2. 소송비용은 피고의 부담으로 한다.

가. 원고는 원유, 석탄, 천연가스, 휘발유 등 석유 및 화학제품과 그 부산물의 수입, 제조, 판매, 수출업 등을 영위하는 회사로서, 2005. 12. 9. 피고에 대하여 싱가포르 소재 원유수출회사로부터 수입한 원유 650,361.79배럴(이하 ‘이 사건 원유’라 한다)을 EDI(Electronic DataInterchange, 전자서류 전송시스템)방식으로 수입신고하면서 대한석유협회로부터 2005. 12.5. 받은 나프타제조용 할당관세추천번호를 누락하여 나프타제조용 외의 할당관세율인 1%로신고, 수리되었다.

나. 원고는 이를 사후에 발견하고 2006. 8. 22. 이 사건 원유에 대하여 당초 추천받은 대로나프타제조용 원유의 할당관세율인 0%를 적용하여야 하므로 오납한 관세 363,484,840원 및부가가치세 36,348,480원을 환급해 달라는 취지의 세액경정청구를 하였으나, 피고는 2006. 9.4. 수입신고수리전까지 할당관세추천서 및 용도세율신청서를 제출하지 않아 나프타제조용의할당관세율을 적용할 수 없다고 하여 경정을 거부(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 7 내지 10호증의 각 기재, 변론 전체의취지2. 이 사건 처분의 적법 여부가. 원고의 주장원고는 다음과 같은 이유로 이 사건 처분이 위법하므로 취소되어야 한다고 주장한다.

(1) 이 사건 원유에 대한 수입신고 이전에 이미 관세청 전산통관시스템에 할당관세추천서가도달되어 관세청 내부 전산망에 저장되었으므로 수입신고시 할당관세추천서를 제출한 것으로보아야 하고,(2) 용도세율물품에 대하여 수입신고수리 전까지 용도세율적용신청을 하도록 하는 것은 사후관리를 위한 것인데, 이미 대한석유협회가 할당관세추천을 하면서 그 전전월에 원유를 나프타제조에 사용하였다는 사실을 확인하고 그 수량만큼 당월의 수입원유 추천을 하는바 사후관리할 필요가 없어 이 사건 원유는 용도세율적용신청 대상이 아니거나, 필요한 대상이라고 하더라도 수입신고수리 전까지 용도세율신청서를 제출하도록 한 관세법 제83조 제1항은 단속규정에 불과하여 미이행시 과태료의 제재로 충분하며,(3) 원고가 이 사건 원유에 대한 수입신고시 실수로 할당관세추천번호의 기재를 누락하여 나프타제조용 이외의 원유로 신고수리되었으나 당초 나프타제조용으로 추천받았고 실제 나프타제조용에 사용하였으므로 실질과세의 원칙상 나프타제조용 원유의 할당관세율을 적용하여야한다.

나. 관계법령

별지 관계법령의 기재와 같다.

다. 판단

(1) 인정사실(가) 원고는 할당관세추천기관인 대한석유협회에 그 전전월인 2005. 10.의 나프타 생산량을증빙자료와 함께 신고하여 2005. 12.의 나프타제조용 원유로 할당관세추천을 받을 수 있는 수량 3,916,104배럴을 확인받았다.

(나) 원고는 2005. 12. 2. 할당관세추천기관인 대한석유협회에 이 사건 원유의 나프타제조용 할당관세적용 추천신청(신청량 650,361.79배럴, 유효기간 2005. 12. 28.까지)을 하였고, 대한석유협회는 2005. 12. 5. 원고가 신청한 물량대로 추천(추천번호 3-252-01-05-0000333-4호)하여 피고에게 전산통보(피고의 전산통관시스템에 할당관세추천서를 저장)하였다.

(다) 원고는 2005. 12. 9. 이 사건 원유를 EDI방식으로 신고하면서 수입신고서상의 수입요건확인란에 위 할당관세추천번호를 누락함에 따라 용도세율신청 역시 누락하여 신고하였고,이 사건 원유는 수입전량 할당관세율 1%를 적용받는 나프타제조용 외의 원유로 신고, 수리되었으며, 이에 수입신고 당일 관세 357,557,930원 및 부가가치세 3,611,335,160원을 납부하였다.

(라) 원고는 수입한 이 사건 원유 전부를 나프타제조용으로 사용하였다.

[인정근거] 갑 제1 내지 11호증의 각 기재, 변론 전체의 취지(2) 판단(가) 이 사건 원유에 대한 할당관세추천서 제출여부에 관하여관세법 제327조 제1항은 세관장은 관세청장이 정하는 바에 의하여 전산처리 설비를 이용하여이 법에 의한 신고, 신청, 보고, 납부 등(이하 ‘전자신고 등’이라 한다)을 하게 하거나 승인,허가, 수리 등에 대한 교부, 통지, 통고 등(이하 ‘전자송달’이라 한다)을 할 수 있다고, 같은조 제3항은 제1항의 규정에 의하여 이행된 전자신고 등은 관세청장이 정하는 전산처리설비에저장된 때에 세관에 접수된 것으로 보고, 전자송달은 송달받을 자가 지정한 컴퓨터에 입력된때(관세청장이 정하는 전산처리설비에 저장하는 경우에는 저장된 때)에 그 송달을 받아야 할자에게 도달된 것으로 본다고, 같은 법 시행령 제92조 제4항은 주무부장관 또는 그 위임을 받은 자의 할당관세추천을 받은 자는 당해 추천서를 수입신고수리전까지 세관장에 제출하여야한다고 각 규정하고 있다.

살피건대, 앞서 인정한 사실에 의하면, 원고는 대한석유협회로부터 이 사건 원유에 대하여할당관세추천을 받았고, 수입신고를 할 때 이미 피고의 전산통관시스템에 대한석유협회의 할당관세추천서가 저장되어 있었으므로, 이 사건 원유에 관한 관세법 시행령 제92조 제4항 소정의 할당관세추천서의 제출요건은 충족되었다고 볼 것이다.

(나) 이 사건 원유에 대한 용도세율신청서 제출여부에 관하여관세법 제83조 제1항은 별표 관세율표나 제50조 제4항, 제65조, 제67조의2, 제68조,제70조 내지 제73조 및 제76조의 규정에 의한 대통령령 또는 재정경제부령에서 용도에 따라 세율을 다르게 정하는 물품을 세율이 낮은 용도에 사용하고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 세관장의 승인을 얻어야 한다고, 같은 법 시행령 제97조는 법제83조의 규정에 의하여 용도세율의 적용을 받고자 하는 자는 당해 물품의 수입신고를 하는 때부터 당해 수입신고가 수리되기 전까지 그 품명, 규격, 수량, 가격, 용도, 사용방법 및 사용장소를 기재한 신청서를 세관장에게 제출하여야 한다고, 관세법 제71조의 규정에 의한 할당관세의 적용에 관한 규정(2004.12. 31. 대통령령 제18663호) 제1조는 관세법 제71조 제1항의 규정에 의하여 관세율을 인하하는 물품과 그 세율 및 한계수량은 별표 1 및 별표 2와 같다고, 별표 1에는 나프타 제조에소요되는 원유의 경우 세율 0%, 한계수량은 1억4천만 배럴, 나프타 제조에 소요되는 원유 외의 것의 경우 세율 1%, 한계수량은 수입전량이라는 취지로 각 규정하고 있다.

살피건대, 앞서 인정한 사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음의 사정들을 종합하면, 이 사건 원유는 용도세율적용신청 대상이 아니거나, 필요한 대상이라고 하더라도 수입신고수리 전까지 용도세율신청서를 제출하도록 한 관세법 제83조 제1항 및 같은 법 시행령제97조는 단속규정에 불과하다고 판단된다.

1) 용도세율적용신청 절차는 용도세율 적용 물품에 대하여 실제적으로 세율이 높은 용도에 사용할 물품임에도 불구하고 높은 세율을 회피하기 위하여 고의로 낮은 세율로 통관하여관세를 포탈하는지 여부의 확인 즉, 사후관리를 위한 것인데, 이 사건 원유에 관하여도 관세법상 신고납부원칙에 비추어 원고의 이 사건 세액경정청구시에 이를 나프타제조에 사용하였는지 여부를 조사하여 판단하면 될 것임에도 피고는 이를 전혀 조사하여 보지 않고 이 사건 처분을 하였고, 실제 앞서 본 바와 같이 이 사건 원유 전량은 나프타 제조용으로 사용되었다.

2) 이 사건과 같이 납세신고를 용도세율이 아닌 고세율로하고 용도세율적용신청서도 제출하지 아니하였으나 수입신고수리 후 용도세율적용 대상물품임이 확인되었다면 납세자는 세액경정청구를 하여 고세율로 신고납부한 세액과 용도세율과의 차액에 해당하는 세액을 환급받을수 있다고 보는 것이 실질과세 원칙에 비추어 보아도 타당하다.

3) 관세법 제83조 제1항 및 같은 법 시행령 제97조의 규정에서의 수입신고수리전까지 용도세율적용신청서를 제출하도록 한 용도세율적용신청서의 제출시기에 관한 규정이 단순한 훈시규정인지 강행규정인지 여부에 관하여, 통상적으로 단속규정은 처벌규정을 가지고 있어 처벌규정 유무가 효력규정인지 단속규정인지를 판단하는 중요한 근거가 될 수 있는데, 관세법제277조 제1항 제2호에서는 제83조 제1항의 규정에 위반한 자는 200만원 이하의 과태료에처하도록 규정하고 있는 점, 용도세율적용신청서의 제출이 효력규정이라면 용도세율적용신청서의 제출이 납세신고의 요건이 되어 용도세율로 용도세율적용신청을 하지 않은 경우 용도세율적용신청서의 미제출로 인하여 납세신고의 효력이 발생하지 않았다는 것이 되어 이는 세관장의 신고납부세액 수령이 법률상 원인 없는 부당이득이라는 것을 의미하게 되는 점 등에 비추어 용도세율적용신청서의 제출은 강행규정 중에서 단속규정에 불과하다고 보인다.

4) 만일 용도세율 적용대상물품을 용도세율로 납세신고를 하였으나 수입신고 수리전까지용도세율적용신청서를 제출하지 아니하였다 하여, 세관장이 직권으로 용도세율에 의한 납세신고의 효력을 부인하고, 용도세율과 고세율의 차액에 해당하는 세액을 추징한다면 관세법 제38조의 규정에 의한 신고납부원칙에 위배된다고 보인다.

(다) 소결

따라서, 원고가 할당관세추천서를 제출하지 않았고, 용도세율적용신청서를 수입신고 수리전까지 제출하지 않았다는 이유로 한 피고의 이 사건 처분은 앞서 본 바와 같은 원고의 할당관세추천서의 제출요건 충족 및 용도세율적용신청서 제출에 관한 법적 성질, 실질과세의 원칙에비추어 볼 때 위법한 처분으로 판단된다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.