당으로 법인 사업자등록을 하였고, 청구인은 쟁점상가 임대 외에도 같은 층 122호 임대, 228호 임대, 162호 중국음식점(2013.1.8. 개업한 개인사업자 OOO), 쟁점상가 중국음식점(2015.3.3. 개업한 임차법인), 205호 OOO사무소(2010.12.3. 개업, 쟁점공사의 수급법인)를 운영하고 있다.

(3)처분청의 부가가치세 현장확인 복명서에는 쟁점상가 세금계산서 금액OOO원 중 폴딩도어 부분 OOO원을 제외한 OOO원을 실제 용역을 공급받지 않고 수취한 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하였고, 임대료 과세표준 누락에 대하여 임차법인과의 계약서를 근거로 OOO원을 과세하였으며, 종결복명서와 그 첨부서류에 나타나는 주요 사실관계는 다음과 같다.

(4)처분청의 2015.8.13. 부가가치세 현장확인시 청구인과문답한 주요 내용은 다음과 같다.

(5)서울특별시 OOO과의 시설조사보고서에 의하면 쟁점상가 내부는 6㎡의 조리장과 43㎡의 객석만 있는 것으로 나타난다.

(6) 청구인의 과세전적부심사청구와 관련하여 제출한 보정요구 자료에 따르면, 청구인이 쟁점공사 대가로 지급했다고 제출한 금액들은 공사기간 전, 후를 불문하고 모두 수급법인의 가수금 계정으로 회계처리되었고, 선수금이나 매출채권, 공사수익 등으로 계상되지 않은 것으로 나타나며, 수급법인은 2012년부터 공사수익이 없었고 공사원가명세서를 재무제표로 제출하지 않았다.

(7) 청구인은 2015.2.6. 쟁점상가와 같은 상가에 소재한 228호(24.24㎡)를 OOO원에 양도하였는바, 양도소득세 신고서에는 2015.1.4.자로 발행된 세금계산서 OOO원이 자본적 지출로 기재되어 있고, 납부세액은 없다.

한편, 쟁점상가의 양도소득세 신고서에는 쟁점공사 OOO원이 자본적 지출로 계상되어 있고, 차감 납부할 세액은 OOO원으로 기재되어 있다.

(8) 청구인이 과세전적부심사청구시 첨부한 임차법인과의 임대차계약서는 작성일자 2015.1.4., 보증금 OOO원, 월세 OOO원, 임차법인 사업자번호(746-87-*****, 2015.3.3. 사업자등록으로 부여된 것임)가 기재되었고, 특약란에는 “공사가 늦어질 경우 임대료를 지급하지 않는다”고 기재되어 있다.

(9) 청구인이 제출한 2011년 재고자재 매입세금계산서 내역은 아래 <표1>과 같다.

(10) 청구인이 제출한 2014년 부외경비 지급내역은 아래 <표2>와 같다.

(11)이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여,

(가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다.

과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 입증책임은 과세관청에게 있고, 세금계산서가 사실과 다른 허위의 것이라는 점에 대한 입증책임 역시 원칙적으로 과세관청에게 있으므로, 과세관청으로서는 이에 관하여 직접 증거 또는 제반 정황을 토대로 그 세금계산서가 실물거래를 동반하지 않은 것이라는 등의 허위성에 관한 입증을 하여야 할 것이고, 다만 납세의무자가 신고한 어느 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 실지비용인지 여부가 다투어지고 납세의무자가 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 증명된 경우와 같은 특별한 사정이 있는 때에 한하여, 예외적으로 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 관하여장부와 증빙 등 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있는 것(대법원 2014.9.25. 선고 2014두8284 판결 등 참조)인바,

공사기간이 계약서, 공사비 내역서, 청구인이 주장하는 기간이 각각 달라 실제 공사기간이 언제인지 확인되지 않는 점, 청구인의 주장대로 쟁점공사가 2011년부터 시작된 장기공사라 하더라도 공사원가는 모두 2011년에 인식하고 공사수익은 모두 2015년 6월에 인식하는 것이 일반적으로 회계나 세법상 인정되기 어려운 점, 싱크대 외의 주방시설이 없는 쟁점상가에 냉장고 등 가전제품을 매입하였다고 하였다가 닥트공사라고 주장을 번복한 점, 각 공사현장별로 공사원가를 작성하지 않아 수급인의 직원 중 누가 쟁점공사에 투입되었는지와 얼마의 인건비를 배부해야하는지를 알 수 없는 점, 무자료 매입용역에 대한 증빙으로 제출한 계좌내역도 수급인의 계좌에서 지출된 것이 아닌 점, 환급현장확인시 청구인이 공사대금 지급이라고 제출한 증빙은 수급법인의 총계정원장에 공사선수금이나 매출채권의 반제로 회계처리하지 않고 모두 가수금으로 계상하고 있어 실제 공사대금이 지급되었다고 인정하기도 어려운 점 등에 비추어 처분청이 쟁점공급가액을 용역의 공급 없이 수취한 세금계산서 상의 금액으로 보아 매입세액을 불공제한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(나) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다.

처분청의 환급현장확인시 작성된 문답서에 쟁점상가의 임대차 내역은 임차인이 제출한 임대차 계약대로라고 답변한 점, 2015.1.4. 작성된 임대차계약서에 2015.3.3. 부여된 임차법인의 사업자등록번호가 기재된 것으로 보아 동 계약서는 사후적으로 작성된 것으로 보이는 점 등에 비추어 임차법인이 사업자등록 신청시 제출한 임대차계약서 내용에 따라 매출 과세표준 OOO원을 신고누락한 것으로 하여 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호 의하여 주문과 같이 결정한다.