가. 원고는 2002년경부터 충남 태안군 B 일대에서 소를 사육해 왔다.

원고는 2013. 3. 22. 피고로부터 충남 태안군 B 외 4필지(이하 ‘이 사건 신청지’라고 한다) 지상에 있는 기존 축사 2동(1,020㎡, 85.76㎡) 증축에 대한 건축허가(이하 ‘이 사건 건축허가’라고 한다) 및 가축분뇨배출시설 변경허가를 받았다.

원고는 기존에 사용하던 젖소사육시설 3동 중 2동(89.46㎡, 702.18㎡) 및 착유장(205.8㎡)을 폐쇄하고, 그 대신 1동의 젖소사육시설(1,020㎡) 및 착유장(85.76㎡)을 신축하려고 하였다.

이 사건 건축허가의 건축허가 조건 및 안내사항에는 원고가 축사로 인한 환경오염 피해 방지 대책을 세워야 한다

거나, 그와 관련하여 지역 주민의 민원을 해결해야 한다는 등의 내용이 없었다.

원고는 2013. 5. 28. 착공신고를 하고 증축공사를 진행하였다.

나. 원고의 착공신고 후 지역주민들이 원고가 이 사건 신청지 일대에서 운영하던 축사(이하 ‘기존 축사’라고 한다)에 대한 민원을 제기하고 원고가 서산경찰서에서 기존 축사 운영에 따른 환경오염 등으로 서산경찰서에서 수사를 받게 되자, 피고는 2014. 3. 6. 다음과 같은 사유로 원고에게 공사중지명령(이하 ‘이 사건 공사중지명령’이라고 한다)을 하였는데, 공사중지명령의 법적 근거는 명시하지 않았다.

1. 충남 태안군 B 외 4필지상 건축허가 사항과 관련하여 민원사항이 제기되어 있고, 건축허가신청서에 건축사가 조사검사하여 첨부 제출한 건축허가조사 및 검사조사의 허위내용 기재 등 기타 결격사항에 대한 행정상의 검토조치 이행과 수사기관으로부터 환경관련법 및 건축법 등 전반적인 위반사항에 대하여 수사 진행 중이다.

2. 민원사항 제기에 따라 현재 공사가 중단되어 있는...

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