2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 2009. 10. 14. 경기 양평군 지평면 송현리 전 988㎡(이하 '이 사건 토지'라 하다)를 상속으로 취득하여 보유하다가 2015. 6. 11. 소외 CCC에게 양도한 후 피고에게 조세특례제한법 제69조에 따른 자경농지를 이유로 한 양도소득세 감면을 적용하여 양도소득세 신고를 하였다.

나. 피고는 원고에 대한 양도소득세 조사를 실시하여 원고가 이 사건 토지를 보유한 기간 동안 매년 총급여액이 3,700만 원 이상인 사실을 확인하고, 조세특례제한법 시행령 제66조 제14항에 따라 자경 감면신청을 배제하여 2016. 6. 15. 원고에게 2015년 귀속 양도소득세 32,537,860원(가산세 포함)을 경정・고지하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

다. 원고는 이에 불복하여 이의신청을 거쳐 2016. 10. 24. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2016. 12. 28. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없음, 갑 1, 4, 을 1, 2(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고의 부친 DDD이 1976. 4. 6. 이 사건 토지를 취득하여 사망 시까지 직접 경작하였고, 원고는 어릴 적부터 부친을 도와 농사일을 하다가 위 토지를 상속으로 취득한 후 계속하여 경작한 후 제3자에게 양도하였다. 피고는 총급여액의 합계액이 3,700만 원 이상인 과세기간이 있는 경우 그 기간을 경작기간에서 제외한다는 내용의, 2014. 2. 12. 신설된 조세특례제한법 시행령 제66조 제14항(이하 '이 사건 쟁점조항'이라 한다)에 따라 원고가 토지 보유기간 내내 군무원으로 근무하면서 받은 연간 총급여액의 합계액이 3,700만 원 이상이라는 이유로 자경 감면을 부인하였는데, ① 위 쟁점조항은 침익적 규정임에도 법률의 명확한 위임 없이 신설되어 법률우위 또는 법률유보원칙에 반하고, ② 원고는 위 쟁점조항 신설 당시 이미 양도소득세 감면요건을 충족한 상태였으므로 위 조항은 진정소급입법에 해당하여 이 사건 처분은 소급과세금지원칙을 위반한 것이며, ③ 이미 감면요건을 충족한 사람들 사이에 단지 양도행위가 위 쟁점조항의 개정 후에 있었다고 하여 감면 여부를 달리하는 것은 자의적인 차별로서 평등원칙에 반하고, ④ 위 쟁점조항의 시행일 이전에 자경 감면규정을 적용받으리라고 예상한 원고의 정당한 신뢰를 위반한 것이어서 신뢰보호원칙에도 위반하므로, 이 사건 쟁점조항은 위헌・위법으로 무효에 해당하여 이를 근거로 한 이 사건 처분은 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

별지와 같다.

다. 판단

1) 첫째 주장에 대하여(법률유보원칙의 위반 여부)

조세특례제한법 제69조 제1항 본문은 "농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상 … 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다"고 규정하고 있는바, 위 규정 중 '농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자'에 관하여는 조세특례제한법 시행령(이하 '시행령'이라고만 한다) 제66조 제1항 및 제6항에서, '대통령령으로 정하는 토지'에 관하여는 시행령 제66조 제4항과 제11항 및 제12항에서, '대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작'에 관하여는 시행령 제66조 제13항에서 각 규정하고 있다. 이러한 규정들의 입법목적은 육농정책의 일환으로 농지의 양도에 따른 조세부담을 경감시켜 주기 위한 것으로서 외지인의 농지투기를 방지하고 8년 이상 자경한 농민의 조세부담을 덜어주어 농업・농촌을 활성화하기 위하여 그 면제 대상자를 육농정책의 변화에 따라 융통성 있게 정할 수 있도록 대통령령에 위임하고 있는 것이라 할 것이다(헌법재판소 2003. 11. 27. 선고 2003헌바2 결정 참조).

이처럼 조세특례제한법 제69조 제1항에서 조세 면제의 대상을 '농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지'로 구체적으로 한정한 뒤 그 범위 내에서 개별적인 면제 대상을 대통령령으로 정하도록 위임하고 있고, 농업의 보호와 지원을 위한 위 조항의 입법목적 및 조세감면의 우대조치의 한정된 범위를 고려하면 위 조항에 따라 대통령령에서 양도소득세가 면제되는 것으로 규정될 내용은 '8년 이상 계속하여 직접 경작한 농지 중 육농정책의 필요성에 부합하는 경우'에만 한정될 것이라고 예측될 수 있다. 따라서 총급여액 3,700만 원 이상인 과세기간이 있는 경우 그 기간을 경작기간에서 배제하는 이 사건 쟁점조항은 위와 같은 조세특례제한법 제69조 제1항의 입법 취지에 맞도록 자경기간 계산방법을 보완한 것으로서 위 법률 규정 중 '농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지'라는 위임규정에 근거하여 제정된 것이므로 모법의 위임범위를 벗어나거나 그 위임의 한계를 벗어난 것이라고 볼 수 없다.

2) 둘째, 셋째 주장에 대하여(소급과세금지원칙 및 평등원칙의 위반 여부) 조세법령불소급의 원칙 또는 소급과세금지의 원칙이란 조세법령의 제정 또는 개정이나 과세관청의 법령에 대한 해석 또는 처리지침의 변경이 있은 경우 그 효력 발생전에 종결한 과세요건사실에 대하여 당해 법령 등을 적용할 수 없다는 것이지, 이전부터 계속되어 오던 사실이나 그 이후에 발생한 과세요건사실에 대하여 새로운 법령 등을 적용하는 것을 제한하는 것은 아니다(대법원 1996. 10. 29. 선고 96누9423 판결 등 참조).

원고의 경우 이 사건 토지를 보유하던 와중에 이 사건 쟁점조항이 신설되었지만 위 쟁점조항의 시행 당시에는 이 사건 토지의 양도라는 과세요건이 아직 완성되지 않았던 이상, 과세요건을 강화하는 방향으로 위와 같이 개정된 위 쟁점조항을 그 시행 이후에 이 사건 토지의 양도라는 과세요건이 완성된 이 사건에 적용하다고 하여 이를 소급과세금지의 원칙에 반하는 것이라고 볼 수 없고, 여기에 행정청이 모법의 위임범위 내에서 어떠한 기준을 정할 것인지에 관하여는 행정입법상의 재량권이 있고, 모법의 입법취지 등을 고려하여 연 3,700만 원의 소득 기준을 설정한 것이 그 자체로서 불합리하거나 자의적인 기준에 불과하다고 볼 특별한 사정도 엿보이지 아니하며, 이 사건 쟁점조항의 신설로 인하여 그 시행일을 기준으로 그 자산 양도 시기의 선후에 따라 세액이 달라진다고 하더라도 이는 조세・재정정책의 탄력적・합리적 운용을 위해 납세자의 신뢰가 매우 제한적으로 보호되는 특수성이 있는 조세법령의 특성 상 신법령의 적용에 따른 불가피한 결과일 뿐이지 이를 가지고 평등원칙에 위반되는 것이라고 할 수도 없다.

3) 넷째 주장에 대하여(신뢰보호원칙의 위반 여부)

조세 법률관계에 있어서 신뢰보호의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정될 특별한 사정이 있을 경우에 적용되는 예외적인 원칙이라 할 것이므로 과세관청의 행위에 대하여 신뢰보호의 원칙을 적용하기 위해서는, 과세관청이 공적인 견해표명 등을 통하여 부여한 신뢰가 평균적인 납세자로 하여금 합리적이고 정당한 기대를 가지게 할 만한 것이어야 한다(대법원 2013. 12. 26. 선고 2011두5940 판결 등 참조).

원고 주장에 의하더라도 피고나 과세관청이 원고의 양도소득세 면제와 관련하여 공적인 견해표명을 한 바가 없고, 종전의 시행령 규정에 의해 양도소득세를 면제받으리라는 기대가 이 사건 쟁점조항의 신설로 인하여 실현되지 않게 되었다 하더라도 그러한 막연한 기대를 법률상 보호가치가 있는 신뢰라고 보기도 어렵다.

라. 소결론

따라서 원고의 주장은 모두 받아들일 수 없고, 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결 론

원고의 청구를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.