2. 소송비용은 피고가 부담한다.

가. 원고 회사는 2000. 3. 17.경 원고 회사의 임원인 소외 1, 2에게 각 원고 회사의 기명식 보통주 30,000주에 관한 주식매수선택권을 부여하기로 하고 그들과 사이에 이에 관한 계약을 체결하면서, 행사가격은 주당 6,300원, 행사시기는 2003. 3. 17.부터 2010. 3. 16.까지로 하되, 소외 1과 소외 2가 주식매수선택권을 행사할 경우 원고 회사는 신주를 발행하거나 기존에 취득한 자기주식을 교부하기로 약정하였다(이하 ‘이 사건 계약’이라 한다).

나. 이 사건 계약에 따라, 소외 1은 2005. 9. 7. 10,000주에 관하여, 소외 2는 2005. 11. 4. 20,000주에 관하여 각 주당 6,300원에 주식매수선택권을 행사하였고, 이에 원고 회사는 2005. 5.경 취득하여 놓은 원고 회사의 자기주식 10,000주를 소외 1에게, 20,000주를 소외 2에게 각 교부하였다.

다. 소외 1, 2가 각 주식매수선택권을 행사한 날 원고 회사 주식의 시가는 각 19,800원, 24,500원이었는데, 원고 회사는 소외 1, 2에게 교부한 주식의 시가와 행사가의 차액에 행사주식수를 곱하여 산정한 499,000,000원을 자기주식처분손실로 회계처리하였다.

라. 원고 회사는 2006. 3.경 2005 사업연도분 법인세를 신고·납부하기 위하여 세무조정을 하면서, 소외 1과 소외 2의 각 주식매수선택권 행사에 따른 원고 회사의 손실 중 1인당 행사가액 각 5,000만 원을 초과하는 부분에 해당하는 합계금액 247,412,699원(이하 ‘이 사건 손금불산입액’이라 한다)을 부당행위계산 부인되는 것으로 보아 손금불산입 처리한 다음, 이에 상응하는 법인세 61,853,175원을 나머지 2005 사업연도분 법인세와 함께 신고·납부하였다.

마. 원고 회사는 2008. 4. 30.경 피고에게 위 손금불산입액은 부당행위계산부인에 의하여 손금불산입 처리될 것이 아님에도 이를 착오하였다는 이유로 2005 사업연도분 법인세 중 위 금액에 상응하는 법인세 61,853,175원을 감액하여 달라는 취지의 경정청구를 하였으나, 피고는 2008. 5. 19.경 조세제한특례법 제15조 제1항 을 근거로 원고 회사의 이 사건 자기주식처분은 부당행위에 해당한다고 판단하여 원고 회사의 경정청구를 거부하는 결정을 하고, 원고 회사에게 이를 고지하였다(이하 ‘이 사건 거부처분’이라 한다).

바. 이에 원고 회사는 2008. 6. 19. 조세심판원에 이 사건 거부처분의 취소를 구하는 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2008. 11. 28. 원고 회사의 심판청구를 기각하는 결정을 하였다.

[인정근거] 갑 제1호증의 1, 2, 갑 제2 내지 4호증, 갑 제5호증의 1, 2, 갑 제6호증, 을 제2호증의 1의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 주장 및 판단

가. 원고 회사의 주장

이 사건 거부처분은 다음과 같은 사유로 위법하므로 취소되어야 한다.

(1) 피고가 이 사건 거부처분의 사유로 삼은 조세특례제한법(2000. 12. 29. 법률 제6297호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제15조 제1항 은 그 규정에 정한 요건을 갖춘 임직원의 주식매수선택권 행사 결과 임직원이 얻은 소득에 대하여 비과세의 특례를 부여하면서 이에 대하여는 법인세법에 의한 부당행위계산 부인규정을 적용하지 아니한다는 것을 명시한 것에 불과하고, 그 규정에 정한 특례한도액을 초과하는 부분에 대하여 법인세법에 의한 부당행위계산 부인규정의 요건을 완화한 취지는 아니므로, 위 특례한도액을 초과하는 부분에 대하여 부당행위계산 부인의 개별적 요건을 모두 갖추었는지에 관한 판단 없이 이를 부당행위로 간주할 수 없고,

(2) 나아가 이 사건 계약 당시를 기준으로 판단할 때, 소외 1과 소외 2가 2005 사업연도에 이 사건 계약에서 정한 가격으로 주식매수선택권을 행사함으로써 원고 회사가 손실을 입게 되었다 하더라도, 이 사건 계약과 그에 따른 이행행위가 경제적 합리성을 결여한 부당행위라고 볼 수 없으므로, 이 사건 손금불산입액은 손금에 산입되어야 한다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 원고 회사의 가.(1)항 주장에 관한 판단

조세특례제한법(이하 ‘법’이라고 한다)은 조세의 감면 또는 중과 등 조세의 특례와 이의 제한에 관한 사항의 규정을 목적으로 하는 것이고( 제1조 ), 여기서의 조세특례라 함은 일정한 요건에 해당하는 경우의 특례세율의 적용, 세액감면, 세액공제, 준비금의 손금산입 등의 조세감면과 특정목적을 위한 익금산입, 손금불산입 등의 중과세를 말하는 것인 점( 제2조 제1항 제8조 ), 이러한 법의 입법취지에 기초하여 법 제15조 , 법 시행령(2000. 12. 29. 대통령령 제17034호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제13조 는 주권상장법인의 종업원이 2003년 12월 31일까지 부여받은 주식매수선택권을 행사함으로써 얻은 이익은 근로·사업소득이나 기타소득에서 제외하고, 종업원 1인당 연간 주식매입가액 5,000만 원의 한도에서는 법인세법 제52조 의 규정을 적용하지 아니한다고 규정하고 있는바, 법의 입법취지 및 체계, 관련규정의 문언 등을 고려하여 볼 때, 법 제15조 의 규정은 창업법인 등의 설립·경영과 기술혁신에 기여하는 종업원들에 대하여 주식매수선택권을 부여하는 것을 장려하고 이를 조세정책적으로 뒷받침하기 위하여 종업원이 주식매수선택권 행사로 얻은 이익에 대하여 비과세의 특례를 부여하면서, 그 비과세 특례한도에 해당하는 부분에 대하여는 이를 실효성 있게 보장하기 위하여 법인세법상의 부당행위계산 부인규정을 적용하지 않는다는 뜻을 소극적으로 명시한 것에 불과하므로, 위 규정 후단을 그 특례한도액을 넘는 이득액에 대하여 법인세법 제52조 의 부당행위계산 부인규정 자체의 요건을 완화하는 것으로 해석할 수 없다. 따라서 법 제15조 규정에 의하더라도 주권상장법인의 종업원이 2003년 12월 31일까지 부여받은 주식매수선택권을 행사한 경우에 1인당 연간 행사가액 5,000만 원의 한도까지는 일률적으로 법인세법 제52조 의 규정의 적용을 배제하여 법인세를 감면하되, 위 특례에 정한 요건에 해당하지 않는 경우 즉, 1인당 연간 행사가액 5,000만 원을 초과하는 부분에 관하여는 원칙으로 돌아가 그것이 법인세법 제52조 의 적용대상이 되는지 여부를 따져보아야 하는 것이다.

따라서, 이 점에 관한 원고 회사의 주장은 이유 있다.

(2) 원고 회사의 가.(2)항 주장에 관한 판단

법인세법 제52조 에 정한 부당행위계산 부인이란 법인이 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 법인세법 시행령 제88조 제1항 각호 에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이고, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하여야 할 것이다.

구 증권거래법(자본시장과 금융투자업에 관한 법률 부칙 제2조에 의하여 2009. 2. 4. 폐지되기 전의 것, 이하 같다) 제189조의4 , 동법 시행령(자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 부칙 제2조에 의하여 2009. 2. 4. 폐지되기 전의 것, 이하 같다) 제84조의6 , 동법 시행규칙(2000. 11. 21. 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제36조의8 에 의하면, 주권상장법인은 정관에서 주식매수선택권을 부여할 수 있다는 뜻, 주식매수선택권의 행사로 교부할 주식의 종류와 총수, 주식매수선택권을 부여받을 자의 자격요건을 정하여 놓은 경우 발행주식총수의 15/100 한도 내에서 주식매수선택권을 부여받을 자의 성명 및 각각에 대하여 교부할 주식의 종류와 수, 주식매수선택권의 부여방법, 행사가격, 행사기간에 관하여 주주총회의 특별결의를 거쳐 임직원에게 주식매수선택권을 부여할 수 있고, 주식매수선택권을 부여받은 자는 위 주주총회의 특별결의일부터 2년 이상 재임 또는 재직한 경우에 한하여 위 결의일부터 3년이 경과한 이후부터 정관에서 정한 행사만료일까지 이를 행사할 수 있으며, 주식매수선택권의 행사방법으로는 미리 정한 행사가격으로 신주를 발행하여 교부하거나 자기주식을 교부하는 방법과 미리 정한 행사가격과 시가와의 차액을 현금 또는 자기주식으로 교부하는 방법이 가능하고, 여기서의 행사가격과 시가는 구 증권거래법 시행규칙 제84조의9 제2항 에 정하는 방법에 의하여 산정한 가액 이상으로 정하도록 규정하고 있는바, 앞서 든 증거 및 갑 제8호증의 1, 2의 각 기재와 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고 회사는 정관에서 주식매수선택권을 부여함에 있어 필요한 사항을 모두 정하여 이를 등기한 사실, 원고 회사는 소외 1, 2에게 주식매수선택권을 부여함에 있어 각각에 대하여 교부할 주식의 종류와 수, 주식매수선택권의 부여방법, 행사가격, 행사기간에 관하여 주주총회의 특별결의를 거친 다음 소외 1, 2와 사이에 이 사건 계약을 체결한 사실, 이 사건 계약 당시 원고 회사의 발행주식총수는 4,000만 주로서 그 15/100에 해당하는 600만 주의 한도 내에서 소외 1, 2를 비롯한 임직원들에게 주식매수선택권을 부여한 사실, 이 사건 계약체결 당시의 구 증권거래법 시행규칙 제84조의9 제2항 에 정한 방법에 따라 평가한 원고 회사 주식의 시가가 6,238원이었으므로 이 사건 계약에서 행사가격을 주당 6,300원으로 정한 사실, 이 사건 계약체결 후 소외 1은 2003. 3. 5.까지, 소외 2는 2004. 1. 16.까지 각 원고 회사에 재직한 사실, 이 사건 계약에 따라 소외 1은 2005. 9. 7. 10,000주에 관하여, 소외 2는 2005. 11. 4. 20,000주에 관하여 각 주당 6,300원에 주식매수선택권을 행사하였고, 이에 원고 회사는 소외 1, 2로부터 행사금액을 납입받은 후 기존에 취득하여 놓은 자기주식 10,000주, 20,000주를 각 교부한 사실을 인정할 수 있고, 위 인정사실에 의하면, 이 사건 계약과 그에 따른 주식매수선택권 행사는 구 증권거래법 등 관계법령에 정한 요건과 절차에 따른 것임이 명백하고, 그 결과 원고 회사가 이 사건 손금불산입액 만큼 손실을 입었다 하더라도 이 사건 계약과 그에 따른 이행행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 부당행위라고 하기 어렵고, 달리 이에 관한 증거도 없다.

따라서, 위 각 주식매수선택권 행사에 따라 원고 회사가 자기주식을 그 행사가에 매각함으로 입은 손실은 당연히 손금에 산입되어야 할 것이므로, 이를 지적하는 원고 회사의 주장은 이유 있다.

3. 결 론

그렇다면, 이 사건 손금불산입액이 손금에 불산입되어야 할 것이라는 전제에서 행하여진 이 사건 거부처분은 위법하므로, 그 취소를 구하는 원고 회사의 이 사건 청구는 이유 있어 인용한다.

판사 김종필(재판장) 이정민 진현섭

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