가. 원고는 1994. 5. 27.부터 변호사업을 영위하고 있는 사업자이다.

나. 피고는 2006. 3. 18.부터 2006. 4. 14.까지 원고에 대하여 2000년∼2003년 과세연도를 대상으로 한 세무조사를 실시한 결과, 원고의 업무 관련 계좌인 국민은행 계좌(이하 ‘이 사건 계좌’라고 한다)에 입급된 금액 중 합계 1,017,356,136원(2000년도분 203,788,110원, 2001년도분 324,432,916원, 2002년도분 261,875,790원, 2003년도분 227,259,320원의 합계액, 이하 ‘이 사건 수입누락금액’이라고 한다)의 매출(수임료)을 누락하여 신고하고, 직원인건비 103,480,000원을 과다하게 계상한 것으로 판단하고, 원고에 대하여 2006. 5. 16. 2000년 귀속 종합소득세 180,785,653원, 2006. 9. 8. 2001년 귀속 종합소득세 282,921,437원, 2002년 귀속 종합소득세 164,737,010원, 2003년 귀속 종합소득세 141,126,100원을 각 부과하였다.

다. 원고는 이에 대하여 수임료 누락이 아닌 부분에 대하여도 수입금으로 보아 과세되었다고 주장하면서 국세청장에게 심사청구를 하였으나, 누락 수입금액이 아니라는 점에 대한 원고의 입증이 없다는 이유로 청구가 기각되었다. 라.

이 사건 소송 계속 도중 피고는 별지 목록2의 ‘비고’란 기재와 같이 원고의 주장을 일부 받아들여 다음과 같이 이 사건 수입누락금액 중 일부를 취소하고 해당 세액을 환급하였다

(이와2000년 귀속 2001년 귀속 2002년 귀속 2003년 귀속 취소금액 환급세액 취소금액 환급세액 취소금액 환급세액 취소금액 환급세액 28,680,707 24,059,594 23,625,780 18,645,069 28,809,090 16,013,596 7,834,718 4,069,070 같이 감액되고 남은 부분을 ‘이 사건 처분’이라고 한다). (단위 원) [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1∼3호증, 을 1∼11호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건...